他與蔣大概是前世有緣，這麼多前去佈道的“帝王師”中間，蔣對翁文灝竟然情有獨鍾。蔣喜用浙江人，翁文灝出生在浙江鄞縣，又算得上蔣的寧波小同鄉。他忠厚誠篤，又頗具才幹，是蔣最欣賞的那種德才兼備之人。於是，求賢若渴，蔣當下就邀翁文灝留下，出任新成立的政府高階諮詢機構——國防設計委員會的秘書長。翁文灝做夢也沒有想到蔣會有如此之舉，再三推辭而不得，最後，商定由錢昌照出任副秘書長，在南京執行常務，而翁文灝則掛一個虛名，依然回北平，主持他的地質調查所。不久，南京政府在不徵求他意見的情況下，發表他為###長。翁文灝又藉口“丁憂”，為繼母守孝而堅辭不就。
不過，翁文灝的掛牌南京，卻具有深刻的象徵意義。它意味著南京政府與北平自由知識分子攜手合作的開端。與翁文灝同時在國防設計委員會掛牌的，還有胡適之、丁文江、蔣夢麟、陶孟和、周炳琳、楊振聲、周鯁生等人。在亡國滅種的危機之下，在上一面，蔣介石也知道要藉助知識分子的力量搞專家治國了，而在下一面呢，本來向南京爭人權、要法治的自由知識分子也開始認同政府的合法性了。
翁文灝儘管掛的是頭牌，但在這一�