該協定很快被中國留日學生知曉。由於1904年日俄戰爭給中國帶來了災難，留下惡劣印象，這個協定被視為又一次賣國協定。訊息傳出，4月24日，留日學生救國團致電馮國璋、段祺瑞，反對“中日協定”。
5月12日，留日中國學生罷課回國，在滬組成留日學生救國團，開展反對協定運動。同時，北京的學生湧向總統府，要求廢除協定和公開協定內容。
但是，5月16日，日本政府派陸軍少將齋藤季治郎與段祺瑞政府靳雲鵬內閣在北京秘密簽訂《中日陸軍共同防敵軍事協定》。5月19日，中日雙方又進一步簽訂《中日海軍共同防敵軍事協定》。
5月21日，北京大學、高師、工專等校學生2000多人至總統府，請求廢止這兩個軍事協定，並要求公佈條文內容。次日，天津學生也向直隸省長進行了請願活動。當月，北京、上海、天津、南京、濟南等地學生和罷學歸國的留日學生，組織學生救國團體。
6月6日，在上海復旦公學召開“留日學生救國團”全體大會。
6月23日，留日學生救國團與上海各界開聯合會議，反對《中日陸軍共同防敵軍事協定》。
7月14日，廣州各界召開拒約救國公民大會，反對《中日陸軍共同防敵軍事協定》，並於20日成立各界聯合會。
但是，出於增強個人實力和應對中俄邊境白匪騷擾等多方面的考慮，段祺瑞政府未予讓步。8月6日，###再次通告：限罷學回國之留日學生於9月10日前回東京報到。
後來，在1919年2月5日，北京政府還與日方締結了延長軍事協定的協定。
在這期間，1918年3月3日，蘇聯與德國達成和約之後，蘇聯退出了一戰戰場。德奧方面得以將先前對付俄國的兵力轉用於西歐戰場，給協約國西歐戰場和整個協約國軍帶來嚴重威脅。協約國高層決定利用先前被俄軍俘虜的原屬奧匈帝國的捷克斯洛伐克軍團5萬官兵來增加自己的兵力。
4月，協約國和原沙俄軍隊一起設法讓這批捷克軍同意加入協約國軍。協約國方面立即組織將他們從俄國中西部的對德奧前線經由西伯利亞鐵路前往海參崴，準備從這裡海運到西歐戰場。
捷克軍剛轉運一部分，協約國方面突發了新的戰略構想：直接由協約國組織聯軍，對這些捷克軍提供武器裝備和後方保障，讓他們從俄羅斯北部的阿爾漢格爾斯克經烏拉爾山脈至伏爾加河口構成一條東西向的烏拉爾戰線，重新從俄國方向恢復對德奧聯軍的夾擊。這條防線同時具有阻止蘇聯紅軍東進的戰略意圖，而這後一個意圖在沙俄軍隊和美國方面看來更重要。
6月7日，協約國的凡爾賽最高軍事委員會向日本提交出兵備忘錄，希望日本參與向西伯利亞派兵。
當時，日本的大陸侵略主義者久原房之助的追隨者田中義一中將，這時已先後任參謀次長和陸軍大臣等要職，在簽訂中日共同防敵軍事協定中，他也曾參與。當英法兩國提出派聯合國軍出兵西伯利亞倡議時，他以為機不可失，企圖利用這一時機，乘蘇聯尚未穩固之機，將貝加爾湖以東的遠東三州（外貝加爾州、黑龍州、沿海州）納入日本的勢力範圍。就主張立即響應，並鼓動當時的陸相寺內正毅積極參與。
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第一章 三場奇怪的戰爭·三個狼狽的軍閥（18）
但是，當時日本政府正在圖謀中國山東和滿蒙地區，對是否向西伯利亞派兵以及派多少、向什麼方向派等猶豫不決，正在抓緊調查研究，遲遲沒有答覆。
21日，在西伯利亞東部等得不耐煩的捷克軍，強行佔領了西伯利亞鐵路，準備接著向海參崴轉移。協約國方面聞訊，立即催促日本表態。日本政府於當天答覆說，日本願意派兵，但必須以能得到美國的同意為前提，出兵地區也僅限於西伯利亞。
日本的出兵條件使美國感到為難，也遲遲不予答覆。美國很擔心日本趁機大舉出兵，侵佔西伯利亞。而日本一旦在西伯利亞立住腳，前景難以預料，連美國的阿拉斯加都將難得安寧。因為早在美國從沙俄廉價買阿拉斯加前後，日本曾打算向那裡大舉殖民，遭到美國立法阻止。
由於捷克軍的壓力和英法方面的強烈請求，7月8日，美國向日本表示，為援助海參崴的捷克軍西進與西部西伯利亞友軍匯合，美國願意以日方為捷克軍提供軍火和代守海參崴為前提，與日本各派7000人兵力前往增援。
對此，日本認為日美派遣同等兵力，說明列