大院君諒解外，其他核心人物都陸續離開了權力中心。領議政金左根辭職，領敦寧府事金興根稱病告退，外戚勢道政治的代表人物，金左根之子金炳翼，離開中央調任廣州留守；受安東金氏器重的李格元也被趕出京城改任水原留府，失去權力。其他對金氏勢道政治阿附追從的官員也遭到清洗。
於是，以趙鬥淳為領議政，金炳學為左議政，柳厚作為右議政的新的中央統治體系開始確立；大院君的心腹人物也相繼被安插到政府要害部門。經過此一翻改造，以大院君為核心的權力結構與中央集權制統治得到了加強，大院君所設想的內政改革有了政治保證。
高宗三年（1866）2月，趙大妃取消了垂簾聽政，宣佈“還政”於國王。從此，在高宗親政的名目下，大院君掌握了政治實權。
大院君輔一執政，為了緩和人民的反抗，阻止統治階級內部的互相傾軋，首先改革了用人制度。一方面抑制長期獨佔政府要職的老論系人物，一方面推行人才本位主義，廣泛網羅各界有為人士，以表示自己政治的開明。同時，為避免重蹈戚族專權的覆轍，大院君還用盡心計選定了高宗的王妃，認為閔妃家世孤單，不會對王權形成威脅。
在這之後，大院君又全面整理地方兩班榨取人民的老巢——書院，圖謀加強中央政權。
最初，書院是隱居求志之士，講道修業，於寬閒之野、寂寞之濱，歌詠先王之道，蓄其德、熟其仁之處所。書院在朝鮮已有三百多年的歷史，最初仿效中國白鹿洞書院而建，明宗時代，開始出現懸掛御筆匾額的賜額書院。此類書院擁有國王賜予的大片良田和奴婢，享有免納賦稅、徭役和免繳稅金等特權。另外，還有大量的私設書院遍佈民間，發展到後來幾乎達到氾濫的地步。到大院君執政初期，賜額與非賜額的書院共達六百餘所。
這些書院不僅濫用各種特權，向地方官署和人民勒索錢財，且又倚此佔奪土地，奴役人民，公然變書院為施行私刑的殿堂。一方面又作為“儒學論”的中心地，結成黨派，崇尚政論，左右輿