，並引建奴入關，其後又依附闖逆抗拒王師，故誅範氏等八家。並下旨單獨設漢奸錄以錄孔衍植，馮銓，陳名夏，範永鬥等諸人以警示後人，另設貳臣錄以錄錢謙益，熊文舉等諸人以警為臣不忠者，又下旨於銅瓦廂鑄侯恂父子跪像以懲奸佞。
崇禎二十一年正月初五。
帝下旨改軍制。
以蕩寇軍為大明陸軍，並依天子六軍之制，設大明陸軍一至六軍，每軍四步兵鎮，每鎮四步兵旅一騎兵旅一炮兵旅，軍設重炮旅，工兵旅，重騎兵旅合計十萬官兵。另設大明海軍，分南北二洋艦隊及岸防鎮守府，以江寧侯張名振為北洋艦隊提督，以鄭鴻逵為南洋艦隊提督，並設南洋宣慰使於崖州，以鄭鴻逵兼南洋宣慰使，率鄭和號等二十艘戰艦下南洋宣慰諸國。
悉罷其他各軍。
初設西北經略使。
以宣大巡撫淮安侯堵胤錫為西北經略使，駐蘭州，禁絕西藩xie教，有信之者夷九族，以陸軍第一軍屬西北經略使。
設東北經略使。
以開平侯陳忠為東北經略使，駐遼陽，陸軍第二軍屬東北經略使，以追剿建奴餘孽，鎮撫蒙古及索倫各部。
設西南經略使。
以延平王鄭成功為西南經略使，駐昆明，陸軍第三軍屬西南經略使，以討伐緬甸，收復緬北各土司地。
並設倭國及琉球宣慰使。
以崇明伯沈廷揚為倭國及琉球宣慰使，駐鎮東府，既原倭人所稱之種子島，倭國，琉球皆屬之，並以倭人所稱之北海道非其舊地，乃毛人所居，一併收歸朝廷，設立安遠直隸州，倭國薩摩藩藩主島津光久拒不認罪，詔倭國及琉球宣慰使繼續討伐，並增設海軍陸戰隊一鎮駐鎮東府專司其事。
崇禎二十一年十月一日。
東北經略使開平侯陳忠奏報克偽清興京，偽帝豪格自縊，俘八旗男女六萬口，建州平，然尚有餘孽竊據朝鮮各地。
詔其追擊，除惡勿盡。
並以朝鮮國王收容逆黨，久不入朝責之，朝鮮國王認罪，帝赦之，但以其治國無方，移封汝南郡王，並賜親王袞冕，收朝鮮地以漢江為界，分樂浪承宣布政使司及永順承宣布政使司。
朝鮮又逆臣不欲內附，劫汝南王於漢城，分兵守各地以拒王師。
詔江寧侯以海軍討之。
十一月四日。
江寧侯率海軍陸戰隊第二鎮於仁川登陸，五日攻破漢城，擒拿逆黨並解救汝南王，汝南王涕泣叩謝聖恩，遂移其族於河南。
朝鮮平。
崇禎二十二年九月六日。
西北經略使堵胤錫奏報寧夏及河西走廊各地悉平，請出玉門關以經略天山。
準之。
八日。
南洋宣慰使鄭鴻逵奏報，請於龍牙門築城以鎮南洋。
準之。
十二日。
倭國及琉球宣慰使沈廷揚奏報克鹿兒島，島津光久切腹，倭國德川幕府將軍德川家光畏服天威，遣使求和，併入貢。詔以德川家光為倭王，允其求和，並詔其對天朝船隻開放各港，每年進貢白銀二十萬兩，以鹿兒島及島津光久屬地併入鎮東府，另聞倭國有竊號為皇者，詔德川家光誅之。
崇禎二十三年正月二十日。
工部奏報，崇禎二十二年大明鋼鐵產量突破三萬萬斤，帝甚喜，詔立鋼鐵工匠之像於皇陵之前。
是年天下大定，各地田地丈量及分配工作完成，仙種遍及諸府州縣，諸皇莊皇學亦建立，四海昇平，米價至兩百文，百姓鹹歌盛世。
太子立。
立皇八子朱慈燁為太子。
並立太子生母秀妃為皇后，以靜妃為皇貴妃，封廢太子為韓王並就藩，以漢城為韓王封地，先是，帝廢宗室禁制，準諸王為官掌兵，又以永順新定設漢城宣慰使司，以韓王為宣慰使，因宣慰使兼領兵馬，有臣諫之以建文故事，帝不納，且言若太子愚如建文，則韓王何妨為成祖，韓王聞之上書固辭宣慰使，帝不允所請。
六月七日。
延平王鄭成功以克東籲俘其王平達力時奏捷。
緬甸平。
緬甸受東籲欺凌之土王，無不爭相入朝以謝聖恩，暹羅王亦入朝叩謝聖恩，帝始知東籲禍亂諸國之罪行，遂下旨於暹羅王及諸土王之前，將平達力時凌遲處死以安諸國之心。
十月二十日。
帝以安南都統莫敬耀所請，下旨討伐安南，以陸軍第十一鎮總兵李定國有擒平達力時之功，