爾文當政期間，還有幾個人因有耍巫術的嫌疑而被處以火刑。
1564年加爾文在日內瓦死去。他結過婚，他的妻子在1549年夭折，他們的獨生子一生下來就命歸九泉。
加爾文的主要意義並不在於他置身參加的政治活動，而在於他所傳播的思想體系。他強調《聖經》的權威和重要性；同路德一樣，他否認羅馬天主教的權威和重要性；同路德、聖·奧古斯丁和聖·保羅一樣；他認為人人都是罪犯，解救只能從信仰中來，而不能從良好的業績中來。加爾文有關宿命論和定罪論的思想特別鮮明突出。他認為上帝在不考慮功績的情況下就已經決定了誰該得到解救和誰該受到懲罰。那麼一個人為什麼還要在乎道德行為呢？加爾文的回答是：“選民”（即上帝挑選的要接受基督求解救的人們）也是被上帝選中的，其目的是為了讓他們表現正直。我們得到解救並不是因為我們行善，但是我們行善因為我們是為了解救而被選中的。雖然這種說教在有些人看來不可思議，但是卻鼓舞過許多加爾文教徒過著格外正直虔誠的生活。
加爾文對世界影響很大。他的神學學說最終贏得的信徒甚至比路德的還多。雖然路德教派在法國和斯堪的納維亞居統治地位，但是加爾文教派卻在瑞士和荷蘭佔了上峰。在波蘭、匈牙利和法國都有舉足輕重的少數加爾文教派，蘇格蘭的長老會教友是加爾文派教徒，如同法國的新教徒和英國的清教徒是加爾文派教徒一樣。清教徒在美洲的影響當然是即深刻又持久。
加爾文統治的日內瓦可