1〃事件發生以後，美國情報界的日子非常不好過，中央情報局和聯邦調查局更是被國會和公眾責難的焦點。雙方都有失職之處：中央情報局未能在國外獲得本·拉登策劃這一活動的預警情報，聯邦調查局則沒能在國內發現和制止恐怖分子的準備活動。一種普遍的觀點認為，美國各情報機構門戶之見太深，互不合作、不通訊息，是這個悲劇發生的重要原因。
中央情報局和聯邦調查局曾一度就〃9·11〃事件相互責難，都說問題出在對方。這樣的互相指責持續了一段時間後，雙方都意識到對彼此都沒有好處，於是決心加強相互間的情報合作與共享。聯邦調查局局長羅伯特·米勒將這一點列入他的改革計劃中，決定設立一個情報辦公室，由中央情報局派員管理，並由中央情報局派出專家幫助聯邦調查局收集和分析情報。中央情報局對這一點予以積極配合。
2004年10月，中央情報局和聯邦調查局就〃9·11〃恐怖襲擊預警的責任問題達成諒解，承諾今後不再相互指責對方有失職行為。他們達成諒解的第一個標誌就是，雙方合作逮捕了美籍〃基地〃組織成員穆加西爾，挫敗了一起襲擊陰謀。
然而，這兩家之間長期的歷史恩怨不是短時間內可以完全化解的，很快，在審訊俘虜的問題上，雙方又發生了爭執。
反恐戰爭開始以來，美軍手裡抓到了不少俘虜，其中