啟超相召，譚、林等北上京師。曾樸則因父親喪葬瑣事尚未料理清楚而滯留滬上。不久，變法失敗，譚、林諸君殉難。曾樸聞訊不勝驚恐，迅即由瀘返鄉。鄉居期間，與開明士紳丁祖蔭、徐念慈、張鴻等人，倡導新式教育，雖遭頑固勢力百般阻撓，但最終還是沖決各種阻力，創辦了常熟第一所小學。又自辦日文講習班，聘日籍教師任課。1903年再赴上海，經營繭絲業，因受外絲傾銷的衝擊，折本而罷。次年，轉入出版業，創辦“小說林社”，出版中外小說。1907年又創辦《小說林》月刊。1908年因資金週轉不靈，出版社被迫關閉。即在曾樸從事出版業的同時，亦未曾中斷政治活動，他曾參加張謇、孟昭常等人為中心的預備立憲公會，積極倡導君主立憲制。到1909年，清政府已處四面楚歌的境地，曾樸卻應大官僚端方之聘，進入兩江總督衙門，做了幕僚。次年，又因端方保薦，以候補知府身份，先後在杭州、寧波任職。辛亥革命後，被選為江蘇省議員，又歷任官產處處長、財政廳廳長、政務廳廳長等職。直至國民革命軍北伐至江蘇，才終止了官場生涯。1927年重操舊業，創辦“真善美”書店，並出版發行《真善美》雜誌。至1931年，復以資金不能流轉而歇業。隨即由瀘返鄉，4年後結束了他坎坷曲折的人生歷程。這裡特別需要說明的是，終其一生，始終熱衷於學術研究與文學創作，著述達數10種之多，而尤以《孽海花》蜚聲中外，藝術魅力歷久而不衰。
《孽海花》的成書過程，亦如同它的作者人生歷程那樣，複雜而又曲折。第一、二回發表於1904年留日青年在東京創辦的《江蘇》雜誌第8期，而作者並不是曾樸而是金松岑。金氏以愛自由者為筆名刊發兩回之後，又寫成4回，遂以6回書稿寄送好友曾樸商酌。曾樸以為題材尚好，只是格局過於狹隘，建議作大的修改，使之“儘量容納30年來的歷史”。金氏以為寫小說非己所長，則順水推舟，任由曾樸去修改、續寫。曾樸遂埋首案頭3月餘，得20回（含對金氏6回徹底改寫）。1905年由日本翔鸞社分兩集出版發行。至1930年，續寫至35回，其中前20回於1928年由真善美書店再版，依然分作兩集。後15回則由《真善美》雜誌陸續刊發。1931年將此15回的前10回結集，由真善美書店出版，是為第3集。繼而，又將3集合為一冊出版。簡而言之，合刊後的版本為30回，後5回並未放入其中，至中華人民共和國成立後，1955年出版的寶文堂本，1956年出版的上海文化出版社本，以及1959年上海中華書局本，都是30回本。直到1962年，中華書局才將後5回作為附錄增入出版，是為增訂本。
《孽海花》內容繁富，時間跨度大，如何從總體上把握它的本質特徵？作者對其創作意圖的剖白，對我們頗有啟發。《修改後要說的幾句話》曾雲：“這書主幹的意義，只為我看著這30年，是我中國由舊到新的一個大轉關，一方面文化的推移，一方面政治的變動，可驚可喜的現象，都在這時期內飛也似的進行。我就想把這些現象，合攏了它的側影或遠景和相連繫的一些細節事，收攝在我筆頭的攝影機上，叫它自然地一幕一幕地展現，印象上不啻目擊了大事的全景一般。”由是觀之，作者試圖在這部小說裡容納30年曆史的本質內容，並表現出它的發展趨勢。質而言之，就是要把《孽海花》寫成一部歷史小說。而所謂歷史小說，已經不同於我國傳統意義上的“歷史演義小說”，歷史演義小說，即歷史的通俗化；而這裡所說的歷史小說，是具有近代意義的新概念。其基本特徵是：“把奇妙和真實”結合在一起，塑造“個人與社會歷史命運更緊密結合的人物”，表現歷史的本質和趨向，最終“把小說提高到歷史哲學的地位”（引號為盧卡契言論）。應該說，《孽海花》已經達到了這樣一種境界，堪稱具有近代意義的歷史小說。這自然與作者對法國文學特別是對大仲馬、雨果的歷史小說具有頗為精到的研究不無關係。
《孽海花》所表現的30年曆史內容，亦即同治中期至光緒後期這一特定歷史階段政治和文化的變遷史。
就政治演變而言，小說以同治中後期為背景，或隱或現地表現了光緒前、中期一系列重大事件的發展歷程：從中法戰爭到中俄領土爭端；從甲午海戰到臺灣軍民的反抗侵略；從洋務運動到維新派興起，以至資產階級革命領導的廣州起義的失敗。同時，作者更注重表現諸多政治事件的內在聯絡及其發展趨勢。誠如作者自雲：“這書寫政治，寫到清室的亡，全注重德宗和太后的失和，所以寫皇家的婚姻史，寫魚陽伯、餘敏的買官