殼製造廠，用於生產“石井式”陶瓷細菌彈。還有一個運輸班。
第四部：生產各種生物戰劑，部長川島清少將。下設4課進行各證細菌的生產。
第五部：訓練教育部，部長園田太郎大佐，後由西俊英軍醫中佐接任。負責培訓從事細菌武器，細菌戰的人才。
第六部：裝備部，部長大谷少將。負責器材，裝置的供應。
第七部：診療部，部長永山大佐。負責細菌感染的預防和日本人的醫療。
第八部：總務部，部長中留金藏中佐，後由太田澄軍醫大佐兼任。負責整個部隊的財務管理、生產計劃、人事分配。
162部隊：設於林口縣，支隊長西俊英軍醫中佐，後由榊原秀夫軍醫少佐接任。
43部隊：設於海林鎮，支隊長尾上正男軍醫少佐。
73部隊：設於黑河市孫吳縣，支隊長西俊英軍醫中佐。
543部隊：設於海拉爾市，支隊長加藤恆則軍醫少佐。
9部隊：設於大連市，1939年劃歸731部隊
在細菌研究、生產和試驗的中心區域，設立了兩道防線：第一道防線是高達三米的高牆，高牆上架設高壓電網，牆外設定防護壕。在圍牆四周設立東、南、西、北衛兵所。南門只允許731部隊本部人員出入使用。沿著圍牆有日本軍人巡邏，在動力班大煙囪、給水塔和“方型樓”的南北制高點設立瞭望監視哨。第二道防線，設在“方型樓”的四周，圈有土牆。這裡是細菌研究、生產和試驗的中心場所。在主樓兩側的空場上，設有兩處秘密監獄，關押著被試驗的人。
731部隊194o年全面投產，工廠擁有雄厚的細菌生產裝置。有孵育器45oo具；有容量1噸的製造培養液的鍋爐4個和容量2噸的製造培養液鍋爐兩個；有培養器18oo具；營養液消毒器3o具，有整溫器5具，有培養液冷卻室兩個，這個細菌工廠每一個生產週期就可生產3oo億具有中等繁殖能力的微生物。由於細菌產量大，只好用公分來計算細菌團的體積，或者用公斤計算細菌的重量了。據原731部隊隊員的測算，這個細菌工廠每月可生產鼠疫菌3oo公斤，或者生產炭疽菌7oo公斤，或者生產傷寒菌**百公斤，或者生產霍亂菌1ooo公斤。
1941年6月22日以後，日軍參謀總長要求加緊準備細菌戰爭，從此以後，731部隊更加繁忙了，晝夜開動機器，使各種細菌產量累累增加。隨著細菌產量的上升，本部和各支隊培殖老鼠、跳蚤等媒介物的計劃也隨之加碼。儘管這樣，還感到媒介物不足，於是在本部和各支隊附近，向中國老百姓攤派上繳黃鼠的任務。