階級制憲會議手中。身為法國王家軍官的拿破崙心中暗暗高興，他自言自語道：“科西嘉的時代到了！〃他要利用法國革命來改變科西嘉的命運。
1789年8月，拿破崙申請回故鄉科西嘉休假。在這裡，他與島上的愛國志士為爭取科西嘉的自由和解放而積極活動著。1789年11月30日，法國制憲會議根據科西嘉愛國者提出的陳情書宣佈：科西嘉是法蘭西帝國不可分割的一部分，科西嘉人民享有與法國所有居民同等權利。1790年7月14日，從英國流亡歸來的保利在一起歡呼聲中登上了科西嘉。隨著法國的事態發展，科西嘉形成了兩派力量：一派是依靠當地軍隊和行政機構的舊制度的維護者，一派則是法國人革命原則的堅決擁護者。拿破崙與心目中的英雄保利在政治上發生了嚴重分歧。保利主張把科西嘉從法國佔領下完全解放出來，並把英國政體的模式移植到科西嘉來；拿破崙則支援法國制憲議會的決議，擁護法國的民主政體，並認為法國革命為科西嘉的發展創造了條件。拿破崙和保利之間醞釀著一場公開的衝突。
1791年2月，拿破崙重返團隊，並且帶著自己的弟弟路易，以期稍稍減輕母親的負擔。兩兄弟住在瓦朗斯，拿破崙用自己微薄的薪俸供弟弟上學，生活極其艱苦，有時他們只能吃上一塊麵包。同年夏天，他被調到瓦朗斯的另外一個團任中尉。這時，法國革命原則在各地不斷取得勝利，拿破崙對革命的熱情更加高漲。
1791年9月，拿破崙以國民自衛軍阿雅克修營副營長的身份又回到了科西嘉。這次，他與保利徹底決裂了，因為保利已公開要使科西嘉脫離法國。島上的兩派發生了武裝衝突，拿破崙命人開槍射擊了支援保利的分離主義者。
1792年5月28日，拿破崙回到巴黎，向陸軍部彙報了自己在科西嘉的活動。這時，奧地利皇帝和普魯士國王因仇視法國革命，已向法國革命政府宣戰。法國貴族和將軍們紛紛倒戈通敵，前線軍事指揮人員極其缺乏，可拿破崙卻沒有得到任命。這位年輕人為生活所迫，不得不穿著破舊的衣服在街頭來回奔走，設想能經營些賺錢的投機買賣，但結果一事無成。由於貴族軍官的逃亡，軍隊中缺額較多，7月16日，拿破崙被擢升為上尉。
對奧戰爭的節節敗北，引起了巴黎人民的普遍不滿。6月20日，憤怒的群眾闖進國王內宮，強迫國王戴上紅色尖帽，並要他面朝庭院的視窗向人群低頭認罪，這一幕正巧被路過的拿破崙看見，他被這個優柔寡斷、怯懦怕死的國王形象激怒了，他鄙視地說道，〃真是一個懦夫！怎麼能夠放縱這群無賴！應該用大炮消滅幾百人，其餘的人就會四散逃命了。〃8月10日，拿破崙又一次看見了巴黎人民進攻杜伊勒裡宮的情形。作為一個軍人，他為國王的無能感到遺憾。他在給哥哥約瑟夫的信中寫道：“如果路易十六跨上他那匹戰馬，勝利本來會屬於他的。〃君主制被推翻了，代表大工商業資產階級的吉倫特派掌握了政權，實行了共和制。
1792年10月，拿破崙第三次回到科西嘉，擔任科西嘉國民自衛軍一個營的營長。
這時，法國革命軍已擊退歐洲反動君主對法國革命的武裝干涉，開始轉入反攻。在南方，法軍計劃以科西嘉為基地，佔領撒丁王國的馬達萊納群島，作為打入撒丁的跳板。拿破崙奉命參加了這次戰鬥。1793年2月18日，拿破崙的一支小部隊佔領了馬達萊納群島附近的聖斯特法諾島，打亂了撒丁的防禦部署。正準備擴大戰果時，拿破崙突然接到指揮官停止進攻和返回的命令。憤怒的拿破崙把大炮扔進大海，返回了科西嘉。這是拿破崙的第一次作戰。
拿破崙回到了阿雅克修，這裡的情況非常混亂。保利最後決定使科西嘉脫離法國，向英國投靠。拿破崙的弟弟呂西安是個堅定的親法派分子，他向土倫的法國當局告發了保利的通敵叛國。拿破崙和他的同鄉、國民公會特派員薩利切蒂多次策劃奪取阿雅克修並拘留保利，均未成功，因為當地多數居民支援保利。不久，保利派襲擊了拿破崙支持者的住所，洗劫了波拿巴一家，拿破崙歷盡千難萬險，帶著全家從科西嘉逃出。他們先逃到土倫，後又去了馬賽，備嘗亡命和貧困之苦。科西嘉很快從法國分離出去而歸英國保護，拿破崙這才真正選定了法國作為祖國。
土倫初露鋒芒1793年，法國局勢正發生著巨大變化。這年春天，仇視法國革命的歐洲封建君主國藉口法王路易十六被處死，組織了第一次反法聯盟軍，武裝進攻法國。法軍的失利，貴族的叛亂及吉倫特派的倒行逆施，引起了法國人民的強烈不滿。6月