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為什麼《內經》中沒有說清楚“陰陽”呢？
從客觀上來看，“陰陽”不明確給中醫的理解造成了很大的困難，無論對今天的人還是古代的人，都是一樣的。我們應該相信，編寫《內經》的人絕不是有意為難後人，他們沒有說明白，確實有他們的難處。所以我們有一個大膽的推論：編寫《黃帝內經》的人也不懂。創造中醫“陰陽”的人是聖人，他們當然懂得什麼是陰陽。但繼承中醫學的人卻並不十分清楚，到了《黃帝內經》成書的時候，已經距離中醫的發明期至少1000多年，當時的人很可能與我們目前一樣，根本就不知道“陰陽”究竟指什麼，他怎麼能說得清楚？
《內經》中沒有說清楚，那麼後人研究清楚了嗎？說來不可思議，如此重要的概念，現代中醫竟然沒有一個明確的定義。
在中醫院校通行的教材《中醫學基礎》（第四版）裡，是這樣給陰陽定義的：“陰陽，是對自然界相互關聯的某些事物和現象對立雙方的概括……是古代的兩點論。”在這裡我們似乎看到的是哲學，而不是中醫學。
《黃帝內經研究大成》中說：“中醫學的陰陽，是中醫學方法的一對範疇，它是對中醫理論體系有關的某些事物和現象對立雙方的概括，含有對立統一概念。它既可以代表與生命有關的相互對立事物和現象，也可以代表生命過程中相互對立的兩個方面。”
在這裡，我們依然看到的是從哲學概念脫胎出來的中醫陰陽定義，它的哲學味道太重，以至於很難將它看成是醫學概念的定義。醫哲不分，以哲代醫，始終是中醫學的一大痼疾。大約人們認為，不上升到哲學的高度，不能標明祖先的偉大，但一味強調其哲學性，恰恰脫離了當時思維發展的水平。這也是中醫學被認為“不科學”的一個原因，外國人實在搞不明白：一個極其抽象的哲學概念，怎麼能作為醫學概念呢？
也就是說，直到今天，我們依然沒有超越《內經》中關於陰陽的論述，千百年來只是在反覆重複著同樣的語言。由於中醫概念的如此不確定性，當代中醫在解釋病機時，都是含含糊糊，概念先後不一致。
所以越來越多的人感覺到，中醫陰陽概念不能再是天上的雲彩，它必須變成雨滴，最後落回大地。何夢瑤就呼籲：“醫書動言陰陽，而不切指其為何項，甚屬朦混，當細分之。”陰陽必須有固定的指向，固定的內涵。
也有人試圖明確陰陽的指向，例如石壽棠就提出：“陰，人之形；陽，人之氣。”但這個分法還是說明不了許多醫學問題。
那麼，中醫陰陽能不能有具體的內涵？
從兩套生命系統來看“陰陽”
我們認為，無論陰陽是如何進入中醫的，但創造它的人，當時腦海中肯定有一個固定的框架，在這個框架中，陰陽不是哲學概念，而是一個確確實實的醫學概念，有具體的內容，它對應人體真實的生理原型。
根據我們對中醫的理解，我們認為，中醫陰陽是用來描述共生體的一個基本概念。為什麼這麼說呢？藏象生命與人類肉體組成了一個共生體，你中有我，我中有你。解剖生理系統的運作必然會涉及藏象系統，同樣，藏象系統的運作也必然會涉及解剖生理系統。所以中醫才使用了“陰陽”這個詞來描述這種共生關係。大概來說，陰指的是人體的解剖生理系統，陽指的是人體中的藏象生命系統。
如果我們站在“共生體”的角度，再來看中醫的陰陽，那就一目瞭然了，而且再沒有一個詞比“陰陽”更準確。
中醫陰陽是一個大概念，而且是個系統性的概念，可分為陰系統概念，陽系統概念。中醫在劃分這兩個系統概念的時候，隱隱約約有一條主線。凡是與人體解剖生理系統對應的、相關的都可以陰名之，凡是與人體藏象生理系統對應的、相關的都可以陽名之。
按照這條線索，我們再回頭看中醫紛亂的“陰陽”，它們似乎也變得好理解了。
第一、從生命的結構上來劃分。每個人都是由解剖生理系統和藏象生命系統組合成的“共生體”，故“人生有形，不離陰陽”。
解剖生理系統是有形的，即為可證的，而藏象系統則是無形的、不可證的。《內經》將有形的解剖生理稱之為陰，而將無形的藏象稱之為陽，例如，《陰陽應象大論》中就十分明確地將陰釋義為解剖