皇太孫時，很尊敬齊泰。朱允炆做了皇帝，便讓他與黃子澄同參國政，不久提拔他做了兵部尚書。
黃子澄，名湜，分宜人。洪武十八年癸亥貢入太學，明年京闈鄉試第二，乙丑會試第一，進士及第第三，先任翰林院編修，升為修撰。後兼春坊官，在東宮伴讀。朱允炆即位，提升他做太常寺卿，讓他與齊泰同參軍國重事。
另一名重要的謀臣，便是方孝孺。方孝孺，字希直，一字希古，寧海人。少年從學於宋濂，以明王道致太平為己任。以舉止端莊為朱允炆所重。蜀獻王聘其為世子師。建文帝即位召他為翰林侍講，第二年提拔為侍講學士，凡國家大政，都要向他諮詢。
這些人輔佐朱允炆，頗想有一番作為，企圖對明朝政治有所更張。
朱允炆即位不久，朝廷便連連下詔：下令文臣五品以上及州縣官推薦人才；下令省幷州縣，革黜冗員；下令赦死罪、寬刑獄、蠲逋祖，賑災荒；下令天下軍戶單丁者放為民；下令天下直言，並舉山林才德之士。這年底，又下令賜明年田祖之半，釋放黥軍民囚徒還鄉里。 新政於是次第展開。
朱元璋在遺詔中稱朱允炆〃仁明孝友〃，並非虛誇。他自幼聰穎好學，秉性純孝，很得朱元璋喜愛。洪武二十三年朱允炆十四歲，他父親皇太子身上長了個大■子，疼痛起來呼天搶地，十分痛苦。他侍候在身邊，含淚撫摩，晝夜不離。朱元璋看到這個情況，感動地說：〃有子孫如此，朕復何憂？〃 兩年多以後，太子又得了重病，朱允炆侍病曲盡了苦心。不久，太子死了，儘管他十分悲痛，還是事事不逾禮制。居喪期間，允炆搞得形銷骨立。朱元璋很是心疼，安慰他說：〃毀不失性，禮也。爾誠純孝，獨不念朕乎？〃 這時，他已經五天沒吃沒喝了。聽了朱元璋的話才吃了一點粥。他又提出要為太子服喪三年，太祖也不同意。但在三年內，他笑不露齒，不飲酒吃肉，不舉樂，不御內。有人勸他，他說：〃服可例除，情須自致。〃這時他的三個弟弟都還年幼。他親自撫育他們。白天一塊吃飯，晚上一同睡覺。朱元璋對此十分滿意。有一天他來到了允炆的寢宮，兄弟四人都在，朱元璋便隨口說出兄弟相懷本一身，允炆對道：〃祖孫繼世宜同德。〃得到了朱元璋大大誇獎。
洪武二十九年九月，朱允炆被立為皇太孫後，朱元璋便常常將軍國大事交給他裁決，一方面由於朱元璋年事已高，政務繁重，同時也想讓他練習政事。原來在太子在處理章奏時，就常常出於仁厚對刑獄多有減省。皇太孫仍然如此，當時朱元璋行嚴酷之政，朱允炆則濟以寬大。他曾經遍考禮經，參考歷朝的刑法志，將洪武名例律改定七十三條。朱元璋十分高興。他說：〃吾當亂世，刑不得不重。汝為治世，刑不得不輕。所謂世輕世重也。〃 朱元璋臨死前不久，因有病常常暴怒，許多人因此遭到遣戮。朱允炆總是和顏悅色地侍候他。吃藥要親自嘗，如廁則親扶起，唾壺溺器都親手提獻。夜裡大家都睡了，朱元璋叫允炆卻呼無不應，應無不起，常常是一夜一夜地不睡覺。這樣，朱元璋的心情也稍稍好些；因此許多獲罪的人得了救。 朱允炆的這些品性道德，很得遠近的讚頌。
但是仁厚與柔弱往往相連。朱元璋對此也不是沒有擔心，特別是他有著那麼多強悍的叔父。據說朱允炆生來臚骨稍偏，朱元璋因此常常叫他〃半邊月兒〃。一天夜晚，明月初升，有如一支銀鉤在雲間穿行，朱元璋正在讀書，恰巧讀到宋太祖詠月的詩。詩有〃未離海底千山暗，才到天中萬國明〃這樣的句子，很得朱元璋的讚賞。這時太子和朱允炆都在身邊，他想看看他們的才學，便指著天上的新月，讓他們以新月為題賦詩。
太子賦道：
昨夜延陵失釣鉤，何人移上碧雲頭？
雖然不得團圓象，也有清光照九州。
朱允炆賦道：
誰將玉指甲，搯破碧天痕，
影落江湖裡，魚龍不敢吞。
雖然他們才思敏捷，但朱元璋對他們的詩都覺得不滿意，既缺少蓬勃的活力，又沒有帝王氣象，特別是〃不得團圓〃、〃影落江湖〃更是不吉利，因而慘然不樂。
相反，燕王的氣質在吟詩作賦上，也反映出與他們的不同。一次，朱元璋出句，讓子孫們屬對。朱元璋說出上聯〃風吹馬尾千條線〃，朱允炆對道〃雨打羊毛一片氈〃。對雖工整，但仍是柔弱無力。而朱棣在一旁則對出了〃日照龍鱗萬點金〃這樣氣概非凡的句子。朱元璋不免為朱允炆暗暗擔心。
然而，這樣一個仁柔的皇帝，面對強藩，為形勢所迫，不得不在一即位就把