不耐煩。拉脫維亞總理門特斯講到他自己在莫斯科的會談時說：“既沒有草率從事，也沒有威脅恫嚇。”可是，除了簽字，也別無選擇。
然而，直到1940年5月德國在西歐取得的勝利使蘇聯政府改變其政策以前，看來俄國滿足於在要害地點保持軍隊和控制波羅的海國家的對外關係。蘇聯駐軍的生活與當地居民完全隔絕。他們紀律嚴明，不干涉內政。立陶宛總統斯梅託納和拉脫維亞總統烏爾馬尼斯兩人都是強烈反共的，他們堅守自己的崗位。共產黨的活動也沒有得到鼓勵。在這期間，三國得以和德國進行數額相當可觀的貿易，從而取代了過去對西歐的出口。
在德國人方面，他們忠實履行了與俄國人達成的協定。儘管對蘇聯未來的計劃憂心忡忡的波羅的海國家的代表們在威廉街偶爾也能找到一些願意聽他們訴苦的人，但他們的憂慮不得有損德國與克里姆林宮的友誼。在德蘇這種關係上的一個痛處——德意志少數民族的命運問題上，已達成了諒解。他們將同波蘭蘇聯佔領區的德意志人一樣，“返回”德國。
這些德意志人在波羅的海地區住了已有大約七百年之久。自從十八世紀初愛沙蘭和利夫蘭併入俄羅斯帝國以來，他們為沙皇政府提供了幹練的軍人、行政官員和外交官員。但他們仍同德國保持著聯絡。德國人把他們當作德國在東方勢力的“堡壘”而同其奪取“東方空間”的雄心壯志聯絡在一起。自1917年俄國革命以來，這些人在俄國當然不再起作用了，而在波羅的海國家獨立後，隨著領導階層中非德意志血統的人士不斷增加，這些德意志人也不再起作用了。二十年前進行的土改的結果，他們當中的大地主被剝奪了土地。其中有些人移居德國，阿爾弗雷德·羅森貝格就是其中的一個。但是城市中的德意志人中產階級，依然在工商業以及從事腦力勞動和受過專門訓練的職業中保持重要的地位，在愛沙尼亞和拉脫維亞尤其如此。
波羅的海國家德意志人的離鄉背井，這時符合納粹政策的模式，而且是迫使其符合的，納粹的政策是主張用這種遷移人口的辦法來解決少數民族問題。1939年10月6日，希特勒聲稱：“在我們的時代，在民族一體化和種族優越的思想已經獲得勝利的今天，希望有可能簡單地同化這個優等民族的成員，只是空想而已。”德國駐愛沙尼亞和拉脫維亞的代表立刻接到指示，要他們通知這些國家的政府，全體德意志族人民和德國僑民受到德國的特別保護，所在國政府應立即採取措施保護他們的生命和財產。必須運用一切手段為他們儘快返回德國提供便利。接運他們的船隻已經派出。為了保護這一行動，海軍艦艇已在但澤升火待命。
莫斯科對德國政府發動的這場“慌張”的移民運動感到吃驚，它覺得這將“危及”蘇聯在波羅的海地區的行動。可是柏林否認這一撤退舉動與蘇聯採取的措施有任何關係。裡賓特洛甫申辯說，撤退工作毫不“慌張”，而是“十分平靜、井井有條”地進行的。他說，德國採取這一行動，並不是出於擔心俄國人可能對德意志人有所舉動，而是因為需要對佔領區內荒廢的田園、商店或車間補充人員，以及希望消除與莫斯科發生潛在衝突的因素，因為當地居民對這些德意志人的態度，有時含有敵意。莫洛托夫聽了這一解釋以後——據舒倫堡報告——顯得“多少放了點心”。
按照德國政府與波羅的海三國談判達成的協定，居住在愛沙尼亞、拉脫維亞，稍後還有居住在立陶宛的德意志人將被取消所在國的國籍，並應於1939年12月15日前離開其家園。他們可以隨身帶走屬於個人的物品，但其他財產——公債和股票、不動產、商業資財、資本等等——則由一家專門設立的德國公司——移民信託股份公司接收，將來由這家公司償還。到這時遣送的人數已超過十萬。其中大多數重新定居在瓦爾塔地區，戰後，這塊地方重又劃歸波蘭。
1940年初夏，正當德國征服西歐大陸之際，莫斯科突然改變其政策，決定把蘇聯的邊界推進到波羅的海沿岸。南方的邊界也同時推進到多瑙河口。蘇聯的工業和農業已置於戰備體制之下。德國方面沒有認真反對的表示。蘇德條約依然在開花結果，但一方面克里姆林宮卻在進行準備，以防萬一德國突然侵犯。
波羅的海地區的事是在立陶宛開的頭。早一年秋天，立陶宛比愛沙尼亞或是拉脫維亞更加熱烈地歡迎過蘇聯軍隊。5月28日，俄國人指控說，紅軍戰士遭到了秘密綁架，聲稱其中有一人被槍殺了。立陶宛建議組成混合委員會進行調查，遭到拒絕。因此，考納斯主動下令進行令案調查。許多人被逮