，賀人龍師潰，宗龍被圍，文嶽走陳州。甲申，周延儒、賀逢聖復入閣。辛卯，封皇子慈炯為定王。壬辰，傅宗龍潰圍出，趨項城，被執死之。賊屠項城及商水、扶溝。戊戌，李自成、羅汝才陷葉縣，守將劉國能死之。
是月，官軍破張獻忠於英山之望雲寨。冬十月癸卯朔，日有食之。十一月丙子，李自成陷南陽，唐王聿鏌遇害，總兵官猛如虎等死之。十二月，李自成連陷洧川、許州、長葛、鄢陵。甲子，戍解學龍、黃道周。李自成、羅汝才合攻開封，周王恭枵、巡撫都御史高名衡拒守。
十五年春正月癸未，孫傳庭為兵部侍郎，督京軍救開封。乙酉，楊文嶽援開封，賊解去，南陷西華。戊子，免天下十二年以前逋賦。是月，山東賊陷張秋、東平，劫漕艘。太監王裕民、劉元斌帥禁兵會兗東官軍討平之。二月戊申，振山東就撫亂民。癸丑，總督陝西都御史汪喬年次襄城，遇賊，賀人龍等奔入關，喬年被圍。丁巳，城陷，被執死之。戊午，大清兵克松山，洪承疇降，巡撫都御史丘民仰，總兵官曹變蛟、王廷臣，副總兵江翥、饒勳等死之。是月，孫傳庭總督三邊軍務。三月，李自成陷陳州。丁丑，魏照乘致仕。己卯，祖大壽以錦州降於大清。辛卯，李自成陷睢州、太康、寧陵、考城。壬辰，封皇子慈召為永王。
丙申，李自成陷歸德。是春，江北賊陷含山、和州，南京戒嚴。夏四月癸亥，李自成復圍開封。乙丑，削謝升籍。五月己巳，孫傳庭入關，誅賀人龍。甲戌，張獻忠陷廬州。丁亥，王樸棄市。六月戊申，賀逢聖致仕。癸丑，張四知致仕。甲寅，詔天下停刑三年。己未，詹事蔣德、黃景，戎政侍郎吳，俱禮部尚書兼東閣大學士，預機務。庚申，詔孫傳庭出關。兵部侍郎侯恂督左良玉軍援開封。
壬戌，以會推閣臣下吏部尚書李日宣六人於獄，謫戍有差。甲子，祀地於北郊。
是月，築壇親祭死事文武大臣。山西總兵官許定國援開封，潰於沁水，寧武兵潰於覃懷。秋七月己巳，左良玉、虎大威、楊德政、方國安四鎮兵潰於朱仙鎮。八月庚戌，安慶兵變，殺都指揮徐良憲，官軍討定之。乙丑，釋黃道周於戍所，復其官。丁卯，兵部尚書陳新甲下獄，尋棄市。九月壬午，賊決河灌開封。癸未，城圮，士民溺死者數十萬人。己丑，孫傳庭帥師赴河南。辛卯，鳳陽總兵官黃得功、劉良佐大敗張獻忠於潛山。冬十月辛酉，孫傳庭敗績於郟縣，走入關。十一月丁卯，援汴總兵官劉超據永城反。庚午，發帑振開封被難宗室兵民。壬申，大清兵分道入塞，京師戒嚴。命勳臣分守九門，太監王承恩督察城守。詔舉堪督師大將者。戊寅，徵諸鎮入援。庚辰，大清兵克薊州。丁亥，薊鎮總督趙光提調援兵。戊子，張獻忠陷無為。己丑，遼東督師侍郎範志完入援。閏月癸卯，下詔罪己，求直言。壬寅，大清兵南下，畿南郡邑多不守。丁巳，起廢將。是月，李自成陷汝寧，前總督侍郎楊文嶽、僉事王世琮不屈死。十二月，大清兵趨曹、濮，山東州縣相繼下，魯王以派自殺。己巳，李自成陷襄陽，據之。左良玉奔承天，尋走武昌。賊分兵下德安、彝陵、荊門，遂陷荊州。癸巳，焚獻陵。
十六年春正月丁酉，李自成陷承天，巡撫都御史宋一鶴、留守沈壽崇等死之。
庚申，張獻忠陷蘄州。二月乙丑朔，日有食之。己巳，範志完、趙光會師於平原。三月庚子，李自成殺羅汝才，並其眾。壬寅，命大學士吳督師討賊。丁未，賊陷武岡，殺岷王企。張獻忠陷黃州。夏四月丁卯，周延儒自請督師，許之。
辛卯，大清兵北歸，戰於螺山，總兵官張登科、和應薦敗沒，八鎮兵皆潰。是月，劉超平。五月癸巳朔，張獻忠陷漢陽。壬寅，周延儒還京師。丙午，修撰魏藻德為少詹事兼東閣大學士，預機務。戊申，吳罷。丁巳，周延儒罷。壬戌，張獻忠陷武昌，沈楚王華奎於江，在籍大學士賀逢聖等死之。六月癸亥，詔免直省殘破州縣三餉及一切常賦二年。己卯，逮範志完下獄。丙戌，雷震奉先殿獸吻，敕修省。秋七月丁酉，親鞫範志完於中左門。乙卯，親鞫前文選郎中吳昌時於中左門，徵周延儒聽勘。己未，戒廷臣私謁閣臣。京師自二月至於是月大疫，詔釋輕犯，發帑療治，瘞五城暴骸。八月壬戌朔，左良玉復武昌、漢陽。丙寅，張獻忠陷嶽州。丙戌，陷長沙。庚寅，陷衡州。九月丙申，張獻忠陷寶慶。己亥，黃景緻仕。辛丑，孫傳庭復寶豐，進次郟縣，李自成迎戰，擊敗之。庚戌，張獻忠陷永州，巡按御史劉熙祚死之。辛亥，賜楊廷鑑等進士及第、出身有差。壬子，孫傳庭兵以乏食引退，賊追及之，還戰大敗，傳庭以餘眾退保潼關