費賽斯使團帶給阿古柏一封英國女王的親筆信和大批武器。次年，阿古柏和英國簽訂了《英國與喀什噶爾條約》，透過條約，英國取得在新疆自由進出、商品自由流通及派駐領事享有治外法權等侵略權益。1875年，英國人從印度一次性就給阿古柏運去了連發槍2萬多支，山炮8門，炮彈2000發。
在英國的幫助和沙俄的慫恿下，1870年3月，阿古柏發兵進攻吐魯番。兩個月後，吐魯番城落入阿古柏之手。1871年，阿古柏侵略軍帶著英國人的洋槍洋炮，相繼攻佔了烏魯木齊、古牧地、木壘、瑪納斯、鄯善等地，一時間氣焰甚囂塵上，新疆只剩下少數清軍退據塔城、烏蘇一線艱難固守，等待內地派大軍前來救援。
眼見阿古柏侵略軍攻佔了烏魯木齊等地，俄國見時機成熟，便趁火打劫，以“代中國守土”的名義，悍然出兵侵佔了伊犁，並派使者到喀什噶爾，勸誘阿古柏投靠沙俄。1872年5月，阿古柏便與沙俄簽訂了所謂《俄阿條約》，非法出賣了中國的大量主權。
1873年，阿古柏甚至還派人跑到土耳其，承認土耳其奧斯曼帝國是其宗主國，並獲得“艾米爾”（###教政權首領）的封號，妄圖使阿古柏的偽政權在###世界合法化。阿古柏還從土耳其購得大量武器，試圖長期據有新疆。
這場瓜分吞併我國新疆領土的鬧劇，在阿古柏這個跳樑小醜和外國殖民主義分子們的激情舞動下，一時間居然還弄得有聲有色，但正如電影《小兵張嘎》裡說的，“別看今天蹦得歡，小心明天拉清單”，等到中國政府做好進剿的準備後，這外賊阿古柏蹦躂的日子也就不多了。
西域展雄風，唯我左大將軍（1）
阿古柏進佔烏魯木齊、鄯善等地的時候，沙俄也乘機侵佔了中國的伊犁，聲稱“中國威令能達伊犁之後即行撤軍”，以加緊與英國爭奪中國西北邊陲，邊疆危機由此愈演愈烈。
此時的大清帝國，太平軍和捻軍之亂雖已基本平定，但陝甘的內亂卻正如火如荼，當時湘系###左宗棠受命前往平定內亂。左宗棠本也是一介書生，有學識，有才氣，但在科舉考試中獲得舉人功名後一直鬱郁不得志，直到後來的鎮壓太平軍運動中才嶄露崢嶸，成為一代中興名臣。
左宗棠是個恃才傲物的人，性格張揚，但過於恃才傲物，不久就觸犯官場上的眾怒。後來有人告了左宗棠的黑狀，朝廷命湖廣總督官文密查，如確有不法事情，可將之就地正法。幸好這時肅順知道左宗棠人才難得，加上胡林翼、曾國藩等人的保薦，左宗棠才逃過一劫，隨後入曾國藩幕府襄理軍務，再後又獨立門戶建立楚軍，並署理浙江巡撫，太平軍平定後被調任陝甘總督平定內亂。
左宗棠
早在1871年沙俄侵佔伊犁的時候，左宗棠已經非常警覺，當下就寫信給正在休假的部將劉錦棠，讓他假滿後立刻募練數千湘勇準備西行。1873年，左宗棠最終平定叛亂，當時他已經年屆六十，且疾病纏身，完全可以在隴事平定後急流勇退，告老還鄉。但左宗棠看到朝廷當時派往新疆的伊犁將軍、烏魯木齊都統等滿族貴族根本無力解決新疆危難，便不顧自己年事已高，毅然向清政府請纓，籌議出關大略，敦促清廷立刻對新疆用兵。
在阿古柏和沙俄在新疆興風作浪的時候，東南沿海的防務也很緊張，除了英法等強國經常滋事外，連日本也在臺灣插了一腳，弄得清政府很是忙亂了一陣。在這種情況下，當時清廷分成了“海防”派和“塞防”派，兩派之間爭論不休，反而貽誤了時機。
一貫喜歡妥協的李鴻章說，“新疆乃是化外之地，滿是沙漠和赤地，加之土地瘠薄，人煙稀少。乾隆年間平定新疆，耗費全國之力，不過收復數千裡曠地而增加千百萬開支，實在得不償失”。
李鴻章的意思是暫且不要大動干戈地去收回新疆，這樣做成本太大，勝算不高，倒不如暫時儲存實力，先把兵餉用到東南海防，拱衛京師。說這番話時，李鴻章是夾帶著自己的私心在內的，如果朝廷把主要國防開支移到東南海防，李鴻章的淮軍和後來的北洋系就大有前途了。
左宗棠對李鴻章的意見很不以為然，他認為，“新疆資源豐富，糧產充足，而且還盛產瓜果，牧場上牛羊遍野，牧馬成群；看起來是千里荒漠，但實際上是聚寶之盆”。從戰略上來說，“要拱衛京師，必須先保住蒙古，要保蒙古，就必須保住新疆；若新疆不固，則蒙部不安。俄人拓境日廣，由西向東萬餘里，與我北境相連，僅中段有蒙部為之遮閡，不可不豫為綢繆者也”。左宗棠最後特別指出：