護長官的身分統轄波希米亞和摩拉維亞的“所有德國官方機構、辦事處及機關”，國務秘書卡爾·赫爾曼·弗朗克則成為他的“總助理”。可是，根據該項命令的第二部分，保護國的保安警察在行政方面仍然是德國保安警察的組成部分，因此完全歸希姆萊控制。但是，由於弗朗克已經是高階黨衛隊軍官和警察頭子，因而在黨衛隊和警察事務方面也是希姆萊的地區代表，所以就出現了這種多少有點特殊的局面：就一般行政事務而言，他名義上是牛賴特的下屬，但是在關係到保安的一切問題上，他卻是完全獨立的，只向黨衛隊首長希姆萊一人負責。然而，實際上弗朗克逐步對警察和行政兩方面都承擔起責任，從而防止了出現混亂的任何可能。1943年8月，當弗裡克接替牛賴特的職務時，德國保護長官的權力有了很大的改變，變得不但事實上而且名義上都移交給弗朗克了。
在其他佔頓區內，趨勢也是犧牲德國代表的權力以擴大高階黨衛隊軍官和警察頭子的權力。在荷蘭，德國警察機關僅僅是置於德國專員和武裝部隊的管轄之下，而高階黨衛隊軍官和警察頭子則須經希姆萊提名，由希特勒任命。結果是，每當賽斯…英夸特向德國警察下達一道命令時，後者無疑總要“調查一番，以搞清楚＇這道＇命令是否同希姆萊直接發給高階黨衛隊軍官和警察頭子的指示相符合”。另一方面，荷蘭警察則從一開始就歸德國專員管轄。但是，當賽斯…英夸特設立行政與司法、保安、財政與經濟和特別事務等四個“委員會”時，他顯然受到希姆萊的壓力，被迫把保安“委員會”連同對荷蘭警察的監督權交給高階黨衛隊軍官和警察頭子勞特爾。這樣一來，又出現了那種混亂的局面：高階黨衛隊軍官和警察頭子在行使某些行政職權時名義上是德國專員的下屬，而在作為德國黨衛隊和警察部隊的首長這一主要身分方面，則完全是獨立的。
在東方佔領區，德國人採用了一種稍微不同的方法來規定黨衛隊軍官和警察頭子在德國代表下的地位——然而最後的結果卻完全一樣：使希姆萊一手控制了黨衛隊和警察的全部事務。在這一事例中，這個黨衛隊頭子從一開始便佔了便宜，他在當地民政機構尚未組成時，便參預了那裡的事務，因為當該地區還在軍管時，希姆萊便接下了與該地區民政機構的籌備工作有關的“特殊任務”。據說，這項“特殊任務”是由於納粹主義與共產主義這“兩種對立的政治制度”之間的鬥爭而引起的。因此，希特勒於1941年7月17日頒佈關於東方佔領區行政事宜的法令時，明確地指出，德國黨衛隊首長的權力“將不受”本法令各項規定的“影響”。事實上，希姆萊在這方面的權力是由元首另下一道手諭規定的。這道手諭使“新佔領的東方地區的警察保安工作”很明確地成為“德國黨衛隊首長兼警察總監的事務”。他還有權在“某些情況”下“直接向文職的德國專員釋出命令”，雖然除了“十萬火急的問題”外，他一般應透過東方事務部“下達具有重大政治意義的命令”。這意味著，希姆萊在採取重大的警察措施時，只要宣稱情況“十萬火急”，事實上就總可以把東方事務部排斥在外。此外，派往該地區的那兩名高階黨衛隊軍官和警察頭子，在警察事務方面也無須同東方事務部進行磋商，因為根據該法令的規定，他們“本人”不是“直接隸屬於”羅森貝格而是隸屬於德國專員科赫和洛澤。
然而，德國代表和高階黨衛隊軍官兼警察頭子之間為管轄權的衝突，在總督轄區內具有最為廣泛的反響。這部分是因為希姆萊的加強德意志民族委員會的許多活動集中在總督轄區，部分是因為總督弗朗克和高階黨衛隊軍官兼警察頭子克呂格爾對民政機關和黨衛隊在德國佔領工作中各自應起的作用都喜歡固執己見。
不象大多數其他的德國代表，弗朗克一開始就堅決強調高階黨衛隊軍官和警察頭子的地位應從屬於總督和副總督。1940年3月8日，他在向一批官員講話時聲稱：“在總督轄區裡，沒有什麼權力在級別、威望和權勢方面是超過總督的。甚至德國武裝部隊也沒有行政管轄的職責……沒有任何政治權力；警察和黨衛隊也不例外”。可是，經過兩年的鬥爭後，他顯然開始認識到，自己正在同克呂格爾進行一場難以取勝的戰鬥，因此他在1942年初便力圖同希姆萊就這個問題達成一項正式協議，以便澄清他同高階黨衛隊軍官和警察頭子的關係。這項協議於1942年3月14日擬定後，終於寫進了1942年5月7日元首頒發的一道法令裡。這項協議力圖使高階黨衛隊軍官和警察頭子以負責保安工作的國務秘書身分參加正式的政府機構，從而實現一項折衷辦法。