妻羅氏，婚後三個月羅氏病卒。
1882年 受聘廣州水師任武術教練，並考取廣州將軍衙門“靖汛大旗手”一職。
1885年 在金花廟舉行酬神慶典時結識提督陳泰鈞，兩人比試武藝，成為好友。陳泰鈞將飛鴻推薦給記名提督吳全美。吳全美聘飛鴻為軍中技擊教練，飛鴻停辦回瀾橋所設武館。
1886年 1月黑旗軍領袖劉永福進駐廣州；不久飛鴻之父麒英染疾卒。月餘後，吳全美也去世，飛鴻辭去軍中技擊教練職務，在廣州仁安街設跌打醫館“寶芝林”。
1888年 劉永福騎馬摔傷，久治不愈。有人推薦飛鴻為他治療，一週即治好。劉賞識黃飛鴻武藝高強、醫術精通，聘為軍醫官和福字軍技擊總教練，向其贈由張之洞題寫的“醫藝精通”木匾。
1894年 9月 劉永福率領軍隊赴臺灣抗擊日本侵略軍，飛鴻隨劉率九營福字軍抵臺，駐守臺南。
1895年 6月飛鴻被唐竟崧任命為“殿前大將軍”。此後飛鴻在新竹、嘉義和臺南保衛戰中，飛鴻親臨一線浴血奮戰。10月劉永福護臺失利，飛鴻離臺返粵，自此僅行醫不再教授武藝，“寶芝林”前榜：“武藝功夫，難以傳授；千金不傳，求師莫問。”
約1896年 續娶馬氏為妻，生二女、二子（漢林、漢森），不久馬氏病卒。
約1902年 續納岑氏為妻，生二子（漢樞、漢熙），不久岑氏病卒。幾年後，在香港指點劉忠打敗西方大力士。
1911年 8月，應劉永福邀聘，任廣東民團總教練。
1912年 魚欄夥記馮如燦（賣魚燦）遭歹徒勒索被毆，飛鴻見義勇為嚴懲歹徒，“義救賣魚燦”一事在羊城廣為傳頌。
1915年 59歲