，只是福州城高堅險，鄭芝龍又早有準備，深溝堅壘以待，守城的閩軍和鄭氏家兵拼命做戰，接到命令後漢軍立時強攻一次，但沒有龍武衛相助，缺乏肉搏兵種的漢軍傷亡太大，各將眼看部下紛紛倒在城下，皆是看的兩眼出血，心疼之極。到是左良玉臨機一動，令萬騎射手紛紛射箭入城，上附招降文書。命那些客兵反水，攻擊閩兵。若是他們依命而行，則到時盡數赦罪，若是跟著閩人繼續抵抗，城破之日，盡數屠滅。
客兵原本就是害怕漢軍攻城後屠城，是以雖不能力戰，卻也跟在閩兵之後搖旗吶喊，以壯聲威。待接到漢軍招降書子之後，軍心立時不穩。鄭芝龍雖派兵嚴防，卻又哪裡防備的住。到了晚間，數千客兵發一聲喊，持刃狂衝至城門之處，將鄭氏家兵攆走，搬開塞住城門的沙包土石，大開城門，迎接漢軍入城。早有準備的漢軍立時衝入，以火炮在城門內一陣狂轟，火槍齊發，萬騎的強弓亂射，不分閩兵客兵，當場就射殺無數。可憐那些衝在最前頭的客兵本欲博個頭彩，得些好處，卻被殺紅了眼的漢軍一陣亂槍打的如蜂窩一般，慘死當場。城門一失，有著優勢火力的漢軍對著數量及戰力低劣之極的明軍，只是一場單方面的屠殺罷了。
待攻到福州總鎮府前，鄭芝龍屬下卻有不少自澳門買來的洋槍，再憑上幾門小炮，他那府衙又修的高大結實，一時間竟攻不下來。還是劉國軒惱了，命人推來幾十門火炮，齊齊對準了鄭府一陣狂轟，將那鄭府炸的雞飛狗跳，亂石崩雲。從半夜至黎明時分，火炮一直輪番轟擊，初時鄭府內尚有人還擊，待到天亮大亮，漢軍諸士卒一眼看去，只見處處斷瓦殘垣，殘肢斷臂。漢軍入內搜尋了半日，方在鄭府大堂之下將鄭芝龍的屍體扒拉出來，早就死的硬挺。
“這人也是一代梟雄！命人好生收斂，送回他老家，命他的族人好生葬了。”
劉國軒一聲令下，早有漢軍士卒押著在城門俘獲的鄭氏家兵過來，命他們尋些草蓆將鄭府內所有死難的上下人等盡數包裹了。尋些老成可*的，給了銀兩盤纏，將這些屍體送回給安海鄭氏處置。
眼見那些殘兵敗卒在廢墟堆裡尋找屍首，扒拉出一具鄭氏族人的屍身，便以草蓆包裹，放在一邊。張瑞等人因見無事，向劉國軒告一聲罪，自去別處巡查。那福建巡撫朱之馮原是要上吊自殺，誰料草繩搓的不實，吊了兩次俱不成功。待漢軍攻入巡撫衙門，此人早就斷了死志，呆頭呆腦的盤膝坐於巡撫衙門大堂之上。被漢軍一舉擒獲，為防各省客兵和閩軍殘卒禍害百姓，張瑞等人借了他的巡撫關防大印，並漢軍軍法部招帖告示，並所有駐防明軍盡數前來自首投誠，逾期不至，或是擾亂百姓者，盡數誅殺。
因此戰太過慘烈，死傷甚眾，又有零星散兵四處躲藏抵抗。雖第二天就命人前往南京報捷，城內卻是戒備森嚴，四處追剿散亂敗兵，拿捕明朝官員。槍聲火光並零星的炮聲數日內不曾停歇。算來自漢軍攻佔鎮江、南京，竟未有過如此激烈抵抗。到後來劉國軒與張瑞等人會商，下了戒嚴令，所有百姓官紳，出門者視同叛逆，窩藏明軍者，發現明軍不報者，一併視為助逆，一體依律處置。如此這般，直亂了十日之後，福州方才大定，撤戒嚴，恢復商貿行人。
十餘日軍民人等不得出行，只有漢軍監督下的運屍隊方能出門，因屍體過多，為防疫病，卻是不能掩埋，只得命人在城外晝夜不停的燃燒焚燬。鄭府上下死難的屍體早就運出城外，卻因戰事尚未平息，四處混亂不堪，不得啟行。百餘具屍體放在城外，雖是深秋天氣，卻已是開始發臭腐爛。那負責運屍的小兵頭目無奈，只得進城稟報了劉國軒，請他開恩，讓他們即刻起行。劉國軒因當年一同隨張偉奉侍鄭芝龍，雖無甚故主之情，卻也不欲使芝龍身後事太過難堪。竟格外開恩，命人於城內搜尋了幾十副棺木，送出城去，將鄭府有頭臉的盡數裝斂了，以防屍臭。又特命張瑞派出一隊飛騎，護送這些人回安海。卻又想起一事，將那些鄭氏家招集過來，問那幾個頭目道：“咱們家大將軍初投鄭老大的時候，他有個兒子在日本平戶出生，是鄭老大與一個日本女子所生，叫什麼田川夫人來著。這母子可曾回國，又可曾死在福州城內？”
那幾個親兵頭目面面相覤，不知道這漢軍大將是何用意，各人一時猶疑不定，皆是不敢回話。
“你們莫怕！我來福建之前，大將軍曾經有諭，命我善待鄭氏家人。又想起當年投*鄭老大時，他正好有一子出世，是以吩咐幾句。若是死了，也就罷了。若是沒死，大將軍命我派人好生照看著。鄭老大家資千萬，大將軍命抄沒以充軍用。若是鄭老大尚有後人