從小信仰天主教，播下了她與丈夫產生矛盾的種子。她放棄了科學教，實際上就是放棄了丈夫。她變成了一個“可能的麻煩源”：她迴歸天主教，她是一位心理醫生的女兒，這些對她都有影響。
湯姆突然而決絕地拋棄妻子讓好萊塢十分震驚，以前的科學教徒對他的行為卻不覺得意外。一天，當過環球電影公司副總裁的彼得·亞歷山大正在電腦前工作，螢幕上突然彈出一條簡訊，簡訊是同在一個房間的妻子發給他的：她想和他離婚，因為他對科學教不再像她那麼投入了。接著，她立刻把3個孩子叫來，讓他們上了車，然後駕車離開，就此駛出了他的生活。同樣，當卡倫·普雷斯利決定退出科學教、恢復基督教信仰時，她知道，自己的婚姻註定也走到了盡頭。類似的情況還有。演員帕克·史蒂文森認識到，他1997年跟柯絲蒂·阿利分手，也是科學教從中作祟。“沒辦法。我是新教聖公會教徒，她是科學教徒，這就是我們的不同。”他對《人物》雜誌說。還是1997年，演員湯姆·貝倫格跟信仰科學教的妻子莉薩離了婚，他說，妻子的宗教是他們離婚的因素之一。
妮可恢復了天主教，她害怕科學教敗壞她的名聲。好像是提醒她別忘了這種危險似的，《國家尋問者》的一篇文章寫道，妮可在科學教的聽析課上留下了幾盒她“敞開了心扉”的懺悔磁帶。文章暗示，一些個人生活的細節可能對她不利，特別是如果雙方要爭奪孩子的監護權的話。她想回澳大利亞、她反對湯姆用科學教的方法教育孩子們，這些內容讓妮可寢食難安，她的律師比爾·貝斯洛只好請教一位科學教的前高階教徒。這位教徒回憶說：“妮可的律師給我打來電話，說事情很難辦。不過，妮可想要的只是孩子們。他問我能不能告訴他，這種情況該怎麼辦？現在，妮可恨科學教，但她更擔心兩個孩子。她的任務是儘量悄無聲息地帶他們離開科學教。她不想弄僵自己跟科學教的關係。我對她的律師說，要是她想跟孩子們在一起，就必須保持沉默，不要議論科學教。”
如果說普通的名人科學教徒不得不在信仰和婚姻之間做出選擇的話，那麼，像湯姆·克魯斯這樣的活廣告找到一位像他一樣虔信科學教的配偶，就越發重要了。乍看起來，佩內洛普·克魯茲在馬德里的一個貧窮的家庭長大（一家人虔誠信仰天主教），她不符合這個條件。的確，佩內洛普在90年代拜會並採訪過加爾各答的特蕾莎修女，特蕾莎修女扶助無家可歸者的努力讓她深受啟發，於是她建立了自己的慈善基金“薩貝拉基金會”，以幫助印度的肺結核患者。
同時，佩內洛普對其他宗教信仰也持開放態度。她和墨西哥歌手尼可·卡諾（Nacho Cano）談了6年戀愛，這期間她接觸了佛教。2000年她見到湯姆之前，她描述過自己對信仰的態度：“我是作為天主教徒撫養長大的，但我有自己信仰上帝的方式，有自己的祈禱方式，我尊重多種多樣的人生哲學。我覺得自己最接近的哲學和宗教是佛教。”
精神自由的佩內洛普女士也許喜歡多種宗教。科學教喜歡自稱“應用宗教”，自稱可以與其他宗教信仰和平共處，但這是錯誤的。湯姆和克魯茲戀愛初期，他悄悄地帶她去了自己時常出沒的地方，即好萊塢的“名人中心”。他帶她參觀了整幢大樓，最後送給她幾本印刷精美的手冊和L·羅恩·哈伯德的著作。沒過多久，她就開始整天待在“名人中心”，據說一天要待7個小時，全神貫注地上科學教的基本課程。
很快，曾經把妮可淹沒的紅玫瑰和愛情便條，開始出現在佩內洛普眼前。不過，佩內洛普倒更喜歡他體貼入微的、似乎發乎本能的舉動，而不是奢侈的珠寶禮物。“佩內洛普是個不把禮物看得太重的人，”湯姆後來說，“她不是特別喜歡珠寶或者值錢的禮物。她喜歡自己外出時看到幾條留言、收到一封信、接到一個電話什麼的。”
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40 性感女神佩內洛普
湯姆和妮可戀愛之初，他讓妮可躲在暗處，直到自己的離婚官司塵埃落定。同樣，湯姆在2001年3月出席奧斯卡頒獎典禮時，他沒有跟佩內洛普坐在一起。兩個人都是頒獎嘉賓。湯姆頒發的是最佳男演員獎，佩內洛普要頒發最佳服裝設計獎。人人都可以注意到，妮可沒有出席晚會。雖然湯姆和佩內洛普想掩飾他們之間滋生的感情，但妮可和佩內洛普在為《名利場》雜誌的“好萊塢傳奇”拍照片時，兩個女人之間的敵意是瞞不了人的。攝影師安妮·萊博維茨（Annie Leibovitz）拍了一張集體照用做雜誌的封面照片，人物包括妮可、索