被撞擊樓層以下的人員開始疏散，但所有的三道樓梯都被撞壞，因此被撞擊樓層以上的人員無法逃離。而世貿南樓的工作人員很快通告南樓的所有人員，稱南樓依然安全，可正常運作。一些人忽略廣播通告依然撤離，一些人繼續工作，還有一些人則聚集在位於南樓的空中大堂。
三分鐘之後，美國有線新聞網開始現場直播世界貿易中心情況，這是全世界第一個新聞媒體報道有關襲擊事件。
十四分鐘後，美國航空公司77次航班正被劫持。
上午九點零二分五十四秒，美國聯合航空一百七十五次航班，一架滿載燃油的波音767飛機，以大約每小時五百九十英里的時速撞入世界貿易中心南樓七十八到八十四層處，並引起巨大爆炸。
飛機以近乎四十五度的左傾角度撞上南樓，說明劫機者險些錯失了目標。飛機的部分殘骸從大樓東側與北側穿出，掉到六個街區以外的地方。
但此時還有一個樓梯間完好無損，因此少數在撞擊點以上的人員仍可生還。
現場中有人聽到多次爆炸聲響，有一些人認為是兩次無關的意外事件，而更多的人則馬上認為是恐怖襲擊。
在九點到十點半之間，至少有二十名被大火和濃煙圍困在大樓頂樓的人員從高空跳下。有證據顯示在遭襲擊後北樓中部很大一塊區域立即坍塌，或許這是讓這些人以為大樓很快就要坍塌而跳樓求生。
一名位於底層的消防隊員被一名從天而降的跳樓者砸死。
由於煙霧與上升氣流太過濃烈。空中救援活動無法進行，而且紐約市本身就缺乏專門進行空中救援的直升機。
九點