卻不按五行。
二是《素問》與《靈樞》之間有不對應的情況，例如《素問》裡“虛裡”、“纓脈”、“胞脈”、“溜脈”、“尻脈”、“解脈”、“大脈”、“散脈”等脈名特立獨行，毫無統屬，與《靈樞·經脈篇》的體系完全不同。
三是後人新增的東西與原本的內容混雜在一起，例如《靈樞·九宮八內》說，就源於漢代人對《易經》的理解，《乾鑿度》中有一段關於太一遊宮的記載，讀起來雲山霧罩：“易一陰一陽，合而為十五之謂道。陽變七之九，陰變八之六，亦合於十五，則彖變之數若一也。陽動而進，變七之九，象其氣之息也；陰動而退，變八之六，象其氣之消也。故太一取其數，以行九宮，四正四維皆合於十五。”此理論明顯是後人對《易經》的發揮，而且發揮得十分牽強。
因此，中醫的研究應該做這樣一項工作：徹底分清楚《內經》的組成，將後人屬於理解發揮的東西單列出來，儘量恢復古抄本的原貌。
既然《內經》是集納本，也就是說在此以前應該有大量原始的醫書存在，可這些醫書又在哪裡呢？
第二節 誰來證明中醫的起源
搞不清楚來龍去脈的東西往往讓人感到奇怪，比如說鬼魂。你在這個世界上找不到真實的鬼，如果哪個人見鬼了，那肯定會有大麻煩。孫悟空大家都感到很神奇，除了他的武功絕倫、事業崇高以外，恐怕也與他的出身有關——別人都有父有母，偏偏他沒有，他是從石頭裡面蹦出來的。
中醫學就是這樣一種奇怪的東西。成系統的中醫學——《黃帝內經》大約出現於春秋戰國之際，春秋以前找不到任何中醫學來歷的線索，東漢以後又沒有任何人有能力對它進行增補，在短短的200年左右的時間內，它一下就達到前所未有的高度，而且一經達到，後人就再也無法超越。這在邏輯上是無法成立的，因為一種醫學想達到一定的程度，非經過漫長的時間醞釀不可，它就像是一罈好酒，時間越長越醇厚。而一種東西曆史越長，留下的遺蹟也就會越多。
中醫沒有關於起源的任何證據，這就是我們面臨的問題。
但仔細想想，好像只能如此，因為中醫的歷史證據難以保留。比如說中藥，它只是一些天然物質，有植物也有一些礦物，讓這些東西儲存下來很困難，即使在古墓中挖出一些這類東西，也很難確定它一定與中醫有關。因為這些東西滿世界都是，只有我們確定它們是按中醫理論入藥的，那才是中藥，才與中醫的起源有關。可是這一點又有誰敢打保票呢？
一般來說，醫學器具容易保留，可是中醫的治療器具十分簡單，許多是與生活用品相互混雜，比如煮藥的用具一般與煮飯鍋沒有兩樣，現在的藥罐是很晚才發明的。所以即使我們出土的一個鍋，也不能說此物就是用來煮中藥的，並以此證明中醫的起源。
那什麼才能證明中醫的起源呢？
最有說服力的證據應該是文字，最好是這樣的：有一天考古隊從地下挖出串在一起的許多甲骨，研究後發現，原來這就是古老的《黃帝內經》。而且甲骨上還明確記載著：某年某月在某地，有某人如此這般發明了中醫。可惜這是一個夢，在已發現的15萬片甲骨當中，好像沒有關於中醫的確切記載（據今人統計，甲骨文中涉及醫藥的文字有323片415條卜辭，記載病名20多種。但這也不能證明中醫的起源，因為看不到理論及思維的線索，只能說當時有醫藥的記載）。
其實即使甲骨文中確有記載，我們也同樣不知道，原因很簡單，我們水平有限。從本世紀初開始到現在共發現15萬片甲骨，人們在反覆比較後確認，甲骨文中不重複的單字約有5000多個。5000單字是個什麼概念呢？今天的文科大學畢業生，他們所認識的漢字約有3000左右，郭沫若曾說自己認識大約4000個漢字，再多就不敢說了。
實際上，甲骨文中的單字可能會遠遠超出現在的統計，因為在甲骨文統計之前，許多有字甲骨被當做一味藥——“龍骨”來使用，中國第一部藥典《神農本草經》中就記載了“龍骨”一藥，當時是秦漢之際，距離我們今天大約2000年左右。當然並不是所有的龍骨都是甲骨，假定一年只毀掉1000片甲骨，那麼到甲骨文被發現為止，可能有近兩百多萬片被毀掉了。再假如，每一千片中有兩個我們現在不知道的單字，那麼就有4000左右的字徹底消失了。如果再加上現在被發現的字，整個甲骨文中的單字將接近一萬。從這一點我們可以看出，甲骨文是一個多麼成熟的文字型系，大約可以和我們今天的