離晉。1916年10月7日，北洋政府不得不改任孫發緒為山西省長，接替沈銘昌所遺之職。拒沈來孫，閻錫山的目的仍然沒有達到。
孫發緒上任後，閻錫山仍然採取不合作態度。當時，適逢在督軍團會議的一個電文中，載有不利於孫的材料。閻錫山便加以利用，藉故攻擊。由於當時閻錫山已經掌握了省議會議員中的絕對多數，且取得了議長杜上化的全力支援，繼任省長孫發緒那裡是他的對手。1917年6月5日，孫發緒被迫離職。孫發緒離職之時正值“府院之爭”激烈之際，乘北京政府無暇西顧之機，閻錫山便以護理（代理的意思）名義，自兼了山西省長。
然而“護理”畢竟不是實授，對於這個名不正言不順的“護理”省長職務，閻錫山是無論如何也放心不下的，必須要有北京政府的任命，心裡才能踏實。恰逢復辟劇終，馮國璋以副總統正位，段祺瑞再為國務總理，閻即藉此機會特派南桂馨入京向段祺瑞疏通。南桂馨透過陸軍部軍需司長羅仲芳（段在小站時的舊屬，與段關係至深）向段關說，得到段的首肯。段並且說“各省軍政都系一人兼任，山西當然不必例外。”但當南桂馨回省覆命以後，任閻錫山為省長之令遲遲未發，省府秘書長賈景德偵知系內務部長沒有副署的原因。其時的內務部總長湯化龍、次長蒲殿俊，都是清朝進士出身，和賈有“同年”關係，賈遂自請入京疏通此事。結果湯化龍等要求給方貞（和湯有私交）以雁門道尹一缺，即可副署。閻應允後，省長的正式任命即下達，同時方貞也到了太原。但閻留方為政治傳習所所長，支道尹薪，終不使他到雁門道尹之任。也算是對湯化龍等人“把持朝政”的一個小小的報復。
這樣，在袁世凱死後特殊的政治環境下，閻錫山政治、軍事一齊下手，多方運動，終於1917年9月3日受北京政府“特任”為“兼山西省長”。“從此，閻錫山既是握有山西軍事實權的督軍，又是握有山西行政實權的省長，終於將一省的軍政大權集於一身。” 這一政治目標的實現，無疑為閻錫山在中國的政治舞臺上進一步施展“抱負”，奠定了不可或缺的基礎。
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一、獨特的政治統御 派兵入湘作戰
馮國璋代理大總統後，本可恢復原被黎元洪宣佈解散的國會，但段祺瑞因國會曾阻撓參戰，懷恨在心，便決定另組臨時參議院。所以復辟雖然失敗了，而立法機關卻依然停廢，沒有恢復起來。時兩廣因黎元洪被迫解散了國會，宣告暫行自主，待馮段另行召集臨時參議院時，孫中山便率海軍赴粵，宣言護法。廣西、雲南、貴州各省相繼響應，國會議員也相繼南下，在廣州舉行國會非常會議，制定*軍政府組織大綱。9月1日選舉孫中山為*軍政府海陸軍大元帥，重申護法大義。
“護法戰爭”爆發後，與北洋政府形成了南北對峙的局面。對於“護法戰爭”，閻錫山採取了兩面態度，一方面鑑於“山西雖處北洋勢力包圍中”，密派代表，赴粵響應。另一方面又不得不附和段祺瑞武力征湘。1917年（民國六年）9月初，段祺瑞突然來電報給閻錫山，大意是湖南零陵鎮守使劉建藩獨立，與桂軍勾結，企圖倒傅良佐。命令山西派一個旅到湖南援助傅良佐。
閻錫山接電後，非常為難，但還是迫於段的壓力，決定遵命派兵。據時任晉軍炮兵團長的周玳回憶，閻錫山接到段的電報後，“立即召集緊急軍事會議，參謀長、軍務處長、四個旅長和我都出席。閻錫山首先說明，接到段的來電，命山西出兵援湘，我們服從段命，這是義不容辭的事。大家看，派那一旅去最合適。說罷沒有等大家表示意見，他就自己作出了結論，說：‘依我看，啟予（商震字）在外邊跑的地方很多，經驗豐富，聲氣也比較靈通，最好是啟予去，大家以為怎樣？’大家當然沒有反對錶示。閻錫山又向我說，‘子良你也帶上一營炮兵，和啟予一同去。’於是就這樣決定了。第一混成旅一共兩個團，第一團團長蔡榮壽、第二團團長王嗣昌，全體出動。一營炮兵，由我帶領。”
“山西省的隊伍，遠征到幾千裡以外的湖南，這對晉軍來說，當然是破天荒的大事。商震以下，所有軍官都是興致勃勃，勁頭十足。全部人馬浩浩蕩蕩從太原出發，坐正太車到石家莊，換京漢車，一直開到漢口大智門車站。”
10月，晉軍到達護法軍與段祺瑞的北洋軍雙方交戰的主戰場湖南省。商震率隊入湘後，在段軍傅良佐的指揮下，直接開到永豐前線，很快就投入戰鬥。護法軍方面與晉軍對陣的是廣西軍馬濟、韋永昌的隊伍。晉軍以二團、炮兵、一團的次序投入