，還要考慮患者買藥是否方便等。太繁華的地段房租高，太偏僻的地方又沒生意。考慮來考慮去，飛鴻決定地點還是放在一個適中的地段為妙，這樣便選中了廣州仁安街的一處商鋪。
商店都有名號，許多“老字號”憑名號就可產生可觀效益，給自己的藥鋪取個什麼名字呢？朋友們結合他醫館的特點，給他提了不少名稱作參考。飛鴻也認為要能體現自己藥店的特色即治跌打損傷為主的草藥店。想來想去，他後來確定以“寶芝林”作為醫藥館名稱。
1886年的一天，“寶芝林”醫藥館在廣州西關仁安街隆重開業。林世榮帶著飛鴻的其他徒弟前來舞獅祝賀，陳泰鈞提督也到場，加上其他朋友捧場，開業慶典搞得熱熱鬧鬧。
醫藥館門上寫著“寶芝林”三個字的牌子熠熠發光，門前懸掛著一副對聯，左聯為“寶劍出鞘”，右聯為“芝草成林”。
陳泰鈞問飛鴻為何選擇在西關的仁安街開辦“寶芝林”，飛鴻說：“因為曾在西關開過瀾橋武館，這一帶知道我黃飛鴻的人多，再說這裡商業發達，適合開店。”
陳泰鈞又問：“你父親黃麒英與你祖父黃鎮江曾開設‘泰康堂’，專營醫藥，你為什麼不用祖上藥店之名呢？還有旁邊這副對聯，有什麼深刻含義？”
飛鴻回答說：“父親和祖父開的‘泰康堂’主要經營生草藥，藥店的影響不大，所以我想另起爐灶。至於對聯的含義，你我都是習武出身，自然不如讀書人理解得快。前一聯，大意是說我這個開藥店的是一介武夫，所經營的藥也和跌打損傷有關；後一聯的‘芝草’是用靈芝來作比，大意是我這小店裡有些治病的良藥。是不是不夠謙虛呀，讓提督大人見笑了。”
“哪裡，哪裡！黃師傅治跌打損傷，是祖傳絕技，在廣州乃至整個廣東都鼎鼎有名。我相信，你的‘寶芝林’一定會興旺發達的！”
“謝謝提督吉言，飛鴻敬您一杯！”
飛鴻的父輩開藥店時，就將百姓疾苦當成自己的疾苦對待。麒英開生草藥店時為缺衣少食的窮苦人看病，分文不取還送藥。這種樂善好施的美德，使飛鴻從小就受到影響。現在他自己當家作主開藥館了，怎麼能失掉祖傳的美德呢？
“寶芝林”開業後不久，飛鴻體諒窮苦大眾生活的艱難，就向社會獻出跌打藥酒良方。在“寶芝林”門前的小廣告牌上，常貼著這樣的藥方：牛大力1兩，千斤拔1兩，半風荷1兩，寬根藤1兩，田七5錢，金耳環5錢；以上諸藥浸酒1斤5兩，15天后可用於骨頭未折，皮肉未開之一切跌打腫痛及練功積瘀、跌打損挫之傷。藥方還註明，此藥方的功效在於“活血散瘀，消腫止痛”。
飛鴻貼出的這張藥方用藥不多，但勝在少而精，它配搭合理，恰到好處。相傳這是少林派拳師陸阿採傳給麒英，再由麒英傳給飛鴻的。此後由飛鴻傳林世榮，由林世榮傳他的弟子關坤等。該方藥簡而效驗，故一直沿用至今，為傷科通用良藥，治療練功中的傷瘀有奇效。
因為這個藥方用藥不多，使老百姓能用最少的錢達到治好傷病的目的。飛鴻不但公佈藥方，還教他們如何泡製使用，許多廣州的老百姓都知道這個藥方，西關一帶的苦工都打心底裡感謝飛鴻，因為他們賣苦力常常免不了損傷，因而經常用到這個藥方。
一心一意懸壺濟世的飛鴻，對祖傳的一些藥方也加以研究，不斷改進。經過他的努力，“刀傷散”和“武夫大力丸”的療效大大提高，其醫術和醫德，深得社會各方面人士的稱讚。“寶芝林”開辦不久，聲名就大振。尤其是其醫治新舊患跌打創傷的“武夫大力丸”，與當時著名的李廣海跌打丸、何竹林的跌打風溼膏、梁財信的跌打膏藥並稱為傷科“四大名藥”，享譽省港澳。
林世榮、鄧秀瓊等徒弟經常到“寶芝林”來看望師傅，有時也向飛鴻討教武技上的事。徒弟們都很關心師傅，看到飛鴻還是孤身一人，都勸他要成個家。鄧秀瓊說：“要是有師母關照您，我們也就不必老為您擔心了。”
飛鴻苦笑著說：“我謝謝你們的關心，你們不是不知道，師公剛去世不久，按風俗我也得守孝呀！重孝三年，這是規矩。這事只有以後再說了。”
林世榮告訴飛鴻，他想開武館授徒，為了生計，也為了不使師傅教的武技絕招失傳。飛鴻表示：“我一向支援你開館授徒，如果有什麼困難，我能解決的都會幫你解決。只是你要記住一點，要讓你的徒弟們不要恃武滋事。”
問及他的武館準備開在哪裡，林世榮說：“我想離師傅的‘寶芝林’近一些，就在西關附近吧！這