而清軍和日軍到達朝鮮之後，東學軍領袖全琫準等人鑑於繼續對抗會引起外國武裝干涉，便放棄了“驅兵入京”的計劃，同意和朝鮮政府談判，“相議官民相和之策”。嚴世永、洪啟薰等人被迫答應東學軍提出的12條改革方案，其中包括嚴懲貪婪暴虐的官吏、兩班和富豪，取消封建等級制度，廢除苛捐雜稅和公私債務，廢除奴婢和賤民制度，嚴懲私通日本者，平均分配土地等，史稱全州和議。同時，政府還“許置執綱於各郡”。6月11日，東學軍撤出全州。東學軍在其控制區內的53個郡縣建立執綱所，作為自己的政權機構，以貫徹執行全州和議的12項改革方案，管理當地一切事務。史載“於是東徒割據各邑，設執綱所於公廨，置書記、省察、執事、童蒙之名色，宛成一官廳，日以討索民財為事。所謂邑宰只有名位，不得行政，甚者逐送邑宰”。全州和議達成標誌著甲午農民戰爭第一階段結束。
兩天之後和全琫準取得聯絡的任超，以拉練為名，率領二百名士兵出城。出城之後，任超命令大部隊裝模作樣的在城外拉練，自己卻率領著十幾名親兵秘密來到了參禮驛，在這裡任超見到了東學黨領袖全琫準。
兩人寒暄了一番，全琫準笑著問道，“不知道任大人率兵來到全州所為何事？”
任超微微一笑，放下手中的茶杯，“我向來敬重全將軍這樣的英雄，既然將軍問起，那我也就直言無諱了！”
“大人只管之言，全某洗耳恭聽！”全琫準客客氣氣的說道。
“全將軍應該知道，我大清已與日本正式宣戰，此戰我大清必勝！倭寇不過一跳樑小醜，只要我天兵一到，必然土崩瓦解。但是戰端一啟，難免兵連禍結，我大清皇帝不忍見朝鮮生靈塗炭，所以特地派下官前來和全將軍商議，希望將軍能夠揭竿而起，率領義軍與天兵並肩作戰，共同對付倭寇，事成之後，下官必當上奏吾皇，這樣一來，全將軍的宏圖大志也可得以施展，朝鮮也可早日消弭戰火，豈不是兩全其美，將軍素來愛民如子，應該不會拒絕吧！”任超說完微笑著端起了桌上的茶杯，輕輕的抿了一口，暗中卻在觀察著全琫準反應。
全琫準聽後臉上先是露出狂喜之色，但是很快便平靜下來，任超看在眼裡不禁暗道，“這全琫準不愧是一代梟雄呀！果然是個人物！”
全琫準皺著眉頭一臉為難的說道，“大人，朝鮮國小民弱，大清與倭寇交戰，我們恐怕也幫不上什麼大忙呀！何況全某隻是一介平民，又豈敢妄談國家大事！”
“砰！”的一聲，任超將茶杯狠狠的放在了桌子上，猛然起身冷笑著說道，“我敬重全將軍乃是英雄，才來和將軍一起商議，共舉大事！奈何將軍卻處處提防，既然將軍信不過任某，那任某這就告辭了！”說著起身就要往外走。
“大人勿要動怒！”全琫準連忙拉住任超，笑著說道，“此事可榮我們細細商議。”
“還有什麼可商議的！”任超冷哼了一聲說道，“我任超乃是一介武夫，肚子裡可沒有那些彎彎繞。今日全將軍如果答應，我們就接著往下談，如果不答應，那麼我立馬回全州，然後提兵北上，與倭寇血戰沙場！”
“這個！”全琫準面露為難之色，但是見任超一臉決然之色不似作偽，連忙說道，“倭寇在我朝鮮肆意妄為，上月更是悍然攻入王宮，挾持國王和王妃，干預我國朝政。如此野蠻行徑，天人公憤！不瞞任大人說，即便大人不來，全某已有起兵抗倭之心，如今得大人相助，何愁大事不成！”
全琫準所說的日軍攻入朝鮮王宮之事，指的是7月23日，日軍突襲漢城王宮，挾持高宗和閔妃，扶植了以興宣大院君為首的親日傀儡政府。但是可笑的興宣大院君不願受日寇擺佈，表面上對日寇虛與委蛇，暗地裡卻給清軍報信，但是可惜清軍太不爭氣，最終還是戰敗了！
而任超之所以來找全琫準，也是因為任超對這段歷史多少有些瞭解，知道歷史上甲午戰爭爆發之後不久，全琫準率領東學黨義軍再次揭竿而起，打出“輔國安民”的旗號，決定興師北上，直搗漢城，推翻親日傀儡政府，驅逐日本侵略者。可惜由於種種原因，導致義軍直到11月18日才發動對漢城的軍事行動。但是此時清軍節節敗退，日軍已經攻入遼東半島，11月22日，日軍攻破要塞旅順，便可騰出手來鎮壓東學軍。日本派白木誠太郎中尉、宮本竹太郎少尉率領2000名士兵（兩個大隊）前往鎮壓起義，朝鮮政府也起用申正熙為兩湖巡撫使，率李鬥璜、成夏泳等部共3200名官軍配合日軍圍剿東學軍。在日軍和朝鮮官軍的聯合鎮壓下，東