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退田之時，徐階退出及賣掉田畝三分之一，那是隆慶三四年的事，隆慶五年（公元1571年）官府記載有田兩萬畝，由此推算，徐府退田之前，田畝總數在三萬上下。這是時過四百三十二年之後，有志於研究嘉隆政治的學者，在浩瀚的史籍中鉤沉出來的真相。
退田的暴風驟雨，把致仕的首輔搞得聲名狼藉，對世道人心，徐階看得更透徹了。他想起了那個瘦拐拐的藍真人藍道行，並非文人，肚子裡孔孟之道不多，卻不忘當年揚州城郊自己贈與丸藥和銀兩的點滴之恩，不惜殺身以報，尤覺難能可貴，真應著了一句諺語“仗義每從屠狗輩，負心皆為讀書郎”也。徐階便聯絡岳廟，請茸峰道長代為探聽藍道行的後人，終將藍道行之孫從山東接來，安置在岳廟裡邊。心願既了，徐階便效法祖父，一心崇佛，刻印《勸世歌》，廣為散發。
大明名相徐階傳 第四部分（14）
他在《勸世歌》裡說：“奉告列位善信，唸佛是第一好事。但唸佛不要只是口唸，須要心念。所謂心念者，是心心念念在佛。如佛說諸惡莫做，便一心一念不作惡業。佛說眾善奉行，便一心一念修行善果。富貴的不去倚勢凌侮那貧賤的，其貧賤的不去逞刁欺賴誑詐那富貴的……”結末是：“若全然不知唸佛，果然必有冥禍。若只口裡唸佛，如俗所謂佛口蛇心，卻也全無功德。”
一個在宦海沉浮四十多年的人，一個曾為一人之下萬人之上的人，而今成了一老人，雖然滿腹孔孟之書、陽*學，不料想卻成了崇佛的善信，著實令人傷感。
退田事未了，疏浚吳淞江的奏本已然允准。海瑞以應天十府之財力，自籌工程費用，不動分文國帑，朝廷焉有不準之理。
經過緊鑼密鼓的準備，隆慶四年（公元1570年）正月初二，疏浚工程啟動，徵集來的二十餘萬民工，在吳興、吳江、崑山、青浦、嘉定五縣全長八十餘里的吳淞江一字兒排開，以排山倒海之勢清淤、挑泥、築堤，嗨喲嗨喲的號子聲響徹雲霄。海大人親臨一線指揮，足跡遍佈吳淞江全線，掐進度，查質量，沒日沒夜工作，熬紅了眼睛。歷時四十七天，到二月二十日，疏浚工程全面告成。一不做，二不休，海瑞調過頭來，組織民工北開白茆河，到三月底，白茆河全線疏通。太湖之水，得以奔騰入海，倒塌民居，得以修補，災民復歸，補種蔬菜雜糧，只盼收穫了。
應天府尤其是蘇松兩府百姓歡欣鼓舞。但是反對海瑞的聲音也響起來了。
隆慶四年（公元1570年）春，刑部都給事中舒化，起而彈劾海瑞拘泥固執，不切實際，不通人情世故，不達政體，不適合處理地方事務，應該安排南京的清閒職務“養起來”。
隆慶帝沒有采納舒化的主張，首輔李春芳是個好好先生，擬旨讓海瑞“撫地方如故”。一浪剛過，一浪又來，緊接著，給事中嘉興籍的戴鳳翔又奏了一本，論海瑞“不諳吏事”，“庇奸民，魚肉縉紳，沽名亂政”。同時列舉海瑞諸多不近人情的事例，兩任妻子先後被休，七個月前，家中一妻一妾同時去世，疑似謀殺。修身齊家治國平天下，家也不齊，何能治國？
應天十府是國家賦稅重地，大明嘉靖時，這十府的賦稅佔全國十三道（省）的二成半強，應天一亂，國家財政命脈受到威脅。此時高拱剛由張居正薦重返內閣兼掌吏部。高拱對海瑞並無好感。因為海瑞對自己的政敵徐階草擬的兩詔十分讚賞，此人官居大位，於己不利，就擬旨道：“看得都御史海瑞，自撫應天以來，裁省浮費，釐革宿弊，振肅吏事，矯正靡習，似有懺懺為國為民之意。但其求治過急，更張（政變）太驟，人情不無少拂（違背），既經言官論劾前因，若令仍舊視事（任應天巡撫）恐難展布（展開工作）。”就是說，不宜留任了。
海瑞氣極，上書自辯，稱戴所指責“無一事是臣本心，無一事是臣所行事蹟”，純屬“誣妄”。還把一腔怒火，燒向朝中眾大臣，怒斥“今舉朝皆婦人也”。首輔李春芳自我調侃說：“滿朝都是女流，那我不就成了老婆子了？”
自辯上奏，引來滿朝文武的憤慨，大臣們聯名彈劾