因裁撤內務府、八旗兵而節省了大量的開支，但財務狀況並沒有根本性的改觀，各地團練不正規厘金制度也要在短時間內撤銷，改為由朝廷支付軍費，否則何以體現朝廷的權威？
清咸豐三年，太平天**隊攻佔南京，清朝太常寺卿雷以諴在揚州駐軍，鑑於“國帑空乏，軍用不給”採納幕客錢江的建議，於江蘇向商家籌集經費，於仙女廟（今江蘇江都）、邵伯、宜陵等鎮米行試辦，初定稅率為一厘，翌年奏請清廷擴至河南，幾年間擴至全國。
本來厘金只在水陸要道設厘局徵收，後防止商人逃稅及相關官員藉以牟利，改各地多設分局，最後厘金可按種類分為百貨厘、鹽厘、洋藥厘、土藥厘四類。由於朝廷權威缺失，各地方官員對厘金的徵收很不規範，曾國藩最早看到了這個問題，在被招往北京的途中他就發現多次亂徵稅的情況，於是及時上書朝廷要求規範厘金制度，以顯示他心裡為朝廷著想，給自己多一道護身符。
朝廷果然沒有讓曾國藩失望，皇上給肅順下旨，讓這位戶部尚書安排曾國藩在戶部工作，負責全國厘金的裁撤。