眾所周知，比航母還樣龐大，而且在組裝之後基本上沒有機動性可言的海上基地更加脆弱，也更加容易受到潛艇攻擊。早在第一座海上基地問世前，就有部分共和國海軍將領提出了這個問題，就連華劍鋒都認為，如果不能解決防潛與反潛問題，海上基地將沒有存在價值。針對這個問題，最有效的辦法就是擴大反潛範圍，加強反潛兵力密度。為此，海上基地都有數量眾多的護航戰艦，而且在一般情況下，肯定會攜帶數量眾多的反潛巡邏機。拿共和國海軍的第三代海上基地來說，在正常情況下，至少有12艘專業的反潛戰艦掩護，搭載1個聯隊的72架反潛巡邏機，且其中2個大隊的48架為遠端巡邏機，加上反潛戰艦搭載的30多架反潛巡邏機，以及按照需要配備的攻擊潛艇，能在周圍建立起寬達550千米的反潛警戒區域，或者是在某一特定方向上，將反潛警戒區域擴大到1000千米。
除了缺乏反潛戰艦，美國海軍還面臨更大的挑戰，即在西南太平洋上的諾福克海戰之後，共和國海軍加強了在東太平洋地區的潛艇兵力投入，將用來封鎖“北美西航線”的潛艇數量增倍。並且根據美軍反潛兵力的部署與使用情況，制訂了更加全面、也更加高效的破交作戰計劃，加上共和國海軍在西南太平洋上的戰略進攻、即攻打斐濟群島的作戰行動，美軍的大部分反潛艦艇都得用到更加重要方向上去。
事實上，欠缺反潛力量的不僅是太平洋戰場，還有大西洋戰場。俄羅斯戰敗後，中東戰場上對美軍有利的局面也維持不了多久，加上南非在戰爭態度上的轉變，大西洋上的局面變得對美軍不太有利。共和國海軍在攻打威克島之前，就組織了一支由12艘大型攻擊潛艇組成的“水下艦隊”，該艦隊隨同運送人道主義救援物資的船隊到達奈及利亞之後，並沒在幾內亞灣多做停留，而是在拉各斯（奈及利亞西南地區的港口城市）補充了淡水與新鮮食物之後，前往北大西洋。雖然按照計劃，該艦隊將在直布羅陀海峽西面的大西洋海域逗留幾個月，期間將與歐洲國家的艦隊與潛艇進行協同訓練，為今後組建聯合艦隊創造基礎。但是在北上途中，這支艦隊在弗得角群島以西海域襲擊了從杜阿拉（喀麥隆最大的港口城市）駛往新奧爾良的美國船隊，擊沉30多艘超大型貨輪（戰績高達750萬載重噸，更重要的是，這支船隊的所有貨輪都是滿載航行）。受此影響，在6月底，美國海軍不得不將新建成的一批護航戰艦的大部分留在大西洋上。
可以說，當時美國海軍最欠缺的就是反潛戰艦。
受此影響，美國海軍不但不能在夏威夷群島東面部署海上基地，甚至得在幾條主要的航線上部署專門用來支援反潛巡邏機的海上基地。比如在聖誕島東面，美國海軍就部署了一座海上基地，而在東南太平洋的復活節島東南也有一座海上基地，這些基地搭載的都是反潛巡邏機，並且具備支援反潛戰艦的能力。
受此種種因素影響，在共和國海軍主動撤退時，美軍並沒掌握主動權。
相對而言，在美軍受到的眾多影響中，最大的問題還是對戰場情況的掌握能力受到了嚴重影響。
不管美國當局是否承認，在中途島攻防戰期間，美國海軍並沒打算用戰略轟炸機擊沉多少共和國海軍的艦船，更不可能指望部署在幾千千米外的轟炸機能夠扭轉海洋戰場上的不力局面。這一點，在美國海軍的戰役部署中體現得非常明確，即襲擊共和國海軍的兩棲艦隊與海上基地群的主要目的不是取得多大的戰果，而是要藉此逼迫共和國海軍的主力，也就是作戰艦隊前來決戰。
從戰術層面上講，在共和國海軍讓兩棲艦隊與海上基地群主動退卻的時候，美國海軍的這一戰役部署就產生了效果，也就是說，除非共和國海軍放棄攻打中途島的作戰行動，不然就得讓作戰艦隊前來解決問題。換個角度看，共和國海軍讓兩棲艦隊與海上基地群向西退卻，也是在為作戰艦隊登場騰出舞臺。
到7月9日夜間，美軍的處境顯得非常尷尬，主要問題就是無法對中途島附近海域保持密切監視，也就無法確定共和國海軍的作戰艦隊會在什麼時候、以及從什麼方向上投入戰鬥。美軍面對的現實非常殘酷，即必須在掌握的資訊非常有限的情況了，冒險將作戰艦隊派往中途島海域，鞏固已經取得的戰果。問題就在這裡，如果共和國海軍也將作戰艦隊派往中途島海域，穩住戰場局勢、支援陸戰隊上岸，雙方就將在此決戰。對共和國海軍來說，因為掌握了進攻的主動權與兵力優勢，所以可以試探性的派1支作戰艦隊前往中途島海域，並且為其提供強大的空中掩護。對美國