—聯邦軍人這一生最大的宿敵——全身呈圓球狀黑色的生物，艾薩克斯！
北銀聯邦國內的居民都是千年前從他們的故鄉，位於現在早已在這個宇宙中消失了的銀河系中圈的一個小星球——地球遷移出來的。
千年前在地球上發生的那一場毀天滅地的大爆炸徹底的摧毀了那個早已被貪婪的人類掏之一空的母星。而在那場滅世的災難來臨之前，各國的首腦早已準備好了一切撤退的準備！所以但那一天來臨之時，各國的首腦乘坐上了他們建造的諾亞方舟，與全世界最出名的各行各業最巔峰的人物乘坐同一艘飛船。而從全世界尋找來的植物種子，動物胚胎放在另一艘船上，以及還有另外兩艘分別乘坐著兩萬名軍隊男子與一萬名軍隊女子的飛船！
在他們連續跳躍了三個以億光年為單位的距離後，始終找不到合適的降落地。而在這時，在各國首腦乘坐的飛船上又出現了問題！
各國首腦因為到不了預期的地點而產生了疲倦恐慌的心態，每個人都各執一詞，到最後竟然開始了內訌！而偏偏在這個時候他們遇到了新一輪幾乎將他們滅種的危機！潛藏於這個宇宙深處最危險的生物體，艾薩克斯！
艾薩克斯是這個宇宙最為突變的生物體，據研究這個生物體的誕生是由於某個巨大的星球爆炸時產生了能量足以改變靠近這個星球2萬光年內所以星球核心的元素屬性的射線，艾薩克斯而那個時候是靠近著這個星球最近的那一圈星球上的生物，艾薩克斯生來便有的獨有的能力�