指揮，就不可能在政治上有效地反對希特勒。只有在德國國防軍的將領中才可能出現反對他的密謀，而這些將領的種種圖謀總是以失敗告終的。希特勒把他的政敵或者關押或者殺掉，而東條只是擊敗了他的政敵。再則，儘管東條作了種種努力，他從來沒有能夠把日本的實業家置於絕對從屬於他的地位，也未能任意驅使他們竭盡全力為日本的戰爭效勞。
實際上，財閥在暗中進行的大量阻撓和破壞活動，以及在一般的缺吃少穿的工人中所滋長的不滿和厭戰情緒，使東條在1942年以後為組織和增加軍火及其他軍需品生產所作的為時已晚的努力，歸於無效。最不利於東條的，也許是他沒有能力對武裝部隊本身進行全面控制。他乾脆把軍隊中他所不喜歡、不信任的非嫡系將領解職或趕到遙遠的部隊裡去。在這些人中，有新加坡的征服者山下奉文將軍，他在新加坡呆了沒有多久，以後就被調到滿洲的一個不大重要的部隊裡去了。但是還有另外一些人，東條不能這樣傲慢地對待，其中有東南亞戰區司令官寺內元帥。因此，他無法清除在軍隊內部的所有派系分歧。
東條也無法緩和陸軍與海軍之間長期的勾心鬥角。海軍大臣田海軍大將的確是他的親信，但是在海軍中有一種日益增長的抱怨情緒，認為在物資的分配、特別是飛機的分配方面，偏向陸軍。這種抱怨情緒使兩個軍種之間的鴻溝擴大到各自試圖控制自己所需要的每一種物資的生產而不給予對方的程度。1943年11月，東條建立了一個軍需省，但也沒有能結束這種不良情況。陸軍甚至堅持要自己建造潛艇供運輸需用，而不要海軍建造。最後，東條不能消除內閣和統帥部之間的分歧。1944年2 月，當他的地位處於危急狀態時，他試圖透過自己兼任陸軍參謀本部總長並讓田海軍大將兼任海軍軍令部總長來解決這一問題。但是，用東條自己對東京法庭講的話說，“我很遺憾，已經太晚了，幹不了什麼事情了。甚至用這個辦法我也不能插手海軍統帥部的事務。”
日本最初的勝利掩蓋了這些造成不團結和分裂的潛在勢力，但是以後的失敗使這種潛在勢力越來越大，並且不斷地在挖東條政權大廈的牆腳。1943年春天，一個確鑿的反對東條的密謀開始在重臣（擔任過總理大臣的一些人）之間釀成。其中，發起者似乎是東條的老對手近衛。近衛感到有失敗的先兆，並且一直提心吊膽，唯恐接著會有一次共產主義革命。近衛物色了兩個心腹：內大臣木戶侯爵和另一個高階宮廷官員松平侯爵。3 月底，木戶和同樣急於要儘快看到戰爭結束的天皇談了一次。從那時起，包括若槻、平沼和岡田在內的重臣們定期召開秘密會議，在會上討論推翻東條和停止戰爭的最好辦法。岡田有一個女婿叫迫水久恆，是內閣企劃廳的成員。迫水一直向重臣提供真實事態的情報，與內閣所提出的虛假的勝利喜報恰成對照。1943年4 月，重光接替谷正之擔任外相，這樣，重臣們在東條政府裡就有了一個與他們看法一致的人。第二步是試探天皇的弟弟高松親王，看他是否願意領導一個旨在謀求恢復和平的新政府——這種和平意味著結束日本對大東亞的控制，因此只有具有親王地位的人才能勸使軍隊接受這種和平。但是，這件事沒有立即奏效，而且主和派在建議什麼樣的和平和實現這種和平的最好辦法等問題上，實際上意見並不完全一致。木戶考慮了一個解決辦法，即透過日本和其對手達成的協議使日本的戰前領土保持原狀，並承認日本在戰爭中佔領的領土獨立。按照以上所提出的方針，即用一批新產生的弱國來代替西方列強原先的殖民地，並保證日本對這些新國家的自由經濟來往，這樣實現和平將使日本實際上仍是受益者。英美敦促日本無條件投降的要求在1943年1 月第一次發表時，東京並沒有理解其嚴重性。日本認為開羅會議關於剝奪日本海外所有殖民地的宣告只不過是鼓舞自由中國低落士氣的一種手段。然而，重光似乎很早就意識到日本的對手是要說到做到的。
東條則認為，即將到來的敵方對大東亞的襲擊一旦遭到決定性的失敗，就可以達成一種和平，使日本永久控制它已獲得的一切。在這個問題上，東條的態度有些類似1943—1944年希特勒對蘇聯所採取的立場。但是也同希特勒一樣，東條在1944年遭到了失敗，而不是勝利。1944年6 月美國在塞班島登陸，大批日本海軍航空部隊在菲律賓海的戰役中被消滅，這就意味著日本的內線防線已被打破，其海上力量已被削弱到無法挽救的地步，而其本土則處於敵方轟炸機有效攻擊的範圍之內。東條隱瞞不了這些事件的真相，一些重臣透過他們與軍隊