秘事務司（Department of Mysteries） … 職責：魔法部中的最高機密組織，從來沒有人知道他們在做些什麼，他們的任務是絕密級別的。
成員：博德和克羅克
魔法法律執行司（Department of Magical Law Enforcement Squad） … 魔法部下面最大的機構，負責執行及維護魔法世界的法律法規，審判犯罪的巫師。由一批hit wizards負責執行和管理
禁止濫用麻瓜物品司（Misuse of Muggle Artifacts） … 負責處理巫師對麻瓜物品亂施魔法的事宜
主管：亞瑟·韋斯萊
成員：珀金斯
神奇動物管理控制司（Department for the Regulation and Control of Magical Creatures） … 魔法部的第二大司，主要負責所有與神奇動物有關的事項
成員：阿莫司·迪戈裡
妖精聯絡處（Goblin Liaison Office）是這個司的下屬部門
主任：卡思伯特·莫克里奇
魔法部體育運動司（Department of Magical Games and Sports） … 職責：主要負責促進和組織各類魔法體育運動
司長：盧多·巴格曼
實驗咒語委員會（mittee on Experimental Charms） … 職責：主要是負責解釋魔法咒語含義及拼寫的工作
成員：吉爾伯特·溫普爾
逆轉偶發事件小組（Accidental Magic Reversal Squad）
職責：主要負責處理各種魔法意外事件，例如巫師在使用魔法時發生，或者需要對麻瓜施咒語對他們的記憶進行清除等。
成員：阿諾德·皮斯古德（記憶登出員）
魔法交通司（Department of Transportation） … 制定所有魔法交通工具的使用守則，並設法保證巫師在使用交通工具時不被麻瓜們所看見。
禁止濫用魔法辦公室（Improper Use of Magic Office） … 主要負責監察巫師是否違規使用魔法，以及對違反規定的巫師發出警告。
處置危險生物委員會（mittee for the Disposal of Dangernus Creatures）
職責：處理危險生物傷人事件，以及對其執行刑罰。
飛路網管理局（Floo Network Authorith）
職責：直屬於魔法運輸司，負責監視魔法界的壁爐網。
動物科（Beast Division）
神奇動物管理控制司設立的部門，其內部設有馬人辦公室（Centaur Liaison Office）、處置危險生物委員會、狼人登記辦公室（Werewolf Registry）、狼人捕獲部隊（Werewolf Capture Vnit），研究龍及其控制辦公室（Dragon Research and Restraint Bureau）。
魔法事故和災害司（Department of Magical Accidents and Catastrophes）
構成魔法部的七大部門之一，主要負責處理由於魔法而引起的重大事故和災害。其內部組織波擴逆轉偶發事件小組、記憶登出指揮部、麻瓜問題調節委員會。
威森加摩（Wizengamot）
巫師世界的最高法庭，大約由五十位成員組成，，最高長官被稱為威森加摩的首席魔法師。威森加摩的成員都穿著紫紅色的長袍，左前胸上繡著一個精緻的銀色“W”。審判是以審問者提問的形式進行，書記官負責作記錄，最後以舉手表決的方式進行裁決。
魔法部樓層表
第一層：魔法部長辦公室及後勤處
第二層：部門：魔法法律執行司 下屬：禁止濫用魔法司
傲羅指揮部
威森加摩管理機構
禁止濫用麻瓜物品司
第三層：部門：魔法事故和災害司 下屬：逆轉偶發事件小組