清軍陣地面前，吳軍擲彈筒停止轟擊之後，清軍才壯著膽子發起了一次反擊衝鋒，妄圖殺退吳軍的進攻和點燃事前掩埋的黑火藥地雷。
輪到已經很少能夠大展身手的吳軍擊針槍發威的時刻來臨，面對著迎面殺來的清軍人群，吳軍將士從容瞄準開槍射擊，機械一般的迅速裝填子彈，以山西清軍土包子不敢想象的速度快速輪射，也象割麥子一樣的成排成排把山西清軍士兵打翻打倒，幾乎不給清軍任何近身白刃戰的機會。偶爾有幾個漏網之魚衝到吳軍陣地近處，也馬上慘死在吳軍基層軍官的左輪槍下，沒有一個能夠獲得跑到吳軍士兵面前掄刀子的機會。
是人都會有怕死心理，發現繼續向前純粹是白白給吳軍送人頭之後，僥倖還沒被吳軍火槍打死的清軍士兵自然開始了不斷逃亡，衝鋒攻勢很快就消失得無影無蹤。吳軍將士繼續大步推進，吳軍擲彈筒手緊緊跟上，大搖大擺的直接殺向懸掛著徐繼畬帥旗的清軍指揮部所在。
發現情況不對，徐繼畬趕緊打出旗號，命令兩翼之兵衝擊吳軍兩翼，然而早就被嚇得兩腿發軟的清軍士兵才剛磨磨蹭蹭的發起進攻，吳軍那邊就已經立即變陣，兩支橫隊左右分出，保護住了擲彈隊的兩翼，以‘門’字形繼續向前進攻。
不得不佩服徐繼畬的應變之能，即便從沒和吳軍的線性戰術交過手，徐繼畬還是十分天才的立即發號司令，派遣一軍迂迴去抄吳軍背後。然而吳軍方面的反應更快，才剛發現清軍迂迴來抄背後，吳軍擲彈筒隊中馬上分出一百餘人，舉起擊針槍保護住了背後，也把吳軍陣形變成了吳超越賴以揚名天下的空心刺蝟陣。
是隻能夠滾動的大刺蝟，保持著嚴整隊形的同時，吳軍刺蝟陣仍然在向清軍指揮部迅速推進，清軍幾次壯著膽子發起衝鋒，也很快就被吳軍的擊針槍和手雷彈擊退。同時被保護在刺蝟陣中間的吳軍擲彈手開準機會，也不斷把擲彈筒炮彈轟進清軍人群密集處，炸得清軍士兵上竄下跳，衝鋒攻勢更加凌亂不堪，軟弱無力。
終於，吳軍刺蝟陣推進到了清軍指揮部的兩百米處，停下腳步掩護擲彈隊轟擊清軍指揮部，不過很可惜，聰明過人的徐繼畬早就料到吳軍士兵是想來送他回家，早早就帶著部將親兵逃離了指揮台，吳軍的密集火力覆蓋收效並不大，沒能炸死多少清軍士兵。
不過也足夠了，連綿不斷的爆炸聲中，不但清軍的指揮號令旗接連倒地，徐繼畬的帥旗也在轟擊中飄飄落地，徐繼畬再也無法透過旗號指揮整個茅津渡戰場，清軍的軍心士氣也遭到了重創。
這時，劉坤一也帶著後軍發起了進攻，輕而易舉的和前軍聯手殺潰了隔在兩軍之間的清軍機動隊，與前軍匯為一股，然後立即向清軍的渡口防禦陣地發起進攻。
守衛渡口的清軍士兵開始欲哭無淚了，他們躲藏的堅固地堡全都是面向渡口碼頭，只能躲在工事後對著渡口碼頭開槍，背後卻毫無防禦，從背後殺來的吳軍士兵想怎麼對他們開槍就怎麼對他們開槍，打得他們死傷慘重，只能是紛紛放棄工事撒腿逃命，辛苦修建的堅固工事也基本上形同報廢。
還有清軍針對渡口修建的炮臺，本來掉轉炮口之後，清軍炮臺還能對從背後殺來的吳軍將士形成一定威脅，然而當吳軍將士殺到近處，開始以彈道可控擲彈筒集中轟擊炮臺後，清軍的炮臺也一座接一座燃起了沖天大火，其中還有幾座炮臺上火藥被吳軍擲彈筒炮彈引燃殉爆，直接炸塌了炮臺。
從陌底鎮全速趕來的清軍機動兵力已經趕到了茅津渡，可是看到戰場上橫七豎八的同伴屍體和吳軍的強大火力，跑得氣喘咻咻的清軍機動隊卻說什麼都不敢衝鋒進攻，加入戰場。而黃河對岸的吳軍大隊卻是毫不客氣，馬上就以新編團練為先鋒發起搶渡，搖櫓划槳的衝過黃河趕來增援。
第一支吳軍船隊渡河期間，個別倖存的清軍炮臺還開了炮轟擊河面封鎖航道，然而他們的位置才剛暴露，南岸的吳軍火炮馬上就開火還擊，以鐘錶法和三角定位法雙重測定距離後的吳軍火炮也打得極準，沒用多少炮彈就幹掉了殘餘的清軍炮臺。
與此同時，吳軍的苦味酸炮彈還對茅津渡的地面上展開了一次火力覆蓋，儘管吳軍的炮彈穿透力不佳，沒能入地多深，可是苦味酸火焰還是引燃了不少的清軍地雷導火線，提前引爆了清軍用來陰吳軍的黑火藥地雷，保證了登陸部隊的腳下安全。
“其實正面打也有把握突破，不過肯定沒這麼順利，也更沒機會大量殲滅敵人。”這是張之洞在南岸觀戰時發出的嘀咕。
事實也的確如此，在傷亡很小的情況下迅速渡過黃河後