段拂袖而去。
按理說，皖系久居中央，控制中樞時日久了。吳佩孚只不過湖南迴來一個小閥，兵械倦怠，那是不能和安福會比了。可實際，皖系卻吃了一個大虧。當時的皖系主力，全部由徐樹錚帶領，在外蒙平息了叛亂。聽說湖南兵變，急急忙忙地趕回來。千里奔波，再加上段祺瑞心存驕傲，頓時吃了大虧。
第一次直皖戰爭，只打了四天。吳佩孚出盡了風頭。又是埋伏，又是齊射，又是飛射，又是燒糧。徐樹錚大敗，皖系從此退出歷史舞臺。
直皖戰爭，意義十分重大。吳佩孚從一個名不見經傳的地方小官，自此踏入了上洛之路。
吳佩孚七月入駐洛陽後佔了湖北，而且一口氣打下了湘北重鎮岳陽。四川方面，川軍一直攻破宜昌。吳不及休整，親自帶兵直赴戰場。但懋辛、藍文蔚聽著就怕了。打了幾仗，丟了就跑。於是吳佩孚完全控制三峽。鄂王一戰，吳佩孚定下了武力統一天下的雄心。
他在第二次直奉大戰中失敗以後，在情況十分危急時，有人勸他躲進外國租界地暫避一時，或者是取得洋人支援出國，以求東山再起。但吳佩孚都堅決拒絕了。在他忍辱負重逃到四川奉節白帝城以後，日本人又派特使找到他，答應給他財力和武力的大力支援，幫助他報仇雪恥，恢復霸業。但是，吳佩孚卻不為所動，他對日本人的回答是：這是我們中國人自己的事，用不著外人插手。
當時共產黨重要人物董必武的一番評價，足以代表共產黨人對吳佩孚的基本看法。董必武說：“吳佩孚雖然也是個軍閥，但他有兩點卻和其他軍閥截然不同。第一，他生平崇拜我國曆史上的偉大人物關、嶽，他失敗時不出洋，不居租界……；第二，吳氏做官數十年，他統治過幾省地盤，帶領過幾十萬軍隊，他沒有私人積蓄，也沒有田產，有清廉名。”
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血灑執政府（1）
民國史上出現最多的兩個詞就是：戰事和慘案。
而北洋時期中的慘案最為人們所熟知，並且經常提到的就是三？一八慘案。魯迅《紀念劉和珍君》一文就是對當時死難青年的沉痛哀悼與對兇殘當局的強烈抨擊。針對政府欲掩蓋事情真相的流言，魯迅一針見血的指出：墨寫的謊說，決掩蓋不住血寫的事實。血債必須同物償還。拖欠得愈久，就要付出更大的利息。在文章的末尾則乾脆署上“三月十八日，民國以來最黑暗的一天，寫”。
三？一八慘案發生後，段祺瑞頓足長嘆：“一世清名，毀於一旦！”並趕到現場，面對死者長跪不起，下令嚴懲兇手。之後，為表示對這場殺戮的懺悔，他宣佈終身食素，此後不吃葷腥，至死不改。
三？一八慘案究竟是誰下令開的槍，雖大多指認是段祺瑞，但沒有實證，還有其他說法，按傅斯年的說法是鹿鍾麟，有人指出是總理賈德耀，還有人說是當場指揮官傳令失誤。
不管怎麼樣，虎兕出於柙，龜玉毀於櫝中，典守者難辭其咎。始作俑者自然是段祺瑞。
雖然段祺瑞在長跪不起，嚴懲兇手，但是，輿論並沒有因為他們這些做法而對他們稍有寬恕。
三？一八慘案發生後，周作人、林語堂、朱自清等著名知識分子紛紛譴責段祺瑞政府；劉半農作詞、趙元任譜曲的哀歌唱遍京城，魯迅終止正常創作，就此慘案連續寫了《紀念劉和珍君》在內的七篇檄文。著名報刊《語絲》、《國民新報》、《世界日報》等，特別是邵飄萍主持的《京報》，大篇幅地連續地發表訊息和評論，廣泛而深入地報導慘案真相。此時中國知識界和媒體異口同聲的要“喚醒各黨各派，一致起而討賊”。
在慘案發生之前，段祺瑞在國民心目中印象頗佳，以不抽不喝不嫖不賭不貪不佔的“六不總理”名聞於世。更有逼迫清帝退位、反對袁世凱稱帝、反對張勳復辟的“三造共和”之功。
慘案發生之時，是段政府處於“非常時期”。段政府既有內憂——頒佈法令、人事任免均受到奉、馮兩派的掣肘的內憂，又有外患——大沽口炮擊事件。按邏輯分析，段祺瑞確實沒有沒有心力殺害和平情願的學生，但是慘案已然發生，段必須承擔一切後果。何況，在此之前殺害革命元勳張振武，廢除《臨時約法》等作為，根本是不把法制、共和、民主放在眼裡。雖有“三造共和”之功，卻無共和之意，究其根源，無非以共和來滿足自己的權力慾望而已。
慘案發生後，北京各高校和大學校長、教授也紛紛譴責段祺瑞政府的暴行。時任北大校長的傅斯年在昆明見到對慘案負有直接責任的鹿鍾麟