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第一件要實行的，還是清丈的事，這是一件有關當時國計民生的大事，自從五年提議以後，到六年才實行，又因為原案有限三載竣事的規定，清丈的大事，在不慌不忙的狀態中繼續前進；大家對於實行開始的時間，反而有些茫昧了。居正死後，敬修作《文忠公行實》說起在勞堪為福建巡撫實行度田以後，居正才和張四維、申時行、張學顏等上疏提議清丈。其實這是錯的。清丈固然從福建開始，但是在耿定向的時期，不在勞堪的時期。六年定向為福建巡撫，八年始去，勞堪繼任，中間便差了兩年。居正曾和定向說起：丈田一事，按之人情，必雲不便，但此中未聞有阻議者，或有之，亦不敢聞之於僕耳。“苟利社稷，死生以之，”僕比來唯守此二言，雖以此蒙垢致怨，而於國家實為少裨，願公之自信，而無畏於浮言也。（書牘十一《答福建巡撫耿楚侗談王霸之辯》）
同卷又與定向言及“丈地畝，清浮糧，為閩人立經久計，須詳細精核，不宜草草。”（答福建巡撫耿楚侗》）這是萬曆七年之事。
到萬曆九年，限期將滿，照例給事中可以按限徹查，指名提劾；但是居正還是吩咐各省慎重將事，一面叮囑科臣從緩提劾。他屢次說起：清丈之議，在小民實被其惠，而於官豪之家，殊為未便。況齊俗最稱頑梗，今仗公威重，業已就緒，但恐代者，或意見不同，搖於眾論，則良法終不可行，有初鮮終，殊可惜也。今雖借重冬曹，願公少需，以畢此舉，慰主上子惠元元之心。（書牘十三《答山東巡撫何來山》）
清丈事，實百年曠舉，宜及僕在位，務為一了百當，若但草草了事，可惜此時徒為虛文耳。已屬該部、科有違限者，俱不查參，使諸公得便宜從事。昨楊二山公書，謂此事只宜論當否，不必論遲速，誠格言也。（同卷《答山東巡撫何來山》）
臨川丈田事，偶有聞，即以告，今事己竣，法無阻滯，則其人亦不必深究矣。此舉實均天下大政，然積弊叢冠之餘，非精核詳審，末能妥當。諸公宜及僕在位，做個一了百當，不宜草草速完也。前已屬該科老成查參，將此件不必入參，正欲其從容求精耳。江右事已就理，獨五縣未完，諒數月之內，即可了結，俟通完之後，具奏未晚。人旋，賤恙尚未全愈，力此草草，統惟鑑存。（同卷《答江西巡撫王又池》）
萬曆九年九月，居正抱病，答王宗載（即王又池）書，大致在九月以後，江西全省清丈通完具奏，大致已在十年之初，不及半年，居正即逝世了。居正對於清丈之事，屢稱宜及自己在位，做個一了百當，這裡流露他對於此事的熱心，同時也流露內閣其他諸人對此的缺乏認識。當他把考成法擱置，吩咐科臣不必提參的時候，我們很可看出他對於此事寄與最大的期望。
孟子說過，“夫仁政必自經界始”，在田畝沒有清丈以前，人民底負擔不能公允，便是最大的不平。居正認為“小民實被其惠”，認為“慰主上子惠元元之心”，確是不錯，但是這一次的清丈，和弘治十五年的清丈一樣，還是一次失敗。
居正對於清丈，曾經發動政治力量，但是結果沒有成功，最大的原因，還是當時的官吏，對於政治的認識不夠。有的主張只和舊額一樣，無須多報；有的看到清丈條例對於田地，有分列上、中、下三等的規定，索性一例填報下田，認為清丈是一種愛民的政策，不當填報上田，以致加重民眾的負擔。（息縣知縣鹿久徵事，見《明紀》卷四十）這些官吏在當時都認為是愛民的好官，而居正所得的聲名是“掊克”，是“以溢額為功”，再加以嘉靖間計算數字底錯誤，於是誤認弘治十五年清丈只有四百餘萬頃，萬曆六年清丈，得七百零一萬三千九百七十六頃，三百萬頃底增加，證實居正底掊克。數字的錯誤，更增加他底罪狀。
其實這一年比弘治十五年的數字，只增加八十一萬頃，而比之洪武二十六年清丈的數字，即連後開的雲南、貴州在內，尚差一百四十九萬頃，這又算什麼“掊克”呢？民間的田地，逐年集中到勳爵、官吏和大地主底手裡，大地主又倚仗他們的社會地位，對於國家逃避賦稅的負擔，以致造成國窮民困的現象。居正原有的計