此後雙方進行談判，政府提出了還械六條件，後來附加要商團代籌北伐經費300萬，雙方為此爭執不下。10月4日，商團以尚未領回被扣槍械為由，聯絡廣州及百餘個縣鎮的商人代表在佛山開會，決定發動第二次罷市，並再次前往廣州向政府表示抗議。
為了顧全大局，10月9日孫中山令蔣介石發還部分槍支。蔣介石即將長短槍5000支交由李福林點收轉交商團。第二天商團在西壕起卸槍械，恰遇廣州各界群眾紀念雙十節遊行。商團護械的團兵不讓遊行隊伍透過，群眾不服，竟遭商團軍襲擊，當場打死群眾二十餘人，傷及百餘人。對受傷者還挖腹摘心，殘忍至極！
商團殘殺群眾，還散發傳單侮辱政府，並派兵巡街，強令商店罷市。他們截斷廣韶交通，宣稱陳炯明將返穗。如此種種，造成人心惶惶。
在中共廣東區委和廣大民眾的支援下，孫中山增強了平亂的決心，組織了革命委員會作為臨時軍事指揮機關。
10月13日，廣州宣佈戒嚴。莫桂蘭和飛鴻在得到戒嚴令後，關上了“寶芝林”大門，叮囑家裡人千萬別往外跑。
14日，胡漢民省長下令解散商團，鮑羅廷、蔣介石、廖仲愷、譚平山等人指揮黃埔學生軍、警衛軍、工團軍、農團軍等同時出動，鎮壓商團叛亂，捉拿骨幹分子，收繳商團槍械。
飛鴻所住的地方，正是雙方交戰最激烈的場所。15日凌晨，商團軍首先向警衛軍開槍。工團軍、農團軍、黃埔學生軍和其他軍隊奮起反擊，分五路包圍西關，雙方激戰了好幾個小時，戰鬥一度打得相當激烈。
在鎮壓商團的過程中，一些不法軍人、地痞和土匪乘機在廣州商業最繁華的西關一帶，大肆燒殺搶掠，造成了許多人間悲劇。
第五部分亂世遺恨（4）
“寶芝林”在這場戰亂中也被點燃了，濃煙滾滾隨風轉，秋風助火勢，一下子燒成熊熊烈火。燒殺搶掠幹什麼的都有，飛鴻和家人哪顧得上救火，還是逃命要緊。飛鴻和莫桂蘭帶著孩子們逃出火場，回頭再望經營了三四十年的“寶芝林”，此時的“寶芝林”早已被一片火魔包圍，很快就要化為灰燼。
飛鴻傷心不已，有如萬箭穿心。他站在一旁久久不肯離開，濃煙嗆得他不停地咳嗽，莫桂蘭拉他，他還是不肯移步。
三十多年的心血，被一場無情的大火付之一炬，能不令飛鴻傷心嗎？他不肯離開，莫桂蘭也不便強迫他走，就扶著他離火場遠一點。邊走莫桂蘭邊安慰他說：“火已燒到這份上了，你難過也沒辦法呀！古人說的好，錢財如糞土，沒有了錢咱們還可以再去賺，要是氣壞了身子骨，那可就損失大了。”
“這個道理我當然知道，可是，這是我一輩子的心血啊！沒了‘寶芝林’，今後靠什麼生存？”
莫桂蘭安慰他說：“藥方印在咱們心裡，‘寶芝林’是燒不掉的。咱們一定會東山再起的！”
莫桂蘭勸飛鴻離開現場，找個地方安頓下來再說。飛鴻說什麼也不肯離開，這畢竟是他生活了幾十年的家呀！
經過幾小時的激戰，廣東革命政府軍終於鎮壓了這次商團軍的叛亂。商團副團長李頌韶向政府軍投降，表示願繳械贖罪。西關地區被燒燬的商鋪又豈止飛鴻他們家的“寶芝林”，昔日一片繁華的西關街，如今成為被戰火塗炭過的廢墟。
天亮了，斷壁殘垣裸露在市民們的視線中。有的人從躲藏的地方出來，望著被毀掉的家園，傷心地哭了。飛鴻是堂堂七尺男兒，望著這慘狀，禁不住也落下了傷心的淚。
面對廢墟，飛鴻無限傷感：“可惜，真可惜啊！劉將軍給我題的字、張總督的墨寶都燒了。還有我的那幅肖像，多威風呀，也成灰燼了。以後再也看不到這幾件珍貴的東西了！”
莫桂蘭不停地安慰飛鴻。
很快，飛鴻的徒弟聽說了西關一帶火災的狀況，擔心師傅及其“寶芝林”，便從四面八方趕來看師傅。見到眼前這副慘狀，徒弟們一個勁地安慰飛鴻。飛鴻的徒弟鄧秀瓊和鄧芳，最先把師傅接回家中療養。
在徒弟家住了幾天，飛鴻與莫桂蘭決意不給人家添麻煩，便想出去租房住。鄧秀瓊對師傅說：“您要是不覺得我這太簡陋，願住多久就住多久。您現在出去，‘寶芝林’又被燒了，住哪呢？”
提到“寶芝林”，飛鴻頓時又難過得說不出話來。鄧秀瓊等人安慰他說：“師傅不要難過，過幾天我們這些徒弟們合計一下，大家湊錢也要讓你重開‘寶芝林’。”
有這樣的徒子徒孫，飛鴻還有