盧昶之在朐山也，肇諫曰：“朐山蕞爾，僻在海濱，於我非急，於賊為利。如聞賊將屢以宿豫求易朐山，持此無用之地，復彼舊有之疆，兵役時解，其利為大。”帝將從之，尋而昶敗。遷侍中。梁軍主徐玄明斬其青、冀二州刺史張稷首，以鬱州內附。朝議遣兵赴援，肇表以為不宜勞師爭海島之地，帝不納。及大將軍高肇伐蜀，肇又陳願俟後圖，又不納。明帝即位，遷中書令、相州刺史，有惠政。再遷尚書右僕射。肇於吏事斷決不速，主者諮呈反覆，至於再三，必窮其理，然後下筆。雖寵勢幹請，終無回撓，方正之操，時人服之。及元叉廢靈太后，將害太傅、清河王懌，乃集公卿會議其事。於時，君官莫不失色順旨，肇獨抗言，以為不可，終不下署。卒，諡文貞公。
肇外寬柔，內剛直，耽好經傳，手不釋書。善《周易》、《毛詩》，尤精《三禮》。為《易集解》，撰《冠婚儀》、《白圭論》，詩賦表啟凡七十五篇。謙廉不競，曾撰《儒棋》，以表其志。清貧寡欲，資仰俸祿而已。為廷尉時，宣武嘗敕肇有所降恕，執而不從，曰：“陛下自能恕之，豈可令臣曲筆也。”其執意如此。及明帝初，近侍