控江南三大織造和鹽政幾十年，以及噶禮貪汙怎麼都告不倒可以看得出來，皇上對自己的幾位奶孃家是加恩了又加恩，放縱了又放縱。見奶孃在皇太后這裡，皇上自然要和奶孃說幾句，說著說著就一時感慨，詢問噶禮到底與張伯行有何個人私怨。
這原本是皇上加恩給噶禮，要奶孃在皇上面前給噶禮說說好話，說不一定連之前的降職都不用。卻不料奶孃深明大義，不但揭發了噶禮貪汙受賄的行為，還主動替張伯行辯護。奶孃的態度對皇上的態度產生了決定性的影響，他後來很是動容地說:“其(噶禮)母尚恥其行，其罪不容誅矣。”
此時，曹寅的密奏再次送到，說“此案亦有未妥，人心不能悅服”，張鵬翩如此潦草了局，在江南聲名大損，人人說其糊塗拘私，而其人竟然不等案情了結，便已經動身前往福建，導致揚州民心不定，議論紛紛。
皇上感到如果按照二審的結論結案，尤其是隻處置清名在外的張伯行，而放任胡作非為的噶禮，實在難以向江南民眾交代，於是下詔斥責張鵬翩等人“掩飾和解，瞻詢定議”，下令撤換張鵬翩、赫壽，而改派戶部尚書穆和倫、工部尚書張廷樞前往江南，令其務必嚴加審明。
到了這個時候，前往江南的欽差要調查的重點已經不是科場案，而是督撫互參案。皇上的本意，只要保全張伯行，大致處罰一下噶禮，令江南人心穩定下來就了事了。
然而，穆和倫、張廷樞卻沒有弄清“聖意”，也不願意得罪噶禮和兩位前任欽差。二人一到江南，不但不立即問案，還立即派人前去找張伯行說和，以噶禮“黨眾”為由，勸他向噶禮低頭。但張伯行卻依舊堅持己見，給了兩位新欽差一個大釘子。
兩位新欽差商量來商量去，最終決定大做表面文章—連十幾天，輪流提審科場案的人犯，煞是熱鬧，大有要明察秋毫、伸張正義之意。
這樣的姿態自然是和皇上的意圖相違背的，皇上雖然沒有立馬撤換這兩人，但還是讓人又在暗中調查此事，結果竟然發現了其中有太子胤礽的痕跡。此時皇上對太子胤礽那是本能防備，想到自己在警告過他後，胤礽仍然在自己不知道的時候，將插手了這事，這讓皇上毛骨悚然起來。
再加上太子胤礽復立後，搞出來的那些事情，比如戶部尚書沈天生等串通戶部員外郎伊爾賽等包攬湖灘河朔事例額外多索銀兩一案，皇帝與儲君之間的矛盾，終於又發展到不可調和的地步。
皇上決定再廢皇太子，在九月三十日，皇上巡視塞外回京當天，即向諸人宣佈：“皇太子胤礽自從復立以來，以前的狂妄還未消除，以至於大失人心，祖宗的基業斷不可託付給他。朕已經奏報給了皇太后，現在要將胤礽拘執看守。”十一月十六日，康熙帝將廢皇太子事遣官告祭天地、太廟、社稷。
太子胤礽再一次的被廢，這不單對朝廷大臣影響深遠，也影響到了穆和倫和張廷樞查案的態度，因此結果一出來，還是叫人大失所望。
康熙五十一年十月初五，科場案案發一年後，穆和倫、張廷樞將三審結論奏上:主考左必蕃縱容舞弊，革職查辦;副主考趙晉，同考官王曰俞、方名因受賄判斬立決;程光奎、吳泌等生員賄買考官，騙取功名，分別擬絞或枷責;兩江總督噶禮賣舉無跡，但審案不力，該受切責;江蘇巡撫張伯行捕風捉影，誣勃朝廷重臣，當革職論處;噶禮參張伯行各款“俱實”，免議。
這一次的結果可謂煞費苦心，表面做足了文章，公開處置趙晉、王日俞、方名等一干查有實據的考官、舉子，為江南士子出了一口氣。看起來，似乎比前任欽差要厲害得多，但在互參案上，一如他們的前任張鵬翩所奏，稱噶禮與舞弊案無關，張伯行所參噶禮各款“皆虛”。
已經被免職的張伯行倒是依舊無所畏懼，又上了一道奏摺，說:“科場舞弊只懲從犯，不懲首惡，難撫江南人心。朝廷王法不治枉法封疆大吏，此風若長，大清朝刑律將名存實亡。我張伯行革職事小，朝廷安危事大，請陛下再派賢臣重新審理。”
皇上看了三審的結論和張伯行的奏章後很是感嘆，說，“張伯行居官清正，天下之人無不盡知，允稱廉吏，但才不如守，果系無能。噶禮雖才具有餘，辦事敏練，而性喜多事，並未聞有清正之名。伊等互參之案，皆起於私隙，聽信人言所致，誠為可恥。”
但他也知道科場案到了這個時候，已經完全變成了滿漢大臣之爭，即使再追究，也不會有什麼結果，所以沒有應張伯行的要求再派欽差審理，只是下令九卿、詹事、科道就穆和倫等所審的結果進行討論，這就