也正是出於對這種力量的恐懼，萬曆皇帝才會下旨禁燬天下書院，宣佈泰州學派為邪教，更是逮捕並秘密殺害了何心隱、李贊等泰州宗師。然而這更加激起了民眾的憤慨，在東廠逮捕泰州門人的歲月裡，各階層的市民竭盡全力掩護他們，使泰州派儲存了大部分的力量。
之後泰州派的活動由明轉暗，開始秘密集會傳播，並效仿瓊林派，建立了嚴密的組織使組織力和保密性大大提高。而萬曆皇帝一手掀起的滔天閹禍，也給了他們迅速恢復實力，並加速發展壯大的良機一泰州學派對皇帝的批判，對私有財產不可侵犯的鼓吹，得到了身處水深火熱中的廣大市民的強烈擁戴，產業工人、手工業者和小商人紛紛加入其中。
而本該嚴密監視化們的東廠特務，ｑ就全情投入到搜刮富人的盛宴中，哪有工夫理會這些撈不出油水的窮措大和小市民，正所謂天時地利人和到長沙事變前夕，泰州派已經發展為分支遍佈全國，黨徒十幾萬人的強大會黨了！
因為泰州派以市民階層為基礎，自然要對礦監稅使展開激烈的批判，隨著閹禍逐漸升級，批判也逐漸升級，最終必然要付諸行動。事實上從今年年初起，泰州派上下，就在策劃大規模的抗稅〖運〗動。
但在付諸行動之前，他們必須等到瓊林派點頭。
雖然比起泰州派來，瓊林派只能算是王學後輩然而後生可畏，這個以“實心學，為核心的王學支派，既接地氣，又有經世致用、修齊治平的高度，一經問世便改變了王學末流的亂象，吸引了無數優秀青年加入並隨著其信眾的成長，一舉在萬曆九年的留都大會上，被各派公推為王學正宗開始著手整合各派，統一王學。
瓊林派能崛起如此迅速除了它高超的理論和嚴密的組織之外，還有一個不二法門，就藏在其名稱中“瓊林，。
進士登科，賜宴瓊林，這在科舉取士的年代裡，對讀書人有著無以復加的吸引力。
在社團成立之初，沈默等人便認識到文社的盛衰，與科場的榮辱密切相關，好學之士以文社為學問之地，而馳鶩之徒則以文社為功名之門，故而以此為名，來吸引讀書人的加入。
而在次年的掄才大典中，七人全部及第，且全都點中翰林，使“瓊林七子，的名號遍及天下，各地學子紛紛登名社錄，爭入瓊林之門。瓊林諸子也不遺餘力的栽培進門弟子，大有把持科場之勢。
從嘉靖四十一年起，至今八次春闈加兩次恩科，共十次大比中，三十名一甲進士，瓊林派佔了六成，七百名二甲進士，瓊林派佔了五成，兩千五百名三甲進士中，也有三成左右……這還是萬曆皇帝在八年、十一年的殿試中，故意排擠瓊林派出身的進士的結果。
對瓊林派把持科場，自然有人看不順眼，一些北方和西南士人便公開說：“孰元孰魁，孰先孰後，瓊林已編定無遺人矣”。但無論如何，沈默當初設想借廣收門徒，以控制士林、把持科場，最終達到左右政權之目的達到了。
最早的瓊林諸子，在萬曆初年便當上了侍郎尚書，甚至登閣拜相，把持了萬曆初年的朝政。儘管他們與晉黨以及萬曆皇帝的鬥爭中紛紛下野，然而他們的首代弟子已經成長起來，紛紛上位接班，繼續把持內閣六部、兩京各省萬曆自然不會罷休，他繼續鬥爭，繼續把瓊林派趕出朝堂，至少趕出北京，眼不見心不煩。據說在東暖閣有一扇屏風，上面密密麻麻寫滿了瓊林派成員名單，每當吏部擬任命官員，萬曆就讓人在上面找名字，沒有，透過，有，否決。他希望以這種方式，來漸漸完成對瓊林派的清洗，應該說是個很穩健的辦法。
然而魔高一尺道高一丈，萬曆九年留都大會，瓊林派成了王門盟主，換言之，全天下的王門中人不管是泰州派還是浙中派亦或是江右派、這種小派別的，都要聽其號令。而在兩代首輔的強力推廣下，天下不信王學的讀書人，不是不多，而是鳳毛麟角。
就像孫猴子跳不出觀音菩薩的五指山，無論萬曆皇帝用誰，都是瓊林派的人。這種挫敗，換了誰都受不了，萬曆皇帝才寧缺毋“瓊”索性一個官員也不任命。
其實萬曆也不是破罐子破摔他這是抱著寧肯朝堂一空、朝政廢弛，也要將瓊林黨人清洗掉的決心。這對瓊林派的打擊當然很大，至少那些以求取功名為目標計程車子，已經打著重振理學的旗號，在與瓊林派劃清界限了。
但這並不能影響瓊林派眼下的鼻盛，不說形同虛設的京城，單說南京六部和地方督撫，基本上都是瓊林門下。而北京政權的缺位，使地方官員的權力膨脹迅速基本上各省軍政事務，都是由