赫克爾也象達爾文的其他幾個朋友一樣責備達爾文，說他對反對他本人觀點的那些意見過分地強調了，並責備說，這些反對意見正被他的反對者所利用。對此，達爾文給他的答覆是：“真理曾迫使我寫我已經寫出來的東西、而且我覺得似乎這是個好對策”。
當達爾文收到赫克爾的兩卷本鉅著《普通形態學》，看來是想請他協助把該書譯成英文的時候，他很為難，尤其是因為他對德語還不精通，無法流利地閱讀該書。他瀏覽了一下赫克爾的著作，並挑出幾頁來讀過以後，滿懷喜悅地確信，赫克爾對他的《物種起源》評價很高。另一方面，他模模糊糊地感覺到，書中教學方法的細節談得太多，實質性的新事實、新的（對他來說，詳細的觀點幾乎沒有。赫克爾使用了大量的新術語，並造出了大量帶有希臘文詞根的新詞，這使達爾文非常害怕。達爾文對赫胥黎談了自己的印象，赫胥黎同意他的看法，認為這部書分量太重，翻譯起來相當吃力。至於赫克爾確定有機體的相互血緣關係，並在他自己的書裡大膽畫出來的大量的系譜表和種系發生表，則是赫克爾的勇敢“使達爾文發起抖來”。然而赫胥黎很有理地回答他說：不論誰都一樣“應該是相當勇敢，並且應該畫出血緣關係表來的。”
一八六八年，達爾文收到了另一位德國自然科學家奧古斯特·魏斯曼的來信。達爾文感到滿意的是，魏斯曼表示反對內格里的意見及其“完善定律”，按內格里的思想，這條定律應被視為進化的根本原因。
達爾文在答覆魏斯曼的時候指出，他總覺得這些“完善定律”是無用的。達爾文給他寫的信中說得對：“沒有一個擁護完善定律的人能下定義說：那種不可能用選擇而獲得的‘改善’究竟是個什麼樣子。”
在這之前不久，也就是一八六八年，莫里茨·瓦格涅爾的著作《達爾文的理論和遷徙原則》出版了，接著又出了《論地理隔離的影響》一書。如果用赫胥黎的不太禮貌的比喻說法，莫里茨·瓦格涅爾也是一隻圍著《物種起源》團團轉、在上面產卵並把自己的特殊思想之蛆孵化出來的蒼蠅。達爾文在《物種起源》裡不止一次談過“隔離”的巨大作用。莫里茨·瓦格涅爾圍著《物種起源》團團轉，產卵並且孵化出來的那條思想之蛆就是：型別的“隔離”和“遷徙”是進化的最重要的因素，沒有這些因素就不可能有進化。達爾文寫信能魏斯曼說：“我認為，莫·瓦格涅爾的第一個小冊子很精采、有趣（第二個小冊子達爾文尚未見到——作者注）。可是我認為，他過分地誇大了遷徙和隔離的必要性。我懷疑他是否考慮到，當他所說的型別遷移到一個新的區域，而在第一代不發生變異的時候，會有什麼結果呢？我認為，他對被我稱為人的無意識選擇的那些原因估計不足；在這些場合下，亞種無需任何隔離，用保留優良、消滅低劣的方法使自身發生變化。”①①把同一個地域（沒有隔離）內的自然選擇的作用同人的無意識選擇（即當人不用專門雜交而單純以保留優良型別，並對之更加著力照料的方法，最終使品種得以改善的時候）作比較，這是最近若干年來最受尊敬的達爾文思想之一，因為他想在這裡表明，這些型別的偶然雜交，即看來要使優良品質拉平的那種雜交，終究會妨礙品種的改進。——作者注。
莫里茨·瓦格涅爾把他的第一篇著作寄給了達爾文，達爾文的答覆，照例是指出這位曾多次旅行並研究過許多動物的來信人的功績，因為特別使他高興的是，文章作者同意他的大部分觀點，文章作者收集了他還不知道的有關隔離對進化的影響的許多事實等等。但是，他對瓦格涅爾也有異議，說他的觀點對一些幅員遼闊的區域來說是不適用的，“但我仍然認為，在許多幅員廣大的區域裡，同一物種的所有個體都在緩慢地發生著變異，變異的方式就象英國賽馬的改良那樣，也就是透過對最快的馬匹的持續不斷地選擇來進行改良的。”他甚至認為，如果隔離是指在不大的、狹小地域內，那是極有利的。
後來，在一八七六年十月給莫·瓦格涅爾的信和給莫·瓦格涅爾的擁護者卡·澤姆佩爾的信（一八七八年十一月）裡，他又一次談到這個命題。他談了他對南美洲的個人印象。不僅在加拉帕戈斯群島這些隔離作用很明顯的島嶼上，而且在美洲那樣廣闊的大陸上，種的形成正在出現。此外，達爾文還指出，種的形成可以歸納成兩類。一類是：一個物種蛻變為兩個、三個以至更多的型別，當然，隔離在這裡將特別重要。另一類是：整個物種以選擇其最能適應者的辦法慢慢地、整個地發生變異。
於是，越來越吸引自然科學家參加的、對進