一級的軍事機構即初具規模。
為了統一軍政，閻錫山努力削平山頭。在他輾轉晉北時，副都督溫壽泉活動於晉南，併成立河東軍政分府。南北議和告成以後，溫壽泉即致電袁世凱，請撤銷副都督名義，撤銷河東軍政分府。閻回太原後，即派馬開崧等去運城歡迎溫壽泉回省，並任命他為軍政司司長，調黃國樑為都督府參謀長。但是，河東軍政分府的實權掌握在旅長李鳴鳳和觀察使張士秀的手中。他們因對閻錫山持不信任態度，反對山西全省的軍政統一，要求溫壽泉向閻提出擴編一個師，由他們掌握，閻錫山非但沒同意，並立即電北京政府派毅軍將李、張抓起來。這樣，晉南的山頭被削除。在晉北還存在著忻代寧公團，有數千眾。這個不小的山頭，還得到谷如墉、杜上化的支援，勢力頗大。公團團長續桐溪等在孫中山來晉前（孫曾拜訪了續）也要求改編為正式軍隊。閻為統一軍政大權，派田應璜、樑上棟到崞縣，與續磋商，終於解散了公團。為了照顧到“山頭”，閻“乃以巡警道一席讓給續桐溪，另以弓富魁任都督府顧問，其餘公團領導人員，分任各縣警官職務。”
在軍隊整編方面，閻錫山為了加強戰鬥力，採取了一系列措施。山西在辛亥革命前僅有兩標，即85標和86標（也稱一標和二標），太原光復後擴充為四個標。後在與清軍的戰鬥中，民軍隊伍不斷擴大。閻錫山重返太原後，按北京政府核准整編一師，任命孔庚為師長。師統轄兩個步兵旅，旅長一由孔庚自兼，另一為劉樾西。旅下面轄兩個團，共四團，團長為張培梅、倪普祥、趙守鈺、臺壽民。師又直轄騎兵團、炮兵團各一個，團長分別為張樹幟、高樹勳。另轄工兵、輜重各一營。部隊大部分駐守在太原等地。臨汾、大同為山西南北重鎮，均設有鎮守使駐守，並各轄步兵團一個，在長治也設有鎮守使，轄一個步兵營。
為了培養軍隊的領導骨幹，提高軍隊的戰鬥素質，閻成立了將校研究所。任命趙戴文為所長，路福保為副所長。所內有100多人，分編為4個隊，這些人大多數是整編軍隊時編余的軍官。這個研究所著重研究軍事理論和戰略、戰術等問題。後來又成立了軍事教育團，訓練有一定文化素養的青年及由軍隊中挑選計程車兵，培養部隊擔任正副班長的骨幹。教育團前後訓練培養了1000多人。另外，閻錫山還組織了精武社，任命李德懋兼任社長。精武社招收小學文化程度的學生百餘人，學習武術。精武社為軍隊輸送了一部分力量，馬弁連和衛隊營就是以精武社為基礎，挑選而組成的。這對尚武之風和提高晉軍的戰鬥力有一定的促進作用。
一、還鄉視事 統一軍政（2）
在民政方面，袁世凱同意任命周渤為民政長，管理民政事務。民政長以下，閻錫山任命張瑞璣為財政司長，解榮輅為教育司長，劉錦訓為司法司長，王大禎為實業司長（原名勸業道），崔廷猷為內務局長，邵修文為高等審判廳廳長，王懋昭為高等檢察長，南桂馨為巡警道（後讓位續桐溪）。此時，省諮議局不再存在，而另設民意機構。由士紳臨時設立“國民公會”，由谷如墉任會長。不久，又取消“國民公會”，組織臨時省議會，作為正式民意機構。議會的議員由每縣推選1人組成，但在推舉過程中，首先在省城的各縣人士中選擇，省城選不出的再由縣裡推選。選舉結果，杜上化為議長，王用賓、陳受中為副議長。1912年冬，臨時參議院和各省省議會同時改選。臨時參議院將按規定改為參眾兩院，而參議院的議員由省議會選出。所以這次省議會的改選至關重要。山西知名人士谷如墉為省選舉總監督，各縣成立選民調查所，各縣的選舉由知事任監督，全省分太原、寧武、大同、平陽、潞安、歸化6個複選區，各區知府為複選監督。最後，全省共選出省議員120人，候補議員120人。在選舉中，谷思慎、賈景德、樑上棟等人積極活動，想擊敗杜上化。但是，杜上化等人的勢力較強，選舉結果杜上化仍然當議長，而副議長則由高洪擔任。
軍政、民政雖已統一，政府規模亦初具，但是政府機構裡的人員思想極為複雜，互相矛盾，最突出的是新舊兩派之間的矛盾，他們互相傾軋，互相排斥。新派一般說來，青年少壯，讀書出身或留學生，大多數是同盟會會員，思想進步，谷思慎等人即是。舊派年老居多，為科舉出身或是前清官吏，思想落後、保守，甚至反動，如谷如墉、杜上化等即是。新派的人“驕縱自恣，直鬧到路人側目，官府也不敢問”。 如谷思慎是山西第一個參加同盟會的人，也是同盟會山西分會的負責人，經常對別人說：“*是我家創下的。”這種居功自傲已到了狂