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神宗得疏以後，傳旨停鑄。是月，居正上雝肅殿箴：
北極紫宮，惟皇宅中，身為民表，心與天通。斯須不和則乖戾起，斯須不敬則傲慢叢，念常生於所忽，禍乃發於無窮。是以聖人事心，天命是敕；欽厥止，日謹萬幾；處深宮，心周八極；不以嗜慾滑和，不以逸豫滅德。無作好，無作惡，藹藹熙熙，如春斯煦；無荒色，無荒禽，兢兢惕惕，如淵斯臨。勿謂燕間，人莫與觀？一喜一怒，作人燠寒。弦急者絕，器平者安，優優和衷，為君實難。勿謂宥密，人莫與弼？一動一言，恆為度律，危懼則存，驕泰則失，昭昭神明，相在爾室。在昔成周，宇內太和，由雝雝其在宮，友琴瑟而不頗。亦曰懿恭，小民懷保，由肅肅其在廟，克對揚於祖考。我皇睿哲，是謂智臨，匪高明之不足，貴育德於靜深。我皇撫運，是謂開泰，匪豐亨之丕臻，懼此心之或佚。樂以平其情，雖鍾簴不設，而若聞希聲，然後心和氣和而天下平。禮以飭其志，雖升降未施，而若持重器，斯謂無逸乃逸而天下治。故曰，沖和者養威，淡泊者養祿，惕勵者養安，優勤者養樂。以古為師，於何不儀？平平周道，惟皇建之。以心為鑑，於何不見？穆穆文王，惟皇所憲。朽索在手，勿謂無傷！覆車在睫，奈何弗防？和不可流，敬不可忘，慎終如始，萬壽無疆。（文集二）
萬曆七年四五月間，發生兩次封爵的問題：一次是皇親王偉封永年伯，（《明史·外戚恩澤侯表》作萬曆五年封，誤）一次是遼東總兵李成梁封寧遠伯。王偉是王皇后底父親，神宗底岳父。神宗大婚，授王偉都督同知，現在命文書官邱得用，口傳聖旨，王偉著進封怕爵，吩咐內閣擬旨。神宗連正德二年，武宗岳父夏儒封爵，嘉靖二年，世宗岳父陳萬言封爵的故事，都送來了。居正無從拒絕，他說：“但既有正德以後事例，王偉系中宮至親，臣等不敢抗違。”但是他也指出：臣等恭照聖祖定製，公、侯、伯爵非有軍功，不得濫封。國初如魏、定兩公；自以佐命元勳，連姻帝室，彭城、惠安，雖託籍戚里，然亦半有軍功，昨上剖符，皆無容議。宣德中季，始有恩澤之封，宏治以來，遂為故事，然實非高皇帝之舊制也。（奏疏八《論外戚封爵疏》）
他又提到嘉靖八年，世宗曾詔各府、部衙門會議封拜事體的結果，彼時諸臣公疏：祖宗之制，非軍功不封。夫爵賞者天下之爵賞，人主所待以勵世之具也。今使椒房之屬，與有大勳勞之人，並享茅土，非所以昭有功，勸有德也。今除已封見任者，姑準終身外，此後凡皇親、駙馬，俱要查照祖宗舊制，不許夤緣請封。其有出自特恩，一時賞賚者，亦止照祖宗朝故事，量授指揮、千百戶等官，以榮終身。敢有違例奏請，希圖恩澤，妄引洪熙以後事例比乞者，聽本部及科、道官，即時舉劾，以為貪冒不知止足者之戒。（同前）
嘉靖八年奉旨批准。以後嘉靖、隆慶兩朝外戚封爵，只能及身為止，不準世襲，便是嘉靖八年會議的結果。現在居正重新提出，對於王偉的封爵，給與應有的限制。直到居正身後，這個限制才行撤消。
但是居正對於邊功，便是另外一個看法。萬曆六年三月長定堡之捷，固然是一幕鬧劇，但是十二月東昌堡之捷，卻是一個大勝。這一次泰寧部長速把亥、炒花、連同土蠻、黃臺吉、暖兔拱兔、大