所料，他這種新的方子最多也只能治癒三成左右的病人，還有七成病人都還是不治而死。
大量病人送來之後，給了楊仙茅一個很好的觀察病情的機會，他需要確定這些病人究竟是怎麼得病的，得病之後有些什麼症狀，嘗試著對這些病症進行分類。
這是他判斷病因病機的一個基礎工作，透過這段時間給病人的診治，楊仙茅有了新的想法。他馬上把費神醫請了過來，想請他在一起分析一下自己的方子，看看這樣的判斷行不行。如果說這個思路可行，他再根據這個思路來確定方劑的配伍。
費神醫來了之後楊仙茅直接說道：“費神醫，這段時間裡，我透過治病發現，這種新的瘟疫實際上可以分為三大類，一類是導致毒性腫瘤的瘟疫。這種腫瘤是由於瘟疫的熱毒從面板的潰瘍或者傷處侵入，從而在脖子腋下或者腹股溝處形成了一種血性的熱毒。這種可以用我先前配置的那種方子來治療，那種方子之所以只能醫治三成左右的病人，是因為另外兩種瘟疫雖然性質上跟這種瘟疫差不多，但病症不同，因此我那個方子就沒有效果了。”
費神醫對楊仙茅的這個發現非常的驚訝，頻頻點頭說道：“原來如此，那你發現另外兩種是什麼樣子的？”
“第二種，我把它稱為血毒瘟疫，這種瘟疫是由於食用了不潔的食物，使得有熱毒的食物進入人的腸胃之後，在腸胃和血液中血毒蒸鬱，釀積成毒。外發為黑斑，擴大到整個身體各處。這種就需要用新的腸胃型的藥來進行治療。而第三種則是利用空氣，透過人的呼吸進入人的肺部，導致染上肺毒的瘟疫，這種瘟疫典型特徵就是吐血。當然這三種瘟疫相互之間並不是截然分開的，有的病人可能只佔其中的一種，有的可能是兩種或者三種都有。那就需要相應的調整方子。”
費神醫捋著鬍鬚頻頻點頭，這段時間他也一直在觀察楊仙茅這邊的情況。不過他沒有像楊仙茅這樣，將病歸結為幾種，然後再針對性的用藥。但是楊仙茅的觀點在他看來非常有道理，覺得完全可以按照這三種方法來製作三種相應的藥方。或者根據病人患有瘟疫的不同情況，來綜合調整用藥。
在得到費神醫的肯定答案之後，楊仙茅的信心強了很多。經過連續幾天的配藥試驗，最終他鎖定了一個基本方，並把這種方劑稱為加鹼解毒活血湯，這個藥方是在清熱解毒的基礎上增加了解血毒清血熱活血瘀的功效。基礎配方是連翹三錢，柴胡兩錢，葛根兩錢，生地五錢，當歸半錢，赤芍三錢，桃仁八錢，去皮尖打碎。紅花五錢，川樸一錢，甘草兩錢。
以這個解毒活血湯為基礎，針對三種病情再做相應的增減調配組合，從而形成不同的方劑，來抑制不同的症狀的病人。這就需要醫者對症狀有準確的把握，才能做到準確的調配。
楊仙茅用這個方子對他的病人進行針對性治療，結果經過大量的病案醫治之後，確認這個方子治癒率超過了九成。
楊仙茅並沒有把這個訊息告訴別人，因為他給病人看病的情況王院判和費神醫都高度關注，幾乎是天天守在旁邊看著。每次好一個，他們都會去記錄下來。因此當楊仙茅最後的藥方取得了超過九成的治癒力的時候，王院判已經連續幾道奏摺報告給了宋神宗。
宋神宗異常高興，馬上吩咐招見楊仙茅。
楊仙茅不知道這時候皇帝要見他做什麼，他其實沒什麼興趣去見這位皇帝的。不過思索片刻之後，他還是決定去見見皇帝。畢竟他要娶到藥香郡主，最終還得過皇帝這一關，所以還是不能夠跟他把關係鬧毛了。
進入宮城更為嚴格，不僅楊仙茅要將全身上下的衣袍換成裡面提供的乾淨的衣袍，而且還要徹底的沐浴並用藥水消毒。同時他也不可能長驅直入皇宮，而是在皇宮靠近大門的一處四周用高牆隔離起來的偏殿拜見皇帝。
而見到皇帝時，楊仙茅才知道什麼叫做小心謹慎。因為楊仙茅被送到偏殿之後，內侍讓他遠遠的站在門口，不許靠近皇帝，回答要大聲。
等了片刻，皇帝終於從後面屏風出來，坐在金鑾殿上，距離楊仙茅竟然有百十步以外。而且在這之前，太監已經告訴楊仙茅這個已經是對他的最大的禮遇了。皇帝面見其他大臣，大臣們都是在金鑾殿外面等候。需要商議什麼，只能在門外大聲表述自己的觀點，連奏章都不能進來的，就怕把皇帝給傳染了。
楊仙茅站在門口望著因為距離比較遠看不真切的皇帝，覺得他的氣色比較差，看來他經常生病是不假的。楊仙茅已經得到陪他來的太監簡單教了拜見皇帝的基本禮儀和注意事項，知道