委員長一職由滿蒙開拓隊隊長陸小峰遙領，不過主持具體工作的其實還是副委員長、呼倫貝爾挺進支隊司令孫武中校。
蒙古自治委員會的職責共有三大條。第一大條是繼續西進，控制更多的蒙古地盤，統治更多的蒙古人民，將滿清博格德汗及沙皇的勢力徹底驅逐出蒙古草原。第二大條則是所謂的“振興蒙古”計劃，該計劃的主旨是與東岸進行貿易，在東岸顧問的指導下成立一個強有力的地方自治政府，並發展與東岸的貿易，促進經濟繁榮。
至於第三大條則是軍事方面的，鑑於如今漠北草原嚴酷的局勢，這也是最重要的一條了。東岸人操控的蒙古治理委員會決定，對出兵的三大部蒙古軍隊進行整編，成立蒙古自衛軍第一、二、三方面軍。其中，第一方面軍司令為吉日木圖汗那海，下轄約1500名蒙古騎兵，另外還有大概500多人的預備役，整個方面軍擁有火槍1200餘杆，大炮15門；第二方面軍司令為額爾古納汗嘎爾迪，下轄2400餘名蒙古騎兵，另外還有500多名預備役，擁有火槍700餘杆，大炮5門；第三方面軍為額日勒和克汗伊德爾，下轄1800名蒙古騎兵，另外還有400多名預備役，擁有火槍600餘干，大炮4門。
從這裡就可以看出，收編了大量布里亞特蒙古、巴爾虎蒙古及喀爾喀蒙古的東屬蒙古諸部實力是非常強勁了。如果算上仍在蠶食呼倫貝爾草原上巴爾虎蒙古餘部的巴特爾所部的話，總兵力可能已經達到一萬人左右了，增長速度讓人瞠目結舌。當然這不是說他們只能拉得出一萬人，事實上草原部落自古以來全民皆兵，所有成年男丁都可以算做戰士。只不過東岸人過來後，執行的是精兵戰略，要求各部不得濫竽充數，即便做不到徹底的兵民分離，也要儘量讓士兵們做到半脫產，與普通牧民區分開來。
而且，東岸人對各部的補貼是按士兵數量發放的。他們每年派人點檢一次，查清各部士兵、器械、馬匹數量，不準隨意擴軍。按照規定，每個蒙古騎兵每月可以領一塊錢現金補貼，另外還有火藥一包、鉛彈50粒、箭矢20枝，每年還可領夏冬軍服各一套，鞍具一套。如果不查清楚人數的話，任人冒領，確實不像話。
總的來說，滿蒙開拓隊每年在蒙古四部身上要投入大概40萬元的錢物。至於收穫嘛，透過牛羊貿易及戰利品分紅，一年大概能找補回來二十多萬元的樣子。也就是說，滿蒙開拓隊只需要一年拿出十幾萬元的錢物，就可以控制東屬蒙古四部上萬名精騎及好大一塊地盤，屬於小投入大產出的典型。
不過，隨著噶爾丹的敗退，以及東屬蒙古四部地盤、人丁的擴大，這每年的投入也將會大大增加。別的不說，陸小峰就已經決定提高蒙古騎兵的津貼至每月兩塊錢，以更好地控制各部。
當然這不是說這些蒙古騎兵每個月的收入只有兩塊錢，那樣怕是連戰馬都養不起。事實上他們最大的收入來源，還是大汗發下來的賞賜以及家裡的牛羊出售後所得。畢竟，你們現在還是“自治”哦，自治懂不懂是什麼意思？不能動不動就找東岸顧問要錢嘛。
與要麼是東岸一手扶持起來，要麼是勢窮來投的東屬蒙古四部相比，衛拉特蒙古汗國就大不一樣了。他們可是真的自治，東岸人雖然派了很多顧問，但對其內政外交的干涉還是有一定限制的，不可能像東屬蒙古四部那麼徹底，那麼得心應手。而且，他們的體量也大了很多，總計七八萬帳，四五十萬人口，有多年的戰爭經驗（與周圍部落或哥薩克打，有時也會去抄掠波斯），可不是什麼阿貓阿狗都能比的。東岸人目前正在想方設法增加影響力，但還遠沒到成功的地步。
當然東岸人並不會就此放棄。事實上他們是很有耐心的，制定的計劃也是長期的，即先透過雙邊貿易，加深經濟聯絡，再透過培養幹部及接班人（貴族子弟），加深政治聯絡。如此雙管齊下，不信他們不就範！要知道，老毛子可在一河之隔的北方虎視眈眈著呢，南面打而不死的高加索山民也是一大隱患，名義上的宗主奧斯曼土耳其帝國對他們到底是什麼態度也很難說。因此，整個外部環境其實是有利於東岸人對衛拉特汗國一步步加深控制的。
未來一旦形勢有變，土爾扈特人想要站穩腳跟生存下去的話，很簡單，抱緊東岸人的大腿就是了嘛！