第二天七月初一，王公親貴，一品以上的大臣，進宮叩賀，各遞如意。然後就要論功行賞了。恭王與軍機大臣已經密議了好幾次，用本朝從無文臣封王封公的先例為理由，封曾國藩為一等侯，錫以佳名，號為“毅勇”，這卻又不象文臣的稱號了。
曾國荃的爵位次一等，封為威毅伯，李臣典是一等子爵，蕭孚泗是一等男爵。此一役中，獲“五等封”的，就只這侯、伯、子、男四個人。曾國藩的侯爵“世襲罔替”，其餘的都是及身而止。李臣典甚至一天的“爵爺”都沒有當過，恩封詔旨到日，他已經在七月初二病故了。
此外東南各路統兵大帥及封疆大臣，普加異數，官文和李鴻章也封了伯爵，獨獨浙江巡撫左宗棠和江西巡撫沈葆楨，不在其內，因為浙贛兩地，尚未敉平，封賞不能不緩。但有江寧克復的煌煌恩典在，左宗棠和沈葆楨自然會格外奮勉。這是朝廷一番策勵的深心。自然，京內軍機大臣，軍機章京，各衙門有功的人員，亦都論功行賞。大致說來，賞得其平，人心大悅。但朱洪章僅得五等封外的一個騎都尉，頗有人為他不平，認為曾國荃因為他不是湘軍將領而有意歧視，李臣典的那個子爵，得來未免容易。
過不多久，曾國藩從安慶到江寧親自視察以後，奏報絡繹，詳情愈明，同時也有許多人從前方到京，細談起來，連蕭孚泗的那個男爵，封得也叫人不服。他的得膺上賞，是為了生擒李秀成的緣故，但不是力戰屈人，只不過李秀成逃到山上破廟裡，為鄉民掩護藏匿，他以隨身所攜珠寶作酬謝，不料另有一批鄉民，見利相爭，結果李秀成倒黴，被捆送到官軍營裡，這一營正是蕭孚泗的部下。所謂“生擒”的真相是如此。
另有許多人相信這一個說法，曾國荃的厚愛蕭孚泗，別有緣故。當城破之時，首先衝入的朱洪章，由中路直攻“天王府”，生擒洪仁達，其時已將黃昏，朱洪章進府搜殺，封閉府庫，緊閉轅門，派兩營兵守護，等待曾國荃來處理。隨後，蕭孚泗便來接防，這一夜工夫，把“天王府”中所積聚的財貨，搜劫一空，到了第二天中午，不知如何，一把火起，“天王府”燒得乾乾淨淨。因為蕭孚泗對曾九帥有這番大功勞，所以借生擒偽“忠王”為名，奏報時列名在第二，恰好輪到一個男爵。
這些話雖言之鑿鑿，到底是道路傳聞，可能出於妒嫉曾國荃勳業的有意中傷，但不久有曾國藩的一個奏摺，似乎證實了道聽途說，不為虛言。
他的奏摺上說：“歷年以來，中外紛傳，逆賊之富，金銀如海，乃克復老巢，而全無貨財，實出預計之外。目下籌辦善後事宜，需銀甚急，為款甚巨，如撫卹災民，修理城垣駐防滿營，皆善後之大端。其餘百緒繁興，左支右絀，欣喜之餘，翻增焦灼。”
恭王看到這個奏摺，大為不悅，而且也象曾國藩那樣，“翻增焦灼”。慈禧太后曾經提醒他過，大亂一平，百廢俱舉，要早早準備款項，而他想用接收而得的財貨，用於辦理善後的打算，如今是完全落空了！
不過，恭王在眼前還沒有工夫去追究這一層。在同一個摺子中，曾國藩奏報了“洪秀全、李秀成二賊酋分別處治”的情形。洪秀全的屍體，在“天王府”的一個假山洞中發現，經曾國藩親自檢驗後焚燬，李秀成，則在七月初六黃昏處決。上諭原命戮洪秀全的屍“傳首東南”，李秀成則解到京城行“獻俘禮”，曾國藩都未照辦。還有“偽幼主洪福瑱查無實在下落”，尤其不能令人安心，不得不拿曾國藩抄送軍機處的，李秀成的供詞來好好研究一下。
為了天氣太熱，也為了格外保密，恭王把軍機大臣們邀到他的別墅“鑑園”去小飲，傳觀李秀成的供詞，一共一百三十頁，兩萬八千多字，頗花了一些時間，可是這還不是供詞的全部。
曾國藩到江寧，曾親自提審李秀成一次，隨後便委交他的幕僚主審。而實際上所謂審問，只是讓李秀成在“站籠”中書寫親供，從六月二十七寫到七月初六，也不知寫了多少字？寫完就送了命。因為李秀成幾乎是洪軍中唯一能得到百姓同情的一個人，為了他的被俘，江寧鄉民甚至於捉了蕭孚泗的一個親兵去殺掉，彷彿是要為他報仇似的。同時，李秀成雖然已成“籠”中之囚，而洪軍將領見了他，依然長跪請安，曾國藩“聞此二端，惡其民心之未去，黨羽之尚堅”，怕解到京師的迢迢長途，出了什麼意外，所以未遵朝命，就地正法。
就因為如此，李秀成的供詞，便顯得特別重要，洪福瑱的脫逃，在供詞中就有詳細的透露。城破之日，李秀成奉“幼主”，儲諸王眷屬，在數千死士護衛之下，準備突圍。由於江寧九