扎也被巴基斯坦法院指控與1981年3月的巴基斯坦國際航班被劫持事件以及當年9月巴基斯坦著名的慈善家扎胡爾？艾納希被殺事件有染。為此，穆爾塔扎一直逗留國外。
1993年，穆爾塔紮在流亡國外15年後終於回到了巴基斯坦。當年，穆爾塔扎以獨立候選人的身份參加了巴基斯坦的地方大選，成為信德省議會的一名議員。然而僅僅在歸國3年之後，穆爾塔扎就倒在了槍口之下。
穆爾塔扎之死，也很蹊蹺。
1996年9月20日晚，穆爾塔扎？布托參加完一個政治會議，與6名隨從人員一同驅車回家。在其住所附近，這7人遭到幾十名警察的伏擊，雙方發生短暫交火，穆爾塔扎中彈身亡。
布托家族的命運傳奇（5）
從後來陸陸續續透露出的報道中，今天人們可以基本拼湊出在那個血腥的晚上，大致發生了什麼。當天晚上，有70至100名巴基斯坦警察首先在穆爾塔扎的住處外設定了交通圍欄，在這群人的指揮者中，有幾名是巴基斯坦警方的高階官員。據說，一些警察甚至隱藏在伏擊地點周圍的大樹上，居高臨下，相當於狙擊手的位置，附近街區的街燈也被人關閉。
當穆爾塔扎和他的6名隨員的車開過來的時候，一名警員上前攔住了汽車，並要求穆爾塔紮下車。穆爾塔扎一下車，這名攔車的警察就向他開了火。伏擊的警察也隨即向毫無準備的其他6人射擊。而穆爾塔扎？布托身中數彈，致命的一槍在脖子處。穆爾塔扎？布托的幾名隨員也全部中彈。
蹊蹺的是，雖然伏擊就發生在穆爾塔扎的住所附近，但在伏擊事件發生後的幾十分鐘之內，竟然沒有一個人趕往現場對這幾名中彈者實施搶救，而是任由他們倒在血泊中，鮮血不斷從傷口流出。後來的搶救工作也顯得敷衍了事，這7個人被分送到不同的醫院。而穆爾塔扎也最終不治身亡。
穆爾塔扎的女兒法蒂瑪後來在回憶錄裡寫道，那個時候家已經被封鎖了起來，她並不知道發生了什麼，就打電話給當總理的姑姑。電話裡傳來的是哭泣的聲音，姑夫扎爾達里說：“你不知道嗎？你爸爸遭槍擊了。”法蒂瑪和家人趕到醫院的時候，穆爾塔扎已經死了。
事件發生後，政府方面逮捕了所有的倖存者和現場目擊證人，其中有兩人後來在被警方拘禁的過程中神秘死亡。從始至終，不僅沒有一名警察被捕，而且後來，在當晚實施伏擊行動的一些人甚至獲得了提升。
在自己的國家、在自己姐姐當政的時候、在自己住所附近被人用如此殘忍的手段殺害，穆爾塔扎的死激起了許多人的憤怒，其中不僅有穆爾塔扎的支持者，還包括一些貝·布托的支持者。許多人認為，對於穆爾塔扎的遇害，貝·布托難逃干係。所以，當貝·布托前往穆爾塔扎的葬禮弔唁時，一些憤怒的人甚至用石頭砸向了貝？布托的汽車。
在後來的年月裡，輿論將更多的懷疑指向了貝·布托的丈夫扎爾達里。1996年，貝·布托再次因為涉嫌貪汙被革職，丈夫扎爾達里隨即被逮捕。他的罪名除了貪汙受賄、非法佔有國家財產外，還有指使殺害穆爾塔扎？布托。在貝·布托下臺後，巴基斯坦警方甚至曾以參與謀殺穆爾塔扎為由，拘捕過扎爾達里，但是因為缺少證據，後來沒有能定罪。之所以缺乏證據，據說是因為在警方的調查人員趕到出事現場前，事發現場已經被人清理得乾乾淨淨。
至今，穆爾塔扎之死仍然迷霧重重。沒有人知道貝·布托是否在弟弟遇刺案中扮演了什麼角色。一家巴基斯坦法庭後來釋出的一份結論或者可以為這一事件做一個註腳：“如果沒有政府最高層的許可，這場刺殺不可能發生。”穆爾塔扎死後，他的###今達？布托至今是巴基斯坦人民黨——沙希德？布托派的領導人。
在這個權傾一時卻又命途多舛的政治家族中，阿里？布托的4個孩子之間到底是什麼關係？也許只有當事人才真正清楚。人們所能瞭解的表象是：貝·布托跟對政治毫無興趣的妹妹在感情上最親近，雖然她也很愛小弟弟納瓦茲，但她與穆爾塔扎和納瓦茲在政治理念上則有巨大的分歧。納瓦茲生性活潑，很少與姐姐就政治問題爭論，加之他過早離世，使姐弟倆之間的矛盾沒有全面引爆，而穆爾塔扎則與貝·布托有著太多的過節。
布托家族的命運傳奇（6）
早在1984年貝·布托出獄後初到倫敦的時候，她就對穆爾塔扎和納瓦茲在此前幾年間所從事的武裝暗殺行動頗為不滿。她把“佐勒菲卡爾”組織的活動稱為“陰暗的”。貝·布托在自傳《東方的女兒》