主講中國通史，也吸引了大批學生。他的《國史大綱》新義迭出，創見尤多，被定為全國大學用書而一紙風行。所以內遷西南的各個高校都紛紛請他講學。
錢穆對顧頡剛一直抱有知遇之恩。在抗戰時期，顧頡剛在成都借齊魯大學設立國學研究所，希望錢穆任主任，錢遂離開西南聯大，於1940年到成都協助顧。雖然研究所所處的成都賴家園僻處鄉野田間，但錢穆認真講授，培養了嚴耕望、方詩銘等歷史學家。
錢穆之離開西南聯大，自然是由於顧頡剛的邀約，但也與那時校園的激進空氣有關。錢穆自述：“自餘離開聯大以後，左傾思想日益囂張，師生互為唱和。聞一多尤為跋扈，公開在報紙罵餘為冥頑不靈。……凡聯大左傾諸教授，幾無不視餘為公敵。”
錢穆教作文的方法很有趣。他認為，作文就是說話，口中如何說，筆下就如何寫。出口為言，下筆為文。他要求學生想說什麼如實寫下即可，遇到不認識的字，可以隨時提問。一天下午，錢穆要求學生做作文，作文題目為《今天的午飯》。學生的作文交上來以後，錢穆選擇一篇寫得好的抄在黑板上。這篇�