文明再也沒有統一到一起，並且聽從少數幾個文明指揮的理由。不管是高高在上的頂級文明，還是弱小的低階文明都會為了生存與發展設法獲取更多的生存空間與資源，也就需要透過擴張來獲取足夠強的實力，不可避免的要跟其他文明發生衝突。事實上，在完全不受控制的情況下，南阿爾法星系裡的資源很快就會枯竭。
顯然，內戰不可避免。
雖然在最初的時候，包括人類聯邦、織星族與四個二流頂級文明在內，銀河系聯盟的很多文明都希望能夠透過和平的方式消除內部紛爭，星魂女皇還提出了一個折中辦法，即在銀河系聯盟內部組建一個專門負責維持內部秩序的機構，由實力強大的文明主宰，同時賦予所有文明話語權，讓所有的文明都能夠透過這個機構來維護自身的利益，從而最大限度的消除戰爭威脅。但是連星魂女皇本人都不相信這是一個行得通的辦法，更別說其他文明會認為能透過這個機構維護切身利益。
簡單的說，這是有限空間與資源跟各個文明無限需求之間的矛盾。
也就是說，只要各個文明的發展不受限制，那麼這個矛盾就無法解決，也就無法透過任何非戰爭的手段來實現和平。
那麼，文明的發展能夠受到限制嗎？
顯然，答案是否定的。
當時，玉家代表人類聯邦提出了一項議案，即根據各個文明的活動區域來確定其主權範圍，以此對各個文明的發展範圍做出大致限制。簡單的說，各個文明在主權範圍之內享有絕對支配權，而在主權範圍之外沒任何特權。這麼做，最主要的目的是希望各個文明能夠在發展的時候有所節制。可惜的是，這個提議並沒有得到其他文明的認同，還被認為是分裂銀河系聯盟的陰謀。不止是幾個頂級文明，其他文明同樣堅決反對。主要就是，如果銀河系聯盟分崩離析，那些實力弱小的低階文明根本沒有生存下來的希望。在不受限制的情況下，幾個頂級文明必然會大動干戈。與之相比，投靠某個頂級文明，哪怕是暫時的，至少也不會立即遭受滅頂之災。
雖然銀河系聯盟沒有瓦解，但是在各種和平手段先後失效之後，已經名存實亡。
首先倒黴的是雷凌族。
戰爭來得很突然，在玉家收到訊息的時候，隱靈族的大軍已經攻入雷凌族本土，並且包圍了雷凌族的本土恆星系。雖然玉玲瓏在第一時間找到了星魂女皇，還聯絡上了四個二流頂級文明的統治者，向他們稱述了厲害關係，即雷凌族覆滅必然導致銀河系聯盟瓦解，隱靈族會成為最大的勝利者，接下來將逐一攻滅其他文明，特別是能夠對其構成威脅的幾個頂級文明，因此當務之急就是保住雷凌族，並且透過這場戰爭削弱隱靈族，讓天聖皇認識到無法從中獲得好處。但是結果大出玉玲瓏所料，星魂女皇沒在第一時間採納她的建議，而四個二流頂級文明直接拒絕了她的請求。等到星魂女皇認識到問題的嚴重性，並且下令讓織星族進行戰爭準備的時候，雷凌族已被逼入絕境。結果就是，在星魂女皇率領織星族艦隊趕往凌霄星的時候，天聖皇親自出手摧毀了凌霄星。雖然在織星族艦隊掩護下，少數雷凌人僥倖逃了出來，但是雷凌族大勢已去，淪落到需要織星族保護的地步。更重要的是，雷凌族還喪失了絕大部分聖器。
此後不久，隱靈族攻佔了雷凌族的所有恆星系。
當然，人類聯邦並沒有做旁觀者。
在織星族出兵的時候，人類聯邦也派出了艦隊與軍團。雖然沒有跟隱靈族交戰，但是在後來收容了雷凌族的難民。按照玉玲瓏的安排，人類聯邦專門劃出了一個殖民星系用來安頓雷凌族的難民。當時，沒有多少人明白玉玲瓏為什麼要這麼做，畢竟去幫助大勢已去的雷凌族必然會得罪隱靈族，為自己樹立一個強大到幾乎無法戰勝的敵人。顯然，大部分人的眼光都沒玉玲瓏長遠。人類聯邦能夠堅持一千多年，在很大的程度上就與玉玲瓏的這個決定，也就是收容雷凌族難民有關。
此外，在雷凌族覆滅之後，人類聯邦並沒有首當其衝的遭到隱靈族攻擊。
很簡單，當時能夠跟隱靈族抗衡的不是人類聯邦，而是織星族。
接下來的一百多年裡，織星族與隱靈族才是內戰舞臺上的主角。
最初的時候，雙方旗鼓相當。雖然隱靈族在侵佔了雷凌族的領地之後，控制了中心大區過半數的恆星系，佔據了主動權，但是貿然發動戰爭，讓隱靈族成為公敵。包括四個二流頂級文明在內，銀河系聯盟的絕大部分文明都在聲討隱靈族，即便不是全都支援織星族，也不會公然跟織星族為敵。