在就任黨衛軍法官一職後，對不法之舉（不管犯者為誰）仍直言反對。由於他之嚴格按證據所作的判決觸怒了上司，摩根便被派往前線某黨衛軍師部工作，以示懲罰。由於他名聲太大，他遂於１９４３年被調至黨衛軍保安處經濟犯罪案辦公室任職，不准他處理政治案件。那年夏初，他奉命到布痕瓦爾德集中營，對一樁長期懸而未決的貪汙案件進行常規調查。涉嫌者系該營的指揮官卡爾·科赫。人們懷疑他將集中營的勞工租給民間僱主，從而吃糧食空額等，總的說來，為謀取私利而辦集中營。初步調查的結果仍不足以為他定罪；另外，還有一大群人支援科赫，認為他無辜。
７月間，摩根前往魏瑪，下榻於希特勒最喜歡的當地旅館——“大象旅館”不聲不響地開展調查研究。令他奇怪的是，他發現，坐落在魏瑪上方一座山頭上的集中營，竟景色宜人，裡邊的設施油漆一新，很乾淨；地面上鋪滿了青草和鮮花。營內的犯人看上去很健康，曬得黑黝黝的，吃得也不錯。他們能定期通郵；營內有一個大圖書館，藏有各種外文書籍；演雜技、放電影、舉行體育比賽——甚至還有一所妓院。在深入進行了解後