五、 伊犁居民“願遷居俄國入俄籍者，均聽其便”。（後來，沙俄利用這一條款，在1881到1884年間共擄去中國邊民十萬多人。）
這個條約和《裡瓦吉亞條約》相比，除賠款增加了400萬盧布外，在領土、界務和商務方面，中國都爭回了部分主權。但《中俄伊犁條約》簽訂後，沙俄根據修改南、北疆邊界的約定，於光緒八年到十年強迫清政府訂立了《伊犁界約》、《喀什噶爾界約》、《科塔界約》、《塔爾巴哈臺西南界約》和《中俄續勘喀什噶爾界約》等5個勘界議定書，分段勘定了中俄西段邊界。在這個過程中，沙俄又蠶食了塔城東北和伊犁、喀什噶爾以西約7萬多平方公里有爭議的領土。
《中俄伊犁條約》簽訂後的第二年，清軍進駐伊犁。
伊犁談判，算是晚清外交史上的一次小勝，當然，這和左宗棠的軍事後盾有很大關係，正因為清軍不惜與俄國兵戎相見，才為外交贏得了主動，不然，任你口吐蓮花，舌辯群雄，恐怕也無濟於事。
阿古柏之亂和沙俄侵佔伊犁的事件讓清政府意識到，如果不加強控制的話，新疆很有可能會被列強侵奪。後來，平定阿古柏之亂的前軍主將劉錦棠提出，新疆設立巡撫駐烏魯木齊，受陝甘總督節制；下設鎮迪、阿克蘇、喀什噶爾三道，分別轄治哈密至烏蘇的天山山脈一帶、焉耆至烏什的天山南麓一帶和喀什噶爾至和闐的崑崙山北麓一帶；伊犁仍設將軍，只管伊犁塔城邊防，不再總統全疆軍務。清政府後來批准了這一方案，劉錦棠被朝廷簡派為第一任新疆巡撫。
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虎口奪食，伊犁談判曲與折（4）
新疆設立行省後，清政府也放鬆了對內地人民遷居新疆的種種限制。為了吸引更多的無地農民到新疆，加快新疆農業的恢復和發展，劉錦棠修改了以往的屯田辦法並制定新的招商引資政策，規定兩名男丁為一戶，給地60畝，屯民初到時貸給8個月的口糧及三石籽種，借給73兩銀子作為置辦農具、牛隻等費用；頭一年歸還一半，第二年還清，第三年徵收額定田賦的一半，第四年起徵收全疆田賦。
同時，劉錦棠還諮照內地各省督撫，歡迎貧苦無地農民來新疆開荒種地。在劉錦棠的鼓勵下，內地很多農民紛紛移居新疆。這些移民屯田的辦法，既穩固了西北邊疆，又減輕了內地的人口壓力，同時，也減少了內地農民起義的機率。在不破壞環境、與大自然和諧相處的前提下，移民新疆屯墾在當時是一個不錯的方案。
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了卻恩怨，中俄領土止爭端（1）
馬善被人騎，國弱被人欺。就在阿古柏覆滅前，沙俄於1876年滅了浩罕國，將邊界延伸至帕米爾北界。
帕米爾高原，位於新疆南部，乃天山、崑崙山、喀喇崑崙山和興都庫什山的交匯處。此地山巒起伏，高峰處常年白雪皚皚，乃世界之高原。乾隆二十四年（1759年）清軍平定“大小和卓”之亂時，曾追擊叛軍至此，並在蘇滿塔什立下《平定西部勒銘伊西洱庫爾淖爾碑》，上有乾隆帝御筆撰文，乃我國對帕米爾擁有主權之鐵證。
1885年，沙俄已將中亞地區盡收囊中，並與英國劃定阿富汗地區的邊界。南侵之路終結後，俄國人改為東向，並派遣探險隊將我立碑偷偷移走，可謂是“做賊心虛”。隨後，俄國人又炮製了“帕米爾乃浩罕遺產”之謬論，妄圖強佔該地。1892年，俄國不顧清軍在此已增設哨所而大舉南侵強佔了我薩雷闊勒嶺以西兩萬多平方公里的領土。
清政府對此提出了多次抗議，但由於1894年中日戰爭爆發，無暇西顧，沙俄乘機要求清廷預設這一非法佔領。即使在被日本弄得焦頭爛額的情況下，當時的清政府對此也未予承認。沙俄從此也就不再理會，一直霸佔該地。
甲午戰爭的失敗，給中華民族帶來了巨大的災難。1896年6月，沙俄利用中國戰爭失敗的困境，藉口“共同防禦”日本，誘迫清政府簽訂了《禦敵互相援助條約》（又稱《防禦同盟條約》），學術界一般稱為《###》。
《###》的主要內容是：
一、 如日本入侵俄國遠東或中國、朝鮮土地，中俄兩國應以陸海軍及軍火、糧食互相援助，戰爭期間，中國所有口岸均向俄國兵船開放。
二、 中國允許華俄道勝銀行接造一條由黑龍江、吉林至海參崴的鐵路，無論戰時平時，俄國均有權使用該鐵路運送兵員、糧食和軍械。
由此﹐俄國修建的西伯利亞大鐵路透過中國