向劉瑾的靠攏的人，都被以各種名義被罷免、調職、外派。
秦睿和劉瑾兩人之間的正面衝突沒有發生，但稍微有政治嗅覺的人，都覺得京城的氣氛異常壓抑，雙方都在不斷收集對方的罪證，憋著出大招。
三個月之後，秦睿火力全開對付起劉瑾來，首先出馬的是教育部長程敏政，一篇《奏劾劉瑾、石文義、張彩、曹元等奸黨疏》成了戰鬥檄文。奏疏中，程敏政直言“臣觀內侍劉瑾為天下第一大賊，盜權竊柄，誤國殃民。外賊惟邊境為急，內賊惟劉逆為急。”“瑾握批紅之權，儼然以天子自居，攜皇上之權，侵有司之事，凡府部每事之題覆，需先面稟而後起稿。瑾之直房，百官奔走如市；府部堂司，瑾差人來往不絕。事無大小，惟瑾主張。一或少違，顯禍立見。”
程敏政奏疏中共列舉劉瑾壞祖宗成法、竊皇權、僭越、悖逆太后、貽誤軍機、失天下民心等十條大罪，又列舉石文義、張彩、曹元等阿附權勢、助紂為虐，樁樁件件有實有據。
奏摺遞到內閣後，謝遷、李東陽幾位沒法處理，只能轉到司禮監，由正德皇帝自己處理。而此時的焦方卻以生病為由，請了長期病假。