16日傍晚，中國士兵和難民5000餘人，被日軍押往中山碼頭江邊，先用機槍射死，拋屍江中，只有數人倖免。
17日，日軍將從各處搜捕來的軍民和南京電廠工人3000餘人，在煤岸港至上元門江邊用機槍射斃，一部分用木柴燒死。
日本軍隊侵入南京城
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18日，日軍將從南京逃出被拘囚於幕府山下的難民和被俘軍人5。7萬餘人，以鉛絲捆綁，驅至下關草鞋峽，先用機槍掃射，複用刺刀亂戳，最後澆以煤油，縱火焚燒，殘餘骸骨投入長江。令人髮指者，是日軍少尉向井和野田在紫金山下進行“殺人比賽”。他們分別殺了106和105名中國人後，“比賽又在進行”。
在日軍進入南京後的一個月中，全城發生2萬起強姦、**事件，無論少女或老婦，都難以倖免。許多婦女在被強姦之後又遭槍殺、毀屍，慘不忍睹。與此同時，日軍遇屋即燒，從中華門到內橋，從太平路到新街口以及夫子廟一帶繁華區域，大火連天，幾天不息。全市約有三分之一的建築物和財產化為灰燼。無數住宅、商店、機關、倉庫被搶劫一空。“劫後的南京，滿目荒涼”。
後來發表的《遠東國際法庭判決書》中寫道：“日本兵完全像一群被放縱的野蠻人似的來汙辱這個城市”，他們“單獨的或者二、三人為一小集團在全市遊蕩，實行殺人、強姦、搶劫、放火”，終至在大街小巷都橫陳被害者的屍體。“江邊流水盡為之赤，城內外所有河渠、溝壑無不填滿屍體”。
南京大屠殺的歷史照片
據1946年2月中國南京軍事法庭查證：日軍集體大屠殺28案，19萬人，零散屠殺858案，15萬人。日軍在南京進行了長達6個星期的大屠殺，中**民被槍殺和活埋者達30多萬人。
中華民族在經歷這場血淚劫難的同時，中國文化珍品也遭到了大掠奪。據查，日本侵略者佔領南京以後，派出特工人員330人、士兵367人、苦工830人，從1938年3月起，花費一個月的時間，每天搬走圖書文獻十幾卡車，共搶去圖書文獻88萬冊，超過當時日本最大的圖書館東京上野帝國圖書館85萬冊的藏書量。
抗戰勝利後，指揮南京大屠殺的劊子手鬆井石根被遠東國際軍事法庭處以絞刑，谷壽夫被引渡給中國政府處死。
屠殺經過
大規模集體屠殺
南京大屠殺主要場所圖
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進城兵力約50000，執行軍紀維持的憲兵卻僅有17人的日軍除了個別地或小規模地對南京居民隨時隨地任意殺戮之外，還對中國人，特別是解除了武裝的軍警人員進行若干次大規模的“集體屠殺”。大規糢屠殺方法有機槍射殺、集體活埋等，手段極其殘忍。
12月15日（日軍佔領第3天）：已放下武器的中**警人員3000餘人被集體解赴漢中門外用機槍密集掃射，多當場遇難。負傷未死者亦與死者屍體同樣遭受焚化。夜，解往魚雷營的中國平民及已解除武裝的中**人9000餘人被日軍屠殺。又在寶塔橋一帶屠殺3萬餘人。在中山北路防空壕附近槍殺200人。
12月16日（日軍佔領第4天）：位於南京安全區內的華僑招待所中躲避的中國男女難民5000餘人被日軍集體押往中山碼頭，雙手反綁，排列成行。日軍用機槍射殺後，棄屍於長江以毀屍滅跡。5000多人中僅白增榮、梁廷芳二人於中彈負傷後泅至對岸，得免於死。日軍在四條巷屠殺400餘人，在陰陽營屠殺100多人。
12月17日（日軍佔領第5天）：中國平民3000餘人被日軍押至煤炭港下游江邊集體射殺。在放生寺、慈幼院避難的400餘中國難民被集體射殺。
12月18日（日軍佔領的第6天）夜，下關草鞋峽。日軍將從南京城內逃出被拘囚於幕府山的的中國難民男女老幼共57418人，除少數已被餓死或打死，全部用鉛絲捆紮，驅集到下關草鞋峽，用機槍密集掃射，並對倒臥血泊中尚能呻吟掙扎者以亂刀砍戮。事後將所有屍骸澆以煤油焚化，以毀屍滅跡。此次屠殺僅有伍長德一
南京大屠殺“百人斬”鐵證
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人被焚未死，得以逃生。大方巷難民區內日軍射殺4000餘人。
殺人競賽
1937年12月13日，《東京日日新聞》（即現在《每日新聞》）報道兩名日本軍官的“殺人競賽”。日軍第十六師團中島部隊兩個少尉軍官