23日，在渡江清軍總數已達七千餘人的時候，郭升亦率主力渡過章水，東岸人此時派了4艘炮艇前來助戰，渡河後郭升部三戰三捷，擊潰士氣低落、糧餉不繼的耿仲明部近萬人，並另外收編清軍綠營數千，形勢一片大好，耿仲明見勢不妙，縱兵搶掠鄉野民人殘存的糧食，然後率不足二萬殘兵退守南昌城，而接到訊息的劉海洋則開始派人收容衣食無著的南昌府“戰爭難民”，並分批運往馬當鎮。
25日，東岸直接將大部分炮兵（含四門攻城重炮）派到南昌城下助郭升部攻城，同時開始收攏兵力，準備撤出已盤踞多日的進賢縣一帶，蓋因此時王得仁這個流賊出身的明將終於排除南明朝廷的干擾和阻撓，派出七萬名還算堪戰計程車卒北上，兵進饒州府，與沈永忠部三萬餘人更深地糾纏在了一起，徹底斷送了沈永忠打通陸上交通線，為耿仲明解圍的企圖。而此時，東岸三萬餘軍也開始收攏、分批撤退，其第一批挺身隊第二大隊二千餘人於27日在南康府星子縣登陸，然後迅速鞏固灘頭陣地，接應後續兵馬的到來——這個時候，最近從江北偷渡過江的清軍總數已經超過了一萬七千，並初步擺脫了德化、瑞昌一線少許順軍偏師的干擾，拋棄輜重、一路向南疾進，估計很快就會與東岸大軍迎頭撞上。
28日，郭升部打破附郭的新建縣，殲滅耿部殘兵三千、俘獲二千餘，然後將東岸炮兵請進了城內製高點，用大炮猛轟僅僅一牆之隔的南昌縣，耿部官兵士氣更加低落，傷亡也急劇增加。
29日，已經登陸了大半主力的東岸軍隊在星子縣以西與清軍遭遇。可憐這偷渡的一萬多清軍皆輕裝疾行，一路上拋棄了大量輜重，此時正是疲累欲死的階段；而好死不死的是，他們這上萬人因為軍情緊急還分做了三撥，第一撥迎頭撞上的僅僅只有四千餘人……
雖然炮兵主力已調到了南昌，但好整以暇的東岸大軍以逸待勞，黑八旗、陸軍火槍手、挺身隊第二大隊等精銳盡出，一戰摧破此股清軍，斃傷俘達兩千餘人。潰散的清軍跑得漫山遍野都是，東岸人也懶得去抓，而是順手拿下已開城請降的星子縣，一邊休整一邊準備攔截剩下的偷渡清軍（也不會忘了蒐羅人口）——當然如果遇到數萬人的清軍大隊頂多騷擾牽制一下，硬仗是不會打的。
31日，在又擊潰了一支南下的三千餘人的清軍後，東岸軍隊也已蒐羅到了七千餘人口，然後在星子縣湖岸邊展開了繁雜的轉運工作。這個時候，經過近四天時間的猛轟，南昌縣城牆及城內建築已多處坍塌，郭升派出萬餘精銳殺進了城內並控制了相當部分城區，耿仲明部死傷慘重、指揮混亂，他本人帶著核心兵馬數千人退守府衙一帶，做困獸之鬥。
8月3日，孔有德率領的大軍出現在武寧縣一帶，而郭升下令用降軍做先鋒，不計傷亡猛攻南昌府衙，關鍵時刻甚至下令縱火焚燒民宅，終於在戰至傍晚時分徹底攻克了這片區域。最後時刻，耿仲明率親兵千餘人慾潰圍而出，被亂箭射殺當場，其部屬欲降未果，盡被誅殺。一代漢奸帶著兩萬殘兵困守南昌城，前後竟然只堅持了12天即城破身死，落得此等下場，也是可憐可嘆。
8月5日，此戰亦傷亡頗大的郭升（前後傷亡達二萬五千餘）下令撤出已有疫病苗頭的南昌城，然後率先後彙集過來的近五萬人馬北上建昌縣，已打出些兇性的他們，打算會一會孔有德的六萬大軍（收攏了部分渡江零散清軍）。孔有德在湖北廝殺多年，深知順軍的戰鬥力遠不是明軍可比，故在聞知耿仲明已敗亡後，即刻下令就地停駐，並向坐鎮襄陽的英親王匯（報）報（喪），等待下一步的指示。
而此時的東岸人，在星子縣蒐羅完人口後，於8月7日再度分批渡船南下，到饒州府鄱陽縣以南地區登陸，似乎有那麼一絲威脅到了東面沈永忠部三萬餘野戰叢集側翼的味道。不過儒尼奧爾也向劉海洋明說了，沈永忠不是什麼庸將，麾下部隊還算能戰，反觀王得仁的部隊擴軍太快，戰力孱弱，自是不能指望他們像郭升那樣發狠玩命強吃耿仲明部數萬人。
於是乎，東岸人一邊派出兵馬作勢欲攻沈永忠部外圍小股部隊，同時亦派出使者攛掇王得仁盡起主力圍攻沈永忠部3.5萬人，但意料之中地被某位在王營中神氣活現的“學士”給拒絕了，故只能作罷，轉而矇頭收集起了人口。但這種事情竟然惹得那位學士不快（許是不少士紳前去明軍營中哭訴），導致東岸大軍一度與明軍劍拔弩張，差點就火拼了起來。好在王得仁不是不曉事的人，雙方之間的摩擦終究沒能升級為武裝衝突，但通力合作給予沈永忠部數萬人重創的事情自然是免談了。